與985工程的關系
985工程高校中，除了中國海洋大學、中央民族大學、華南理工大學、電子科技大學、東北大學、湖南大學、華東師範大學這7所外，其餘大學的校長、書記由中共中央、中央人民政府（國務院）聯合任命，中央組織部傳達。其餘的中央部屬高校由教育部任命校長、書記。
國防科學技術大學為副大軍區級，對應地方行政級别的話，與副省級或廳局級有所區别。
這些高校的校長、書記等高層領導由中央組織部任命而非教育部任命，因此一般學校介紹時說“中央直管”，一般即是指副部級大學，也稱副部級高等學校(簡稱“副部級高校”)、中央直管高校等。
按時間排名
1、1992年中央指定的書記、校長職務由中央管理的副部級大學（14所）
北京大學
清華大學
中國人民大學
北京師範大學
北京理工大學
北京航空航天大學
中國農業大學
北京醫科大學
（2000年4月3日，與北京大學正式合并，故以下按地域區分時無）
中國科學技術大學
複旦大學
上海交通大學
西安交通大學
哈爾濱工業大學
西北工業大學
2、2000年增列的副部級大學（7所）
浙江大學
南開大學
天津大學
南京大學
武漢大學
四川大學
中山大學
3、2003年12月增列的副部級大學（11所）
吉林大學
廈門大學
大連理工大學
山東大學
同濟大學
西北農林科技大學
華中科技大學
東南大學
中南大學
重慶大學
蘭州大學
（共計32所）
