隧桥开通前
上海长江隧桥开通前，上海交通管理部门设想调整原“申崇线”和“沪崇专线”的设置。分别为——
“长江隧桥一线”：停靠南门、堡镇、陈家镇、五角场、汶水路；
“长江隧桥二线”：停靠南门、堡镇、陈家镇、金桥和龙阳路。
后因有关部门规定申崇线采用点到点运行模式，中途不设立上下客站，两条路线更改为——
“沪崇线”：陈家镇-锦绣路科技馆地铁站；
“申崇线”：南门-中环线共和新路。
两条线路中途不设站点。
在隧桥开通前夕，有关部门又因公交路线设置长度不宜超过100公里，将原定于南门始发的“申崇线”缩线至陈家镇始发，更名为“申崇一线”；沪崇线更名为“申崇二线”。
隧桥开通后
申崇一线
2009--1-0:陈家镇-汶水路（原来中山北路）公交枢纽票价12元
申崇二线
2000--1-0：陈家镇-科技馆地铁站票价12元
申崇三线
2000-1-10:南门汽车站-汶水路公交枢纽，（原申崇线班线车）票价20元
申崇三线（区间车）
2011-1-10:堡镇汽车站-汶水路公交枢纽，票价17元
申崇四线
2000--1-0：长兴岛凤凰镇-科技馆地铁站（原申崇二线区间车）票价9元
申崇五线
2011-11-1：长兴岛凤凰镇-长横渡码头-吴淞码头票价8元（凤凰镇）10元（长横渡码头）
申崇六线
2010-4-19南门-巨峰路地铁站票价18元
申崇六线B
堡镇汽车站-巨峰路地铁站票价15元
2011年2月，上海市交通运输和港口管理局副局长周淮在上海交通网在线交流活动中表示，根据崇明市民的建议，堡镇地区将于近期开通直达巨峰路的公交路线。原计划开辟的申崇六线B（南门-川沙镇），改为堡镇-巨峰路。2011年12月1日，申崇六线B正式开通，由浦东新区金高公共交通有限公司和崇明巴士有限公司共同经营，初期配车8辆，营运时间6：00-19：00，票价15元。
注：以上所有申崇线可以使用老年卡和上海市公交卡（公交卡还可以享受优惠换乘）
0公里限制
陈家镇临时公共汽车站位于崇明岛最东角的花飘村，离县城尚有50多公里，有关部门拘泥于《上海市公共汽车和电车客运服务规范》中第十条“郊区跨区线、市通郊线路原则上控制在50公里以内”的规定，以线路过长为由，拒绝县城及岛内重要集镇至市区的公交线路。认为路线过长有交通安全隐患，而且不利于提高运营效率。
2010年8月18日首班车起，为方便堡镇地区乘客换乘申崇一线、二线，崇明巴士开辟堡陈线大站车（堡陈支线），中途只停靠堡镇镇区的体育场、小菜场、南堡镇和北堡镇后沿陈海公路直达陈家镇临时公共汽车站，全程票价5元，行驶时间为20分钟，比堡陈专线节省30分钟，在一定程度上缓解了堡镇地区乘客乘车难的窘境。
中途不设站
2012年6月1日起，崇明巴士公司所属申崇三线、申崇三线（区间）及申崇六线B等公交线路在每日晚19:00后至末班车，在崇明设利民路育林桥路站和大通路堡镇中路站增设下客站。
