工作服務
合肥海關遵照中央和總署的各項決定和指示，緊密結合關區工作和地方實際，與時俱進，開拓創新，以加入長三角區域通關改革的實際行動表達對地方的支持，同時推出支持安徽奮力崛起的實施意見和重點業務改革舉措。牟新生署長視察我關時題詞“服務經濟，促進崛起”。合肥海關将以改革、創新、發展為工作的主線，不斷深化“特色海關”建設，更新服務理念，創新服務手段，提高服務水平，在辦精品業務，創金牌服務和建人文環境方面積極努力，充分發揮海關各項職能，為促進地方經濟發展作出應有的貢獻。
隸屬機構
蕪湖海關
行政級别：正處級隸屬機構主要職責：負責蕪湖市，宣州市（不含績溪、旌德兩縣）地區的海關業務
内設機構：辦公室、人事教育科、财務科、貨管科、稽查科、綜合科、統計科、監控科、加工貿易科、蕪湖海關駐朱家橋碼頭辦事處、蕪湖海關駐蕪湖出口加工區辦事處、蕪湖海關駐蕪湖經濟技術開發區辦事處（正在建設中）
安慶海關
行政級别：正處級隸屬機構
主要職責：負責安慶市範圍内的海關業務
内設機構：辦公室、業務一科、業務二科
馬鞍山海關
行政級别：正處級隸屬機構
主要職責：負責馬鞍山市範圍内的海關業務
内設機構：辦公室、業務一科、業務二科
黃山海關
行政級别：正處級隸屬機構
主要職責：負責黃山市，宣州市的績溪縣、旌德縣範圍内的海關業務
内設機構：辦公室、行政科、業務科
蚌埠海關
行政級别：正處級隸屬機構
主要職責：負責蚌埠市，淮北市，宿州市地區的海關業務
内設機構：辦公室、業務一科、業務二科
銅陵海關
行政級别：正處級隸屬機構
主要職責：負責銅陵市範圍内的海關業務
内設機構：辦公室、業務一科、業務二科
阜陽海關
行政級别：正處級隸屬機構
主要職責：負責阜陽市，亳州市範圍内的海關業務
内設機構：辦公室、業務科
池州海關
行政級别：正處級隸屬機構
主要職責：負責池州市及其所轄縣範圍内的海關業務
内設機構：辦公室、業務科
合關職能
辦公室
正處級，下設法規室（副處級）、文秘科、辦公自動化管理科，履行綜合行政、政策法規、政務信息化等管理職能。
關稅處
正處級，下設關稅科、加工貿易管理科，履行關區稅收征管、保稅加工和保稅物流的管理職能。
監管通關處
正處級，下設物流監控科、選擇查驗科，履行物流監控、查驗管理、通關管理和行郵物品監管的職能。
審單處
正處級，履行審單作業與審單職能管理職能。
綜合統計處
正處級，下設統計科，履行貿易統計、業務統計和統計分析監督職能。
稽查處
正處級，下設一科、二科，履行稽查、企業管理職能。
風險管理處
正處級，下設風險管理科、風險分析科，履行風險分析、風險管理職能。
緝私局
副廳級，下設辦公室（正處級）、政治處（正處級）、偵查處（正處級，下設偵查一科、偵查二科、查私科）、法制處（正處級，下設審理科）、情報技術處（正處級）、督察處（正處級）、蕪湖海關緝私分局（正處級，下設辦公室、偵查科、法制科），負責關區反走私綜合治理工作和涉嫌走私犯罪案件、行政違法案件的辦理。
技術處
正處級，下設通關運行科、網絡通信科，履行關區科技工作的管理職能。
财務處
正處級，下設綜合科、經費管理科、稅費管理科，履行财務管理職能。
人事教育處
正處級，下設人事科、工資教育科，履行幹部人事管理和教育培訓管理職能。
監察審計室
正處級，履行關區紀檢、監察、督察（審計）工作的管理職能，與駐署紀檢組、監察局、總署督察内審司對口。
現場業務處
正處級，下設綜合科、通關科、監管科、核銷科，負責辦理轄區(合肥、六安、淮南、巢湖、滁州)内進出口貨物、物品、運輸工具、轉關貨物的申報、驗放和實際監管手續，辦理加工貿易備案、核查、核銷業務，開展進出口減免稅備案、審批和後續管理，可開展屬地調查、稽查業務，辦理業務範圍和權限與各隸屬海關基本一緻。
駐駱崗機場辦事處
正處級，負責合肥市駱崗機場的客、貨運海關監管業務。
其他
中國電子口岸數據中心合肥分中心、合肥海關機關服務中心、合肥海關黃山教育培訓中心等合肥海關下屬事業單位的職責分工另行規定（見《合肥海關下屬事業單位職責分工規定》）。
安徽海關學會、安徽報關協會籌備組等合肥海關主管的社會團體的職責按照海關總署有關規定，并參照中國海關學會、中國報關協會的章程和相關規定，通過制定本會章程确定。
