基本變遷
九院于1958年在北京建院，經曆了三次基地變遷：1962年開始從北京遷往青海海晏221廠核武器研制基地：1969年遷往四川“九〇二地區”：1990年開始向綿陽科學城調整搬遷，實施相對集中，同年九院管理體制調整為國家計劃單位的相對獨立的科研事業單位。九院名稱先後使用過二機部九局、北京第九研究所、二機部第九研究設計院（其實從這開始才叫九院）、中國人民解放軍第九研究所、核工業部第九研究院。
發展曆史
1957年夏季，二機部成立核武器局，序号為九局。李覺任局長。
1958年7月，西北核武器研制基地定點在在青海省海晏縣金銀灘（即第一個核武器研制基地舊址）獲得批準。
1959年1月，籌建處正式成立。代号為221廠，職工工作證上為“國營綜合機械廠”作為掩護廠名。九局局長李覺兼任李覺兼任籌建處臨時黨委書記，副手有三位：吳際霖、郭英會和朱光亞。
1958年7月13日，二機部在北京成立核武器研究所（九所）。設立兩個研究室：一室是理論研究室，主任鄧稼先；二室是實驗研究室，主任是陳能寬。
1960年初，根據蘇聯596來信後的形勢，周恩來指示“我們就自己動手，從頭摸起，準備用八年時間搞出原子彈。”九所擴大了規模。調朱光亞任九所副所長主管科研、實習、生産計劃和學術活動工作；設立理論、實驗、設計、生産4個部，13個研究室。理論部正、副主任為鄧稼先、周光召；設計部主任龍文光。試驗部主任張興钤。九院第二技術委員會主任王淦昌，指導原子彈基本原理試驗和點火中子源發生器設計與試驗。第三技術委員會主任彭桓武。第四技術委員會主任郭永懷，指導核武器的力學特性，包括結構強度、壓力分配和振動等方面的研究。
1960年10月，九所機構調整為1室理論物理、2室爆轟物理（室副主任孫維昌）、3室中子物理和放射化學、4室金屬物理、5室自動控制（室主任疏松桂）、6室彈體彈道等6個研究室和一個加工車間，學術秘書室負責科研整體協調。還設立了非标準設備、建築工程兩個設計室。
1962年底，中央專委從13個部門抽調了15000人施工隊伍，與二機部的建築安裝隊伍共同組建了“221基本建設聯合指揮部”，李覺任總指揮。同時，九院改為理論部、設計部、試驗部、生産部體制。設立四個技術委員會：第一技術委員會負責原子彈的工程設計，正副主任吳際霖和龍文光；第二技術委員會負責非核部件（如常規化學炸藥）的試驗，正副主任王淦昌和陳能寬；第三技術委員會負責核武器爆炸試驗，正副主任郭永懷和程開甲(發展為國防科委21基地研究所）；第四技術委員會負責中子點火裝置，正副主任彭桓武和朱光亞。
1963年3月，221廠具備了科研、生産、生活的基本條件，九局機關與九所（除理論部外）的人員從北京調往青海221廠。
1964年2月25日，二機部決定在核武器局（九局）與核武器研究所（九所）基礎上合并組建"二機部第九研究設計院"，李覺任黨委書記兼院長，刁筠壽任第二書記、吳際霖任第一副院長兼副書記為實際行政負責人、郭英會、王淦昌、彭桓武、郭永懷、朱光亞、程開甲、喬獻捷、彭非、馬祥等任副院長。朱光亞仍然協助李覺、吳際霖統管科技工作。221基地為"221研究設計分院"。分院下設“四大部”：第一、二、三生産部，設計部、試驗部，理論部仍留在北京。
1965年3月6日，九院機關與221分院機關合并。
1965年5月，中央專門委員會批準代号為“九〇二工程”的核武器研制基地确立，分布在四川省綿陽市和廣元市的山區，主體在梓潼縣城。二所在安縣太平鄉，一所與三所在劍閣縣開封鎮溝内，四所在劍閣縣武連鎮山中，五所與十所在梓潼縣觀太鄉，六所與九所在院部附近的梓潼縣曹家溝，後又把平武縣響岩鎮境内的九〇三廠改稱九〇七所。二機部四局決定由二機部二三公司四處承擔九〇二工程的設備安裝。
1967年5月29日，毛主席批準221廠暫停“四大”(大鳴、大放、大辨論、大字報)。
1967年12月17日，國務院、中央軍委決定，九院轉歸軍隊系統，劃歸國防科委領導，1968年2月授予番号"中國人民解放軍第九研究院"。
1969年10月，九院開始由青海搬遷至九〇二地區、九〇三地區。九院下設若幹研究所，如三所。所下設研究室，如三所的301室、305室。研究室下設組，如301室四組。
1970年，朱光亞接任九院院長，理論部部長鄧稼先升任九院副院長。
1973年初，周恩來指派李覺、趙敬璞（原九院黨委書記）到九院四川地區；周秩（二機部404廠廠長）、胡若嘏（國防科委2局局長）到九院青海地區解決"二趙問題"。
1973年7月26日，國務院、中央軍委決定九院脫離軍隊序列，集體轉業，劃歸二機部領導。九院劃歸國防科工委建制後，大批軍隊幹部進入九院。這些幹部多數是好的，但在政治運動中，工作上存在重大錯誤，傷害了九院幹部、技術人員和廣大職工的感情。九院重新劃歸二機部建制，如何處理軍隊幹部與地方幹部之間的關系，趙敬璞代表二機部把軍隊幹部全部撤出，由地方幹部完全接手工作。
1973年12月13日，二機部決定，九院使用"第二機械工業部第九研究院"名稱。
1974年1月1日，九院一分為二，院遷往四川，二二一廠留在海晏。
1982年5月，二機部更名為核工業部，九院使用"核工業部第九研究院"名稱。
1983年9月14日，國務院、中央軍委批準九院建設布局調整，相對集中到綿陽市區。代号“839工程”啟動。
1984年10月24日，221廠通過了核工業部、青海省的企業整頓驗收，被評為一級企業，實行廠長負責制。
1985年1月30日，經上級主管部門批準，九院開始使用“中國工程物理研究院”作為對外名稱。
1987年6月24日，《國辦發40号文件——國務院辦公廳、中央軍委辦公廳批轉國家計委、國防科工委<關于撤銷核工業青海二二一廠的請示>》，國務院、中央軍委批準撤銷青海221廠，撤點銷号。221廠近萬名職工、離退休人員和家屬共3萬多人分散安置在全國27個省市532個縣市。核設施退役處理工程投資3000萬元，1993年6月通過了國家驗收，完成了三級退役要求。
1988年4月9日，全國人大撤銷核工業部，成立核工業總公司，九院更名為"核工業第九研究院"
1990年2月，中國工程物理研究院改由國防科工委歸口管理，在國家計劃中單列戶頭，成為相對獨立的國防科研事業單位。
1990年起，中國工程物理研究院開始逐漸向新基地科學城（839）搬遷，實行相對集中。
1994年6月15日，中國核工業總公司國營二二一廠向青海省海北藏族自治州人民政府正式簽訂移交協議。
2000年12月，國務院、中央軍委聯合下發"國發(40)号"文，調整國家相關部委對九院的領導分工，進一步加強了黨和國家對九院的集中統一領導。
