修习方法
如果从密宗念诵咒语的修习方法来讲，它是利用一种特别的音符，震动身体内部的气脉，使它发出生命的潜能，变为超越惯有现象界中的作用，而进入神妙领域，乃至可以启发神通与高度的智慧。所以在东密的三部密法中，如金刚部、胎藏部、莲花部，便各有不同的咒语，使修习者为不同目的而达到不同的效果。如果从这一观点的立场来说，密宗咒语音密的最大重心是音声与人体气脉的关系，纯粹是一种超越物理的神秘作用。
主要内涵
“三密加持”是密宗修行的一个重要组成部分。包括身密——手结印契，语密——口颂真言和意密——心观尊佛。
手结印契
身密的主要修行就是“结手印”。简单的说就是通过两手十指相互交*结成不同的形状，并配合想象意念形成的修法。密宗手印的种类可谓数以千记，每种都有特殊的含义和作用，例如：吉祥印、金刚大惠印、大轮坛印、摧伏诸魔印、宝冠持宝印、光焰火界印、缚思等仙印、准九头龙印等等，虽然有些手印名字相同，但其结出的形状却大相径庭。像金刚甲胄印就是趋魔护体的一种（如是当以明印想成甲胄，擐于自身遍起光焰，恶心魔类四散驰走）。忍者九印依次为：独占印、大金钢轮印、外狮子印、内狮子印、外缚印、内缚印、知券印、日轮印和隐形印。
对东密而言，透过人体两手十个指头，配上心理想象的意念，契合某一修法，互相结成各个不同的“手印”，便可产生加持修学密法者的效力。密宗理论认为双手十指对外与法界佛性相通，对内与五脏六腑相通，所以修习密法时，结成“手印”，便可与法界中已经成就的请佛菩萨的身密互相感召，增加速成效果，自身也如同获得了佛的神通。
除了结手印以外身密还有各种坐势，它和手印一样种类繁多且各具意义，全跏趺坐中的“吉祥坐”与“降魔坐”是忍者常练习的两种。忍者平时经常要配合忍者五道（以后章节另有详述）中的“香”进行吉祥坐、降魔坐的精神集中修炼。
语密又称真言，是通过修习者口诵一串咒文使其心中产生造化物并促使他们异变，利用这种特殊的音符震动身体中的气脉，将心集中于一点上形成超乎寻常的潜能并启发神通与高度的智慧。密宗中真言的数量和手印一样也是种类繁多，例如：火天真言、阎魔王真言、四天王真言、金翅鸟王真言、罗刹众真言、罗刹王真言、加持句真言、三昧耶真言、不动尊真言、金刚甲胄真言等，另外还有五字真言、藏密六字真言（在中国非常有名的六个字，别告诉我你不知道！）、文殊八字真言。
忍者念的“临、兵、斗、者、皆、阵、烈、在、前”是东密中的九会曼荼罗真言。东密真言大多是根据古印度梵文字母的声与韵组合来发音的。不过，在日本高野山东密大道场所传出的咒语，大体上都已变成了带有日本音的梵语。现在要详实地研究密宗咒语的音韵，实在是一个非常复杂的问题。但不同于源自古印度梵文的藏密六字真言，“临、兵、斗、者、皆、阵、烈、在、前”这九个字始出于中国东晋的道教典籍《抱朴子》。大家都知道《抱朴子》是一部道家经典，分内篇与外篇两部分。内篇主要介绍的是道教的丹法、禁术与养生，外篇则是兵略、政论等相关内容。九字真言就出自《抱朴子·内篇·登涉》中。
意密是“三密加持”中最重要的一个环节，在整个密法修持过程中，身密和语密都要依*意密才能发挥作用。意密通过“观想”引发意识潜能而达到超然物外的境界。前面我说过忍术的九字真言是一种自我催眠的密术，正如现代魔术表演中魔术师对一位助手施以催眠说：“你是根棒子”，此时即使有人站在助手悬空的身体上他也浑然不知一样。意密利用结手印颂真言的过程集中意念、自我麻痹，他使忍者全身热血沸腾并变的兴奋异常，以至在战斗中可以暂时忘却痛苦，完完全全成为一部全功率运行的杀人机器。
基本经
东密最基本的经是《大日经》和《金刚经》。透过这两部经书所说的基本原理，我们能够得知人类具备超越于宇宙万有的自性本能，作为从事忍者这种特殊职业的战士来说，每一次战斗都是攸关生死的恶斗，既然是以性命相搏的死斗当然希望能发挥自己的全部潜力为生存而战，这时就需要一种能够激励自己的精神依托和让身体充分展现机能的催化剂，九字真言正好满足了这种需求，因此受到忍者们的推崇。
佛学
佛学大词典对“结印”解释如下：（术语）结印契也。密家极重其法，结此印必就师亲受，不为他人所见。一字奇特佛顶经上曰："于寂静处，应结契印，亲承禀而受。若异此结者，诸魅及毗那夜迦而作障难，死堕地狱。不灌顶者，不发菩提心者，彼人前不应结此等印。"七俱胝佛母准提大明陀罗尼经曰："即以涂香摩手而结手契，结契时以衣覆手，勿令人见。"
