存在的问题
社会满意度低：
社会保险中最基本最重要的一点就在于，它强调的不是个人成本收益的平等，而是保险金的社会满意度。新型农村合作医疗作为一种社会保险，受益的农民和政府补助资金来源的纳税人的满意度对其成功与否具有举足轻重的作用。而调查中发现一些农民不参加新型农村合作医疗主要是基于新型农村合作医疗的保障水平低，农民了解不深，怕政策有变，认为是把自己的保险金拿去补偿别人了等的考虑。而参加新型农村合作医疗的农民不满主要是因为保障水平低，参加和办理报销的程序繁琐等。此外政策不公等导致新型农村合作医疗制度的社会满意度低。
保障水平低：
新型农村合作医疗制度是以大病统筹兼顾小病理赔为主的农民医疗互助共济制度。这个定义显示出新型农村合作医疗制度是救助农民的疾病医疗费用的而门诊、跌打损伤等不在该保险范围内，这项规定使得农民实际受益没有预想的那么大。
新型农村合作医疗的宣传不到位：
现有的宣传多集中在介绍新型农村合作医疗给农民带来的表面好处上，没有树立起农民的风险意识，也没有体现出重点，没有对那些不参加的农民进行调查，使得宣传大多停留在形式上。许多农民并不真正了解新型农村合作医疗制度的意义，他们仅从自己短期得失的角度考虑，由于自己身体好，生病住院的概率低，没有必要花那个冤枉钱。还有一些农民认为它跟以前的义务教育保证金一样，最后被政府骗走了，认为是把自己的保险金拿去补偿别人了。宣传也没有把具体的理赔标准发给农民，使得他们在理赔时，看到那么多药费不能理赔一些农民有被欺骗上当的感觉。
新型农村合作医疗制度的程序过于繁琐：
首先，参加新型农村合作医疗登记程序繁琐。 其次农村合作医疗的报销程序也很繁琐。城镇居民的医保都是可以拿来抵押一部分医药费的，可以直接在卡上交医疗费的，事后再来结算。国外的医疗保险更是让医院、医生与保险公司而不是患者发生直接的利益关系。有的村庄离报帐中心和信用社很远，来回的车费都比较贵。繁琐的登记、理赔程序增加了农民许多不必要的麻烦，降低了农民的满意度。
三层保障
“我们这里管新农合叫‘农村合作医疗保险’。这是前些年苏州地方立法时规定的。”张月林对记者伸着3根手指说，“参合农民健康有三层保障。即便是特困户，一般也不会出现因病致贫的情况。”
第一层是农合保险。当地有农业人口26.9万人。区、镇、村及农民个人每年共筹资326元。参合农民在区、镇医疗机构住院可获得50%～80%的补偿，门诊就医可获得40%的补偿，其中大病统筹最高封顶线可达20万元。
在相城区农合基金结算中心，记者请工作人员随意打开一名患者的结算单：8月28日在黄桥卫生院出院，住院5天共花去1145.42元，除掉农合基金补偿、让利等，患者付费508.77元，实际报销比例达到56%。
第二层是意外伤害保险。在解决了疾病的问题以后，苏州市想到的是，农民发生意外伤害的医药费由谁来买单?经过和商业保险公司协商，农民每人出10元，筹资及管理由农合经办机构承担，参合农民发生意外伤害，最多可以得到6万元的补偿。
“当时我们向农民群众宣传，一包烟的钱可以保大家一年平安。结果大家都参加了。”相城区卫生局局长朱建鸣说。
第三层是特困医疗救助。相城区共有特困人员5000多名。除了政府补偿让他们“无门槛”参合以外，发生个人承担的医疗费用后，特困救助基金承担90%，个人只出10%就行了。
报销比例
门诊补偿
(1)村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。
(2)镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。
(3)二级医院就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
(4)三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
(5)中药发票附上处方每贴限额1元。
(6)镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。
住院补偿
报销范围：
A、药费：辅助检查：心脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等各项检查费限额200元;手术费(参照国家标准，超过1000元的按1000元报销)。
B、60周岁以上老人在镇卫生院住院，治疗费和护理费每天补偿10元，限额200元。
报销比例：镇卫生院报销60%;二级医院报销40%;三级医院报销30%。
大病补偿：
镇风险基金补偿：凡参加合作医疗的住院病人一次性或全年累计应报医疗费超过5000元以上分段补偿，即5001-10000元补偿65%，10001-18000元补偿70%。镇级合作医疗住院及尿毒症门诊血透、肿瘤门诊放疗和化疗补偿年限额1.1万元。
报销范围
主要形式有：（1）商业医疗保险机构举办；（2）社会医疗保险机构经办；（3）大集团、大企业自办。
我国医疗保险制度改革的目标，是实现多层次的医疗保险体系。因此，国家鼓励企业建立补充医疗保险制度，以保证该企业职工医疗保险待遇水平不降低。具体规定是：
按规定参加各项社会保险并按时足额缴纳社会保险费的企业，可自主决定是否建立补充医疗保险。补充医疗保险基金，用于企业按规定参加当地基本医疗保险，对城镇职工基本医疗保险制度支付的待遇以外，由职工个人负担的医药费用的适当补助，减轻参保职工的医疗费负担。企业补充医疗保险费在工资总额4%以内的部分，企业可直接从成本中列支，不再经同级财政部门审批。企业补充医疗保险办法应与当地基本医疗保险制度相衔接。
企业补充医疗保险资金由企业或行业集中使用和管理，单独建账，单独管理，用于本企业个人负担较重的职工和退休人员的医疗费补助，不得划入基本医疗保险个人账户，也不得另行建立个人账户或变相用于职工其他方面的开支。财政部门和劳动保障部门要加强对企业补充医疗保险资金管理的监督和财务监管，防止挪用资金等违规行为。
