古书记载
日本古书《和汉三才图会》记载：‘纳豆自秦汉以来开始制作。’始于中国的豆豉，日本也曾称纳豆为“豉”，平城京出土的木简中也有“豉”字。由于豆豉在僧家寺院的纳所制造后放入瓮桶贮藏，后由禅僧从秦汉传播到日本寺庙，所以纳豆首先在寺庙得到发展，是以亦称“唐纳豆”或“咸纳豆”。随后依当地环境发展出纳豆，如日本不用豆豉而用大酱，或用酱油不用豉汁。在日本更基于各地区特色，传承出诸如大龙寺纳豆、大德寺纳豆、一休纳豆、大福寺的滨名纳豆、悟真寺的八桥纳豆等等地方特产。
制作方式
传统制法将蒸熟的黄豆用稻草包裹起来，稻草浸泡在100度的沸水中以杀菌消毒，并保持在摄氏40度放置一日，稻草上常见的枯草杆菌（纳豆菌）因可产生芽孢而耐热度高，杀菌过程不受破坏，高温培养速度快也能抑制其他菌种，并使黄豆发酵后产生黏稠的丝状物，这种黏稠外观主要来自成分中的谷氨酸，被认为是纳豆美味的来源。
二十世纪后期高品质稻草取得不易，多已改用保丽龙或纸制容器盛装贩售。因此现代的制作方式，是利用蒸过的黄豆加上人工培养出的纳豆菌混合后，直接放在容器中使之发酵，黄豆以外之某些食品亦能制成纳豆。
而制作清酒时，原料的米中若不慎受纳豆菌沾染，以其快速的繁殖速度，将抑制酿酒所需的酵母菌。酿清酒处所不可出现纳豆，其他发酵食品可能也有类似情况，制程需多加留意。
纳豆菌属于弱酸性，会阻碍乳酸菌制造的乳酸。在技术上已经开发出气味较弱的纳豆，但由于使用了活发性较低的纳豆菌种，容易造成其他细菌的增殖空间。此外，纳豆菌的天敌是会寄生在细菌上的噬菌体病毒，在噬菌体开始作用后会降低纳豆菌的活动力，并可能造成其他细菌开始繁殖，因此应避免食用超过保存期限的纳豆。
食用方式
传统上先将纳豆加上酱油或日式芥末（一般在百货所卖的盒装纳豆，使用的是日式淡酱油还有黄芥末），搅拌至丝状物出现，置于白饭上食用，是为纳豆饭。也有人将纳豆和生鸡蛋、葱、茗荷、萝卜、柴鱼等各种食材一起混合。在北海道、东北地方有时也将纳豆和砂糖混合。亦有加上蛋黄酱的创意吃法。若未经搅拌便加入酱料会使水分过多，粘性也会有所消减，葱和芥末则能抑制“纳豆氨”刺鼻的气味。不习惯吃纳豆者则以为是腐坏的水煮黄豆。
营养成分
纳豆含有黄豆全部营养和发酵后增加的特殊养份，含有皂素，异黄酮，不饱和脂肪酸，卵磷脂，叶酸，食用纤维，钙，铁，钾，维生素及多种氨基酸、矿物质，适合长期食用维护健康。
经日本的医学家、生理学家研究得知，大豆的蛋白质具有不溶解性，而做成纳豆后，变得可溶并产生氨基酸，而且原料中不存在的各种酵素会由于纳豆菌及关联细菌产生，帮助肠胃消化吸收。纳豆的成分是：水分61.8%、粗蛋白19.26%、粗脂肪8.17%、碳水化合物6.09%、粗纤维2.2%、灰分1.86%，作为植物性食品，它的粗蛋白、脂肪最丰富。纳豆系高蛋白滋养食品，纳豆中含有的酶，食用后可排除体内部分胆固醇、分解体内酸化型脂质，使异常血压恢复正常。
黄豆与黑豆制成的纳豆
黄豆与黑豆在营养成分上有所不同，所以被纳豆菌利用情况也就不同。用黄豆生产纳豆，豆粒金黄、完整、较软，产黏液多、氨基酸含量高，同时苦味重、气味浓，这与氨基酸含量高是相关的，且活菌数远多于黑豆。黑豆生产的纳豆为黑色，带金属光泽，豆粒完整且较硬，黏液少、氨基酸含量低，所含活菌数也较少。黄豆与黑豆比例为8∶2时，共同发酵生产的纳豆的氨基酸含量和菌数均介于原料为全黄豆和全黑豆之间。从混合发酵的豆粒来看，明显易分辨，黄豆粒金黄，有金属光泽，表面黏液含量多，粒完整较软，而黑豆粒有光泽，表面覆盖的黏液少，粒完整较硬。黄豆容易被纳豆菌利用，生产的纳豆优于黑豆。
研究发展
日本:
有日本机构研究出纳豆中产生粘的成分可以制成纳豆粉末。
来自日本传统食品的水质净化剂尤其在发展中国家等发挥了显著功效。
纳豆的生理功能
溶血栓
1987年日本富崎医科大学须见洋行等首先发现纳豆激酶(nattokinase，NK)，随之将提取出的纳豆激酶应用于狗的血栓作用，证明是一种有纤溶活性的酶制剂，所以定名为纳豆激酶。NK是一种丝氨酸蛋白酶，能显著溶解体内外血栓，明显缩短优球蛋白的溶解时间(ELT)，并能刺激静脉内皮细胞产生纤溶酶原激活剂(t-PA)，从而更有效地发挥溶栓效果。纳豆激酶做溶血栓药物具有以下优点：
a.纳豆菌被FDA认证为食品工业的安全性细菌;
b.纳豆激酶分子量小，更易为人体吸收;
c.可以有消化道吸收，因此可以成为第一个口服性溶血栓药物;
d.直接作用于纤维蛋白，且作用迅速；
e.可以利用细菌发酵生产，因此造价低廉，有望开发为一种安全的食用血栓预防剂
抗肿瘤
纳豆中含有染料木素和染料木甙，类似枯草溶血素的脂肽，还含有丰富的植物雌激素和一种叫infrabin的类黄酮色素形成成分，这些物质有强烈的裂解功能，抑制肿瘤细胞的增殖。1967年金泽大学药学院的龟田教授发表了有名的纳豆抗癌动物试验，他将Ehrlich肉瘤移植到鼠的皮下，2～3天后，比较了右足部注入纳豆菌和没有注入纳豆菌的鼠的癌细胞生长情况。纳豆菌对动物的生长是无害的，但抑制了癌细胞的生长，龟田教授将有这种抗癌效果的纳豆菌命名为KMD1126。据报道，日本每人每天摄入的染料木素和染料木甙为1.5～4.1mg和6.3～8.3mg，其中染料木素是抗癌的主要活性成分；而欧美国家每人每天摄入的黄酮总量仅为几毫克。调查表明，日本人乳腺癌、肠癌的发病率远远低于欧美国家，因此认为常食用含染料木素高的纳豆，可有效降低癌症发病率。
降血压
纳豆周围的黏性物质中有血管紧张肽转化酶抑制剂(ACEinhibitor)，这种抑制剂分为水溶性和醇溶性两种，其中水溶性抑制剂为高分子量的蛋白质，IC50为12mg/mL;醇溶性抑制剂为低分子量物质，具有两种形态，抑制作用强于水溶性抑制剂,IC50分别为0.53mg/mL和0.95mg/mL，其pH和温度稳定性都很好。
这两种形态的醇溶性抑制剂的抑制模型是不同的，一种是竞争性抑制，一种是非竞争性抑制。1977年预防高血压帝国女子大学营养学教授林右市的研究小组在20年前就进行了纳豆预防高血压的实验，他们使有遗传性高血压老鼠摄入纳豆，与摄入等量大豆的老鼠作为对照。其结果是，食用大豆的鼠血压逐渐升高，4个月内平均波动达到0.033MPa;而食用纳豆的鼠血压4个月内波动最高值达到0.027MPa。
抗氧化性
纳豆中含有大量的抗氧化物质，如卵磷脂、异黄酮、α-生育酚(即VE)、超氧化物歧化酶(SOD)，其中卵磷脂经常食用可有效降低血脂、胆固醇及清除脑组织细胞中过氧化脂质色素，调节皮肤细胞和皮肤表面水和纳豆中含有大量的皂甙素，由于纳豆比大豆容易消化，所以纳豆里的皂甙素比大豆里的更容易为人体吸收。皂甙素是一种遇水便溶解、遇热便分解的物质，因此在豆腐、豆浆中含量很少。皂甙素不仅能够改善便秘，还可以减少血脂、预防大肠癌、降低胆固醇、软化血管、预防高血压和动脉硬化、抑制艾滋病毒。高度饱和脂肪酸对人体有害，纳豆里所含的生育酚正好可以消除它的危害。
防止骨质疏松和促凝血
纳豆含有丰富的维生素，包括维生素B2、维生素B6、维生素B12、维生素E以及维生素K。在纳豆中维生素K分为维生素K1和维生素K2两种，其中维生素K1包含在纳豆本身，不溶于水；而维生素K2存在于纳豆外面的黏性物质中，溶于水。纳豆周围含有许多的黏性物质，其主要成分是γ-PGA，它可在维生素K的参与下与Ca离子偶合，提高人体对钙的吸收。
抗菌消毒
纳豆可产生许多抗菌素，如杆菌肽、多黏菌素、2，6-吡啶二羧酸，这些物质对痢疾杆菌、原发性大肠杆菌O-157、O-111、O-144、伤寒菌、沙门氏菌等，都有强烈的抑制作用。
提高蛋白质的消化率
枯草杆菌不产生毒素，是对人体没有致病原的安全菌株，它能分泌很多酶类，如淀粉酶、蛋白酶等。利用它发酵大豆不仅可保持大豆几乎不含胆固醇、必需氨基酸含量高、营养平衡好的优点，而且可使大豆的消化率提高。杆菌发酵大豆后，在蛋白酶的作用下，促进了大豆组织的分解和蛋白质的水解，蛋白质的消化吸收率可以从原来的50%增加到90%以上。有50%～60%的大豆蛋白质转化为肽和氨基酸，其中10%是氨基酸，特别是谷氨酸较多，因此纳豆非常鲜。
调整肠功能
大豆中约有28%碳水化合物，其中2/3是半纤维素、纤维素和木质素等食物纤维，这些食物纤维在食用后可防止便秘、预防大肠癌和直肠癌，还可起到防止甘油三酯的增加和降低血清胆固醇等效果。另外，食用纳豆后，纳豆菌在肠中发芽增殖，作为营养物质能在肠内生活几周，分泌各种酶和维生素类物质可以与寡糖偶合，从而促进双歧杆菌增殖，对肠道菌群的微生态平衡起重要调节作用，保证肠功能的正常。
丑闻
2007年1月7日，日本关西电视台生活资讯节目《发掘！真有其事大百科Ⅱ》（発掘！あるある大事典Ⅱ）宣称“根据美国专家的饮食研究，进食纳豆可以有效减肥”。及后，该段内容被日本《周刊朝日》发现内容不实，《周刊朝日》并揭发该节目制作单位“日本Telework股份有限公司”（日本テレワーク株式会社，Japan Television Workshop Co.，Ltd.）捏造研究数据。2007年1月21日，关西电视台社长千草宗一郎为此公开道歉。
