设立缘由
1991年，“搞笑诺贝尔奖”由美国一本幽默科学期刊《不可思议研究年鉴》创立，该奖以科学的名义幽默，以幽默的形式演绎科学。
果壳网创始人姬十三设立菠萝科学奖的初衷，受到了美国“搞笑诺贝尔奖”的启发。但相较于“搞笑诺贝尔”对科学界的讽刺和自嘲，菠萝科学奖的口号是“有趣而严肃”、“向好奇心致敬”，让更多公众了解科学，也让科学走入公众。
首届菠萝科学奖于2012年4月颁发，颁奖典礼在杭州西湖文化广场浙江省科技馆举行。
奖项特点
“菠萝科学奖”和普通科学奖项最大的特点，在于既有学术研究的严谨性，又不乏趣味性。其研究的对象和方法，往往能令普通人会心一笑。例如，国防科技大学信息系统与管理学院的周星和克居正两位学生，通过建立数学微积分模型的方式，讨论了“校园恋情”问题。
奖项设置
常规奖项：物理奖、化学奖、医学生物奖、数学奖、心理学奖
专项奖：发明奖、幻想奖
特殊奖项：菠萝U奖、菠萝Me奖
入选范围
菠萝科学奖针对的科研，必须在正规学术期刊上发表的才能过关。评委有两组，科学家评委和名人、媒体人等组成的星光评委。获奖者也要具备“想象力、有趣、引人思考”的特质，简而言之，必须是一位“可爱的科学家”。
菠萝科学奖的获奖者都是真正的科学家，入选作品必须在正规杂志或者学术交流会议上发表过，专家评审团也由中国顶级的科学家组成；另一方面，星光评审团则为严肃的科学注入了新鲜空气，由他们进行次轮筛选评奖，以确保菠萝科学奖的原发性幽默基因。
评选规则
1、经过各种途径获得的提名奖项，将其放在一个巨大提名池里。
2、在评委团由科学家评委团、星光评委团、路人评委团构成，以保证颁奖结果的“科学性”“趣味”“想象力”等指标。
3、评委团提交候选名单后，组委会对其做最后筛选，保证信息真实有效，最后再出炉获奖名单。
4、颁奖结果会在颁奖典礼上公布，颁奖典礼会进行视频与微博直播。
社会评价
“菠萝科学奖是一场向好奇心致敬的盛宴，是好奇心指引人类走向一个又一个科学研究，也是好奇心让人类在这个充满威胁的世界活到了现在。”菠萝科学奖总监王丫米。
