研究进展
转基因水稻获得成功始于1986年，Uchimiya等首先获得了卡那霉素抗性的转基因水稻愈伤组织。1988年，世界上就有3个实验室分别获得了转基因水稻植株。纵观转基因水稻的发展历程，利用转基因技术开展水稻遗传改良主要集中在下列几个方面：
抗虫性
应用于水稻抗虫性改良的外源基因主要有3种，一是从苏云金杆菌分离的苏云金杆菌杀虫结晶蛋白基因(Bt基因)，二是从植物中分离出的昆虫蛋白酶抑制剂(PI基因)，三是植物凝集素基因。科学家分别应用基因枪法、农杆菌介导法、电击法等成功地将cryIA(b)、cryIA(c)基因导入水稻中，获得了转基因植株，经抗虫性检测，转基因植株对二化螟、三化螟、大螟、稻纵卷叶螟等具有明显的致死效应。
以豇豆胰蛋白酶抑制剂 (CpTI)转基因水稻自交品系和其衍生的花培品系为实验材料 ,通过PCR扩增和CpTI表达蛋白活性的测定 ,研究了CpTI基因的遗传稳定性和表达特性。结果表明CpTI基因在转基因自交后代可以稳定遗传 ,而在部分花培品系中发生丢失。同时CpTI基因的表达表现出一定的时空特性 ,同一转基因品系中叶片CpTI蛋白的表达活性通常高于茎杆 ,而不同发育时期的CpTI蛋白的表达活性以分蘖期最高。
抗病性
水稻条纹叶枯病是水稻的主要病害之一,其病原为水稻条纹叶枯病毒(Rice stripe virus,简称RSV),RSV能侵染水稻、小麦、玉米等37种禾本科植物,引起严重减产,1975年Koganezawa首次报道了RSV具有分枝线状结构,日本东京大学农学院植物病理实验室对RSV做了一系列研究报道。日本国家农业环境所成功地将水稻条纹叶枯病毒外壳蛋白基因RSVCP导入水稻获得转基因植株，接种后2～3周发现转基因植株只有2%～3%发病,而对照则有95%～100%发病。
Christou等将Xa21基因导入水稻后,显著提高了水稻对白叶枯病和稻瘟病的抗性。何迎春等将烟草几丁质酶基因导入水稻获得了高抗纹枯病和稻瘟病转基因植株。四川农业大学将抗病和抗虫基因导入杂交稻的恢复系中,获得了转基因的双抗杂交稻等。
抗除草剂
20世纪80年代，美国孟山都公司以其拥有广谱、高效除草剂农达（草甘膦）的优势，率先开展除草剂抗菌性基因的转移研究与抗性品种的开发。随后，美国艾格福公司(AgrEvo)抗广谱除草剂草铵膦转基因水稻和美国氰胺公司的抗咪唑啉酮类除草剂转基因水稻相继问世。中国用于水稻抗除草剂的基因主要是PPT乙酰转移酶基因,即抗Basta基因(bar)，也已获得抗Basta水稻。
抗逆性
由于有关水稻抗逆基因的定位、克隆和分离工作难度较大，抗逆转基因水稻的研究报道还不多。已经导入水稻的抗逆基因主要有烟草中的CMO基因、甜菜碱生物合成酶基因codA和水稻耐淹能力有关的基因(pdc,pdc,pdc),将其转入水稻中分别获得了具有抗旱、耐碱、耐盐和耐渍的转基因水稻植株。
高产和优质性状
产量和品质是由多基因控制的综合性状，个别外源基因的导入只能使其组成成分中单一因子的水平获得提高，而对其综合水平没有明显的影响。提高水稻产量的基因工程主要设想是将高光效C4植物的磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶(PEPC)和二磷酸核酮糖羧化酶基因(RuBpC)导入水稻中，在水稻叶片的叶绿体中表达以提高水稻光合效率，达到增加产量的目的。
虽然Ku等将PEPC基因导入水稻，获得了光合效率提高近50%的转基因水稻，但离获得高产品种还相距甚远，只是为水稻大幅度增产带来了新的希望。在品质改良方面，富脯氨酸基因、富甲硫氨酸和赖氨酸基因、八氢番茄合成酶及其脱氢酶基因、大豆球蛋白基因和高赖氨酸基因等都已被成功地导入水稻并获得了转基因植株,对于开发特用稻米产品具有非常重要的意义。
优势特点
农药施用量少
科学家通过试验对比，发现转基因水稻同非转基因水稻的一个显著差别是农药施用量的差别。研究结果表明，种植转基因抗虫水稻的农户每季施用农药少于一次（0.5次），种植非转基因水稻的农户每季施用农药3.7次。在种植转基因水稻的地块上，有62%没有施用农药，近90%的转基因水稻田上没有施用治螟虫的农药。同种植非转基因水稻相比,转基因抗虫水稻的采用使农户每公顷农田减少16.77千克的农药，相当于减少了80%的农药施用量。
产量高
两种水稻在产量上也有显著差异。转基因水稻的平均产量比对应的非转基因水稻产量高6%—9%。科学家发现这主要是由于转基因抗虫水稻在生产过程中更有效地防治了螟虫的危害。
施用农药安全性提高
转基因抗虫水稻减少了稻农因施用农药而过敏以至中毒的现象。以2002年和2003年为例，全部种植转基因水稻的农户没有一例报告因打农药而中毒；在转基因水稻和非转基因水稻都种植的农户中，两年分别有7.7%和10.9%的农户报告在施用农药时中过毒,在全部种植非转基因水稻的农户中，两年分别有8.3%和3%的农户因打农药而中毒。种植转基因抗虫水稻对水稻生产和农民健康产生着积极影响。研究结果表明:农业生物技术能够促进中国农业发展、增进食物安全、提高农民收入和改善农民健康。
食品安全
获得安全证书的转基因抗虫水稻一共有2种，分别为转cry1Ab/cry1Ac基因抗虫水稻“华恢1号”及杂交种“Bt汕优63”，均由华中农业大学所培育。农业部农业转基因生物安全管理办公室负责人介绍称，农业部于1999年受理了这两种转基因水稻的安全评价申请，经过11年的评价，于2009年8月17日颁发了安全证书。
2014年8月17日，中国转基因水稻仅有的2张“安全证书”全部到期。如果续申请没有成功，则意味着中国将没有一种转基因主粮拥有安全证书，更不必说商业化许可。
历史污点
“历史污点”是指转基因水稻获得安全证书是在2009年，而并没有得到商业化种植的许可就被多次发现流入市场。最近的一次是央视报道的武汉转基因大米风波。2014年4月，央视记者在武汉市一家超市随机购买了5种大米，其中有3种含有转基因成分Bt63。
央视还报道称，中国出口欧盟的大米制品频繁被检出含有转基因成分，仅2013年出口欧盟的大米制品中，就有25次被查出含有转基因成分，大多是Bt63。
争议问题
转基因水稻会带来诸多生态环境和食品安全方面的风险。水稻是主粮，其安全性尤为重要，但转基因水稻的安全性没有经过长期评估，转基因水稻食用是否安全仍存在很大争议。
环境安全
在生态环境方面，转基因水稻会通过花粉将基因传播给近亲植物，这会令其它植物也出现转基因水稻(如抗除草剂)的特征，扰乱生态平衡规律。如果抗除草剂的基因传播到杂草，更会出现“超级杂草”，危害粮食生产。害虫长年累月地接触某种毒素，体内自然地会产生抗体，有可能变成不怕杀虫剂的“超级害虫”。
强势的转基因生物可能致使自然界原有的品种绝种，破坏生物多样性。另外，转基因改造过的生物可能会为其它生物如蝴蝶、瓢虫等益虫带来危害。
食品安全
在绿色和平报告和那些“暂缓推广转基因主粮”的呼吁书之中，都能看到食用转基因大米不安全，或者是安全性“尚无定论”的观点。
2010年2月22日，华中农业大学转基因水稻研究负责人张启发在回答有关领导人问题时曾表示，转基因抗虫水稻比符合国家安全标准的饮用水更加安全。中国的饮用水标准中，有毒的亚硝酸盐含量不能超过百万分之一，而转基因抗虫水稻中抗虫蛋白基因的含量为百万分之二点五，一个人每天可以饮水几公斤，却吃不了1公斤大米。不仅如此，Bt抗虫蛋白已经被证明对人体是完全无毒性的。
不少转基因反对者指出，转基因食品作为一种新事物，应当做到“绝对安全、零风险”。各国政府部门在评价转基因食品的安全性时都遵循一个原则：实质等同（Substantial equivalence）。也就是说，将转基因食品与非转基因的同类食品进行比较。
在农业部网站上，由中国疾病预防控制中心营养与食品安全研究所研究员杨晓光，以及中国农业大学食品科学与营养工程学院教授黄昆仑署名的文章表示，经过中国疾病预防控制中心和农业部农产品质量监督检验测试中心（北京）的检测验证，证明转基因水稻“华恢1号” 和“Bt汕优63”与非转基因水稻同样安全，消费者可以放心食用。
非法种植
转基因水稻在进行商业化生产之前必须先向农业部农业转基因生物安全管理办公室申请安全证明书，接着按照《种子法》和《主要农作物品种审定办法》的规定通过品种审定，然后才可以在市场上出售。农业部转基因办至今仍然没有对任何转基因水稻颁发安全证明书。
2005年，绿色和平揭发中国尚未通过安全测试的转基因大米已经在湖北地区种植了至少两年，且污染了湖北和其它省市的大米。
2007年，绿色和平揭露：转基因水稻被非法冒充为常规杂交水稻在湖南省进行田间试验并已申请品种审定，试图获取商业化种植资格。
绿色和平在湖北与湖南发现的这些转基因污染案例表明，政府在转基因生物安全管理体制上仍有漏洞，绿色和平呼吁政府加强转基因生物监管力度，谨慎对待转基因水稻商业化种植，强制标识转基因食品，以保障广大消费者的权益。
23地网友同日试吃
2015年2月8日，全国转基因大米品尝会京津站在北京湖北大厦举行。80名网友“试吃”了3公斤转基因大米。西安、杭州等20多个城市也举行了相关大米品尝会。华中农大向上述城市一共提供了30公斤的转基因大米。主办方科学公园负责人吴兴川说，一共有23个城市举办了品尝会，人数多则几十个，少则十几个，目前统计一共不少于500名网友参加了品尝会。
针对此事，曾制作质疑转基因安全性纪录片的崔永元表示，他认为此类科普品尝或存在违反科学伦理的情况。 他说，虽然参加品尝会的志愿者都签署了知情书，但不意味着一定完全了解情况，“就像医院里做手术前也要签，很多不懂的医学术语医生都要解释清楚，这是最基本的知情权。”“如果转基因生米进入运输等流通领域，则在基因漂移问题上无法得到完全保障。”崔永元说，在国外的转基因研究室，不光所有的植物最后都要放火烧掉，用过的土壤都要高温熏蒸后才能重复使用，防止基因漂移。
针对崔永元的质疑，活动主办方之一、基因农业网主编方玄昌回应称，大米基因漂移只能通过花粉传播，而已经制成大米的转基因作物，根本不可能存在基因漂移的情况。
经济影响
世界上没有任何一个国家批准转基因水稻的商业化种植。而转基因污染造成的社会经济损失却广泛而深远。2007年《国内消费者与海外市场，转基因水稻面临双重压力》报告显示：中国米制品行业因为转基因水稻在未经批准的情况下“早产”而提前遭遇了海外市场的暗礁。从2006年9月起，中国米制品因为含有转基因水稻成分而频频碰响欧盟及日本市场的警报。
根据欧盟食品与饲料快速警报系统的规则，各成员国对其所通报的产品都将采取撤架、召回或禁止入境的措施，由此给国内大米生产者带来以下影响：
直接经济损失
海外市场的监管部门启动控制措施后，其最直接的影响就是相关产品的撤架、召回乃至销毁。对于生产企业来说，这意味着正在销售的产品由于上述措施而造成货款无法回收，或者尚未开始销售的产品遭遇客户退货的情况。
长远经济影响
由于转基因问题所特有的不确定性，企业产品出现此类问题后所带来的往往是海外客户的丧失，即失去了海外的销售渠道，继而影响了企业的整个营销体系。
额外监控成本
为了应对海外市场对于转基因产品的重重壁垒，国内的企业在应付产品因转基因问题而遭遇的种种问题之余，还要投入额外的成本对产品进行检测、对原料供应商进行鉴别乃至对整条供应链进行监控。
院士请求推进转基因水稻产业化
2013年7月，中国61名两院院士联名上书国家领导人，请求尽快推进转基因水稻产业化。61名院士在建议书中写道：“推动转基因水稻种植产业化不能再等，再迟缓就是误国，转基因产业化发展不起来，则商业发展不起来，对科研影响非常大。”截至2013年，转基因水稻国产化科研水平正处于最好水平，仅从技术上说，和美国有得一比。但商业化运作就差远了。现在必须建立强大的种业公司，推进转基因水稻商业化种植。但目前转基因水稻商业化最大的阻力是政府决策。
“全国首届黄金大米品尝会”在武汉华中农业大学举行，300多名转基因铁杆支持者参加了活动方所组织的报告会，并参加了设在华中农大国际会议报告厅的“转基因大米晚宴”。
