設立緣由
1991年，“搞笑諾貝爾獎”由美國一本幽默科學期刊《不可思議研究年鑒》創立，該獎以科學的名義幽默，以幽默的形式演繹科學。
果殼網創始人姬十三設立菠蘿科學獎的初衷，受到了美國“搞笑諾貝爾獎”的啟發。但相較于“搞笑諾貝爾”對科學界的諷刺和自嘲，菠蘿科學獎的口号是“有趣而嚴肅”、“向好奇心緻敬”，讓更多公衆了解科學，也讓科學走入公衆。
首屆菠蘿科學獎于2012年4月頒發，頒獎典禮在杭州西湖文化廣場浙江省科技館舉行。
獎項特點
“菠蘿科學獎”和普通科學獎項最大的特點，在于既有學術研究的嚴謹性，又不乏趣味性。其研究的對象和方法，往往能令普通人會心一笑。例如，國防科技大學信息系統與管理學院的周星和克居正兩位學生，通過建立數學微積分模型的方式，讨論了“校園戀情”問題。
獎項設置
常規獎項：物理獎、化學獎、醫學生物獎、數學獎、心理學獎
專項獎：發明獎、幻想獎
特殊獎項：菠蘿U獎、菠蘿Me獎
入選範圍
菠蘿科學獎針對的科研，必須在正規學術期刊上發表的才能過關。評委有兩組，科學家評委和名人、媒體人等組成的星光評委。獲獎者也要具備“想象力、有趣、引人思考”的特質，簡而言之，必須是一位“可愛的科學家”。
菠蘿科學獎的獲獎者都是真正的科學家，入選作品必須在正規雜志或者學術交流會議上發表過，專家評審團也由中國頂級的科學家組成；另一方面，星光評審團則為嚴肅的科學注入了新鮮空氣，由他們進行次輪篩選評獎，以确保菠蘿科學獎的原發性幽默基因。
評選規則
1、經過各種途徑獲得的提名獎項，将其放在一個巨大提名池裡。
2、在評委團由科學家評委團、星光評委團、路人評委團構成，以保證頒獎結果的“科學性”“趣味”“想象力”等指标。
3、評委團提交候選名單後，組委會對其做最後篩選，保證信息真實有效，最後再出爐獲獎名單。
4、頒獎結果會在頒獎典禮上公布，頒獎典禮會進行視頻與微博直播。
社會評價
“菠蘿科學獎是一場向好奇心緻敬的盛宴，是好奇心指引人類走向一個又一個科學研究，也是好奇心讓人類在這個充滿威脅的世界活到了現在。”菠蘿科學獎總監王丫米。
