历史沿革
1958年，牡丹江医学院创立。
1962年，牡丹江医学院改为牡丹江卫生学校。
1978年，牡丹江卫生学校更名为牡丹江医学专科学校。
1986年，牡丹江医学专科学校更名为牡丹江医学院。
1997年，学校一次性通过中国原国家教委合格评估。
2006年，学校在中国国家本科教学水平评估中被专家组给予了优秀的评价。
2009年，学校经中国国务院学位委员会批准为新增硕士学位立项建设单位。
2010年，被列为黑龙江省特色应用型本科高校建设单位。
2012年，被评为中国全国首批卓越医生教育培训计划项目试点高校。
2013年，学校获得硕士学位授予权。
2015年，学校在中国教育部临床医学专业认证中获得了6年有效期。
2018年2月，学校入选黑龙江省高水平大学和优势特色学科建设高校及建设学科。
办学条件
院系专业
据2018年6月学校官网显示，学校开设10个学院、20个本科专业，涵盖医学、理学、工学和管理学4个学科门类，拥有红旗医院、第二医院2个附属医院。
学科建设
据2018年6月学校官网显示，学校拥有学术学位一级学科硕士点4个、省级重点学科4个、省级重点培育学科2个。
学术学位一级学科硕士点：临床医学、基础医学、生物学、护理学
省级重点学科：础医学、生物学、内科学、影像医学与核医学
省级重点培育学科：药学、外科学
师资力量
据2018年6月学校官网显示，学校共有教职工2460人，其中具有高级职称人员723人、具有硕士以上学位人员762人；博士生导师、硕士生导师187人，拥有龙江学者特聘教授、国务院及省政府特殊津贴获得者、省级教学名师、省优秀中青年专家和省卫生系统有突出贡献的中青年专家24人，省领军人才梯队1个，省级教学团队2个；100多名教师担任国家级学会理事、省级学会副理事长等学术职务。
省级教学名师：李伟扬、高凤敏
省领军人才梯队：细胞生物学学科
省级教学团队：内科学教研室教学团队、机能学实验教学团队（负责人：金秀东）
教学建设
据2018年6月学校官网显示，学校拥有国家级一类特色专业1个、省级一类特色专业1个、省级人才培养模式创新实验区1个、省级重点专业4个、省级精品资源共享课程6门、省级实验教学示范中心3个。
国家级一类特色专业：医学影像学
省级一类特色专业：医学影像学
省级人才培养模式创新实验区：医学影像学
省级重点专业：临床医学、医学影像学、麻醉学、医学检验
省级精品资源共享课程：人体解剖学、组织学与胚胎学、医学遗传学、病原生物学、医学影像设备学、诊断学
省级实验教学示范中心：基础医学实验教学中心、临床技能实验教学中心、药学实验教学中心
学术研究
科研平台
据2018年6月学校官网显示，学校拥有2个省级重点实验室、2个省级高校重点实验室、1个省级博士后创新创业实践基地、1个省高校科技创新团队、1个省级教育科学研究团队，依托学校建有黑龙江省生物医药技术服务平台、黑龙江省博士后创新创业实践基地、黑龙江省高校校企共建工程技术研发中心和牡丹江市北药开发实验基地等科研平台。
省级重点实验室：抗纤维化生物治疗实验室、麻醉与Σ重病学实验室
省级高校重点实验室：组织损伤与修复实验室、肿瘤疾病防治实验室
省级博士后创新创业实践基地：医药研究中心
省高校科技创新团队：肿瘤防治创新团队
省级教育科学研究团队：黑龙江省高校药学类应用型人才培养研究团队
研究成果
据2018年6月学校官网显示，学校教师参加教材编写293部，其中主编教材68部；承担国家级、省部级科研课题140多项；承担省部级教育教学研究课题178项；获得省部级科学技术奖61项、省部级教学成果奖27项；发表学术论文12836篇，其中被三大检索收录论文491篇。2009年，合作获得国家技术发明二等奖1项。
2009年国家技术发明奖二等奖
学术资源
馆藏资源
据2018年6月学校官网显示，学校图书馆收藏文献总量超过150万册，其中纸制图书文献90余万册，60余万册电子文献资料，馆藏医学专业文献约占文献总量30%；拥有中国知网的学术期刊全文库（CNKI）、维普中文科技期刊数据库（VIP）、万方医学数据库、新东方多媒体学习库、SPRINGER、外文医学信息资源等中外文数据库10余个；购买了超星电子图书、多媒体医学课件和VCD/DVD视听教材、影视资料等多种载体资源。图书馆开通CALIS（中国高等教育文献保障系统）馆际互借服务。
学术期刊
《牡丹江医学院学报》是综合性医药卫生类学术期刊，是中国核心期刊（遴选）数据库、中国期刊全文数据库（CJFD）等数据库的来源期刊，被CNKI、万方数据库、维普数据库等全文收录；设有基础医学论著、临床医学论著、经验交流、个案报道、技术与方法、调查、综述、护理医学、高教研究与高校管理等栏目。
合作交流
据2018年6月学校官网显示，学校与俄罗斯太平洋国立医科大学、美国田纳西大学、韩国建阳大学、新西兰奥克兰大学、新西兰怀卡托理工学院、英国贝德福德大学、菲律宾法蒂玛大学等中国以外院校建立了交流与合作关系。
文化传统
形象标识
校徽校旗
校徽中间为绿色的M，为牡字的英文首字母。下方为蓝色弯曲的河流，代表牡丹江。1958为建校时间。校徽外围上方为学校名称，校名为历史学家郭沫若先生题写；下方位英文名称。
校旗位蓝底白字，左上方为白色的校徽。
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校歌
《远航歌》
词：姚黎英、王建林等；曲：申莲素
美丽如画的镜泊湖，奔腾流淌着希望的歌，
我们的家园，神圣医学殿堂，坐落在它的身旁。
健康所系，性命相托，牢记在牡医人的心上，
立德立行、唯实唯新是我们校训。
同学们！同学们！我们是莘莘学子，
我们要拼搏，让我们放飞理想去远航。
恪守医德，献身医学，铭刻在牧医师生心中，
团结勤奋、严谨务实是我们校风。
同学们！同学们！我们是白衣天使，
我们要奉献，让我们胸怀爱心去远航。
大医精诫，悬壶济世，呼唤着生命的力量，
刻苦钻研、文明向上是我们学风。
同学们！同学们！我们是祖国栋梁，
我们要创造，让我们满载收获去远航。t
精神文化
校训：立德立行、唯实唯新
校风：团结勤奋、严谨务实
学风：刻苦钻研、文明向上
教风：学高身正、敬业育人
牡医精神：执着、爱校、求实、合作、创新、奉献
现任领导
