定义
多核苷酸链中由茎区(双链区、螺旋区)和环区(单链区)组成的类似于“发夹”状的结构。常出现在RNA的二级结构中，在蛋白质的二级结构中也有发夹结构。
单链体系
当反应体系只涉及一条“发夹”结构的DNA单链时，DNA由三部分组成，分别为可识别靶标分子的适配体、信号分子单元(往往为具有催化能力的DNA酶片段)及对“发夹”结构起稳定作用的尾巴结构组成。在加入待测物时，待测物与其适配体特异性结合，封闭的“发夹”结构被打开，“发夹”结构上的DNA酶片段能够与氯化高铁血红素形成G-四联体结构，催化H2O2氧化四甲基联苯胺(TMB)显色，从而获得检测信号[6]。该方法无需使用抗体，DNA序列相对简单，信号可视化程度高，被广泛用于小分子的灵敏快速检测。
双链杂交链式反应
当反应体系涉及两条链时，可识别靶标物的适配体与DNA酶片段分别位于H1的5’端和H2的中部；同时，设计H1的3’端碱基与H2的3’端碱基互补，H2的5’端碱基与H1的5’端互补。加入待测物后，待测物与H1的5’端的适配体结合形成待测物与适配体的复合物，使H1的“发夹”结构打开，新暴露的3‘端与H2的3’端碱基互补，使H2的“发夹”结构打开，并暴露出H2的5’端，进一步与H1的5’端发生碱基互补反应，从而实现单一检测分子引发HCR并形成DNA长链。由于每一个H2分子中部的DNA酶片段均可以在血红素存在时引发H2O2氧化TMB显色，从而使检测信号得到级联放大，提高了检测的灵敏度。
