事件原因
调查
这是波音757于10个月内第三次发生空难(同年2月6日，伯根航空301号班机于多米尼加对出海域坠毁，导致189人罹难；另外，1995年12月20日，美国航空965号班机也是一架波音757客机，坠毁于哥伦比亚，全机只得四人生还)。调查人员在听过黑匣子录音，得知当时驾驶舱不断发出互相矛盾的警告，如飞机超速同时，亦发出失速警告（理论上，一个相反的警告是不会同时发出）。导致仪器发生错误的主要原因是因为静压孔出了问题。
调查员发现飞机的高度表和速度表同时处在故障的状态，这属于飞机的动静压系统的一部分。所有的飞机都拥有动静压系统，飞机外部的舱孔测量机外气压以提供高度和速度的资料。如果这些舱孔被堵塞住，机上电脑就会发出错误的警告信息，这些舱孔被堵塞的原因成为调查员关注的重点目标。调查员通过水下载具发现施莱弗机长的静压孔被胶带完全封死。其后的调查揭示原因是当时地勤工人在进行飞机清洁之后，没有将黏贴在静压孔（位于飞机机身下前方）的护条除去。更严重的是，当时也没有任何主管人员负责监管飞机清洁过程；而机长在飞行前的检查亦没有发现此一问题，于是，603号班机便在“不适当飞行”的情况下起飞。
在机组员面对着飞机的一连串问题时，只能与塔台保持联络及接收来自塔台有关航班的高度。可是，塔台的雷达显示的信息都是来自603号班机的错误指示，因此，到最后603号班机的机员都对塔台的信息存疑。虽然603号班机一度要求利马机场方面安排飞机协助导航，可是在协助导航的飞机起飞前，603号班机已经坠毁了。
无线电通讯记录
此通讯记录来自事发当日秘鲁航空603班机黑匣子的原始记录，以下记录只显示重要对话。
·00:42:12副机师：高度仪有问题。（第一个出问题的仪器）
·00:42:49机师：什么事，没有爬升？
·00:42:51副机师：正在爬升中，但是速度？（速度计显示不正常）
·00:43:06副机师：方向陀比率。（方向陀比率警告，速度传感器出现异常）
·00:44:28机师：我们宣布紧急状态！
·00:44:31塔台：秘鲁航空603，继续。
00:44:32副机师：我们宣布紧急状态，没有基本仪器，没有高度计，没有速度计。[3]
事件经过
飞行航线信息
飞行过程
1996年10月2日，刚过午夜，603号班机机起飞之后没有多久，机组员便发现他们的仪器异常，飞行管理电脑也发出矛盾紧急信号譬如方向舵比率、超速、速度太低及飞行高度太低。机组员立刻进入紧急状态并要求返回机场。机员认为机上的飞行仪器是不可信赖的，机组员不停的收到由飞行管理电脑发出矛盾的紧急讯号，有些信号是对的而有些则不对。机组员相信他们在安全的海拔高度，所以他们决定小心的准备开始下降到可以降落到机场的高度。那时是半夜，飞机在水面之上，机组员看不到任何一个参考的物体可以用来确认他们实际的海拔高度，或者是帮助他们下降。此外，虽然机组员感受到飞机正在失速，而且飞机亦发出失速警告，但是他们不能够准确地观察飞机的飞行速度及垂直上升速度，加上他们已对机上的多个互相矛盾的警告不信任而置之不理(可是当时失速的警告却是正确的)。结果飞机的飞行高度正以极快的速度下降，但高度仪却没有任何相对应的改变。虽然当时高度计指着9700英尺，但实际高度比这个更低。
事件结果
飞机在大约在发出紧急信号的25分钟之后撞击水面。所有的9位机组员和61位乘客都死在机上。
事故影响
1、秘鲁航空：将原来的航班编号更改为691号。1999年秘鲁航空破产。
2、地勤入狱：将皮托管贴住的工人因为过失致死罪判刑入狱。
3、赔偿办法：1999年波音和秘鲁航空决定庭外和解，遇难者的家属都获得了大笔抚恤金，平均每位达100万美元。
4、系统改进：波音公司则加强了动静压系统问题的训练，制定新的规则，加装静压孔盖。自2006年以来，从未发生过类似秘鲁航空603号航班的事故。
