事件
新华社香港7月24日电香港九龙铁路公司24日宣布，较早前受内地路段水浸影响的京九及沪九直通车服务，现已恢复正常。
自本月16日以来，受强热带风暴“碧利斯”影响，京广线的湖南及广东有多个路段出现险情，开往香港红磡的京九直通车和沪九直通车都受到影响，接连数日出现晚点。经过抢修，现在这些路段已排除险情，恢复正常。
历史
1980年代至1990年代初，上海铁路局曾先后3次向铁道部请示，要求开行上海至香港九龙的直通旅客列车，终因当时铁路运能紧张而被搁置。
1995年7月27日，上海铁路局就开行沪港直通旅客列车专门向铁道部写了调研报告，从分析当时该局上海到广州、南京到广州、杭州到广州3趟旅客列车的客流情况着手，提出尽快开行沪港直通旅客列车的必要性。数据显示，当时由上海至香港的年客流量已达120万人次，其中67万人次通过航空运送，尚有53万人次需要铁路运送。
1996年7月，因应香港回归中国，市场需求及内地来港人数增加，两地交流频繁，开行沪港直通车的计划被上海铁路局上报铁道部。同月，上海市人民政府向铁道部发出了关于请求开行上海至九龙特快旅客列车的公函。1996年8月铁道部专门成立了工作组，与香港九广铁路公司多次商谈。同年12月，时任香港九广铁路公司主席杨启彦和上海铁路局局长邓金华在上海签署了《上海—九龙直通旅客列车办法》文件，随后双方又就列车编组、运行时间、行包托运和售票方法、票价等有关问题达成了一致意见。
1997年3月26日，时任铁道部部长韩抒滨签发了《关于开行北京、上海—九龙直通旅客列车有关问题的请示》，并正式呈报国务院。国务院迅速批准方案，并要求上海铁路局全力以赴，确保在1997年7月1日香港回归之前开沪港直通旅客列车。
1997年5月11日，沪九直通车的新列车在上海至九龙间进行首次全程试运行。
1997年5月19日，筹办历时一年的京九直通车及沪九直通车由1997年5月19日起投入服务。当日上午，铁道部党组副书记、副部长孙永福，上海市副市长夏克强和香港九龙铁路公司代表及社会各界代表400余人参加了在上海站举行的开行庆典仪式。时任铁道部副部长孙永福和上海市副市长夏克强将列车牌授给列车长，并为沪九直通车首发剪彩。上午8时04分，首班沪九直通车由上海火车站发车。沪九直通车由上海铁路局上海列车段（今上海客运段）担当，车次为99／100次，采用当时最新型的高质量25K型客车，列车编组16节（其中3节至广州东站回转），载客448人。
当时列车会停靠常平站（现称东莞站）约一个小时，乘客须携带所有行李，在该站办理内地出入境手续。除了常平站，当时列车还停靠广州东、广州、韶关、郴州、衡阳、株洲、向塘、鹰潭、金华西、杭州东等12个车站。运行时间上行为28.42小时（15:00至翌日20:18），下行为29.06小时（08:04至翌日13:10）。沪九直通车目标客源是有空闲时间并有兴趣沿途旅游人士，当时全程硬卧、软卧及高包的正价票价分别为港币627、825及1039元，收益按比例分账，列车只需百分之六十的上座率九广铁路公司就可达到收支平衡。
2001年10月21日，全国铁路实施第四次大提速，车次更改为K99（下行）及K100（上行）。
2003年9月1日，根据国家质检总局、铁道部、公安部、海关总署四个部委决定，京九、沪九直通列车旅客及其行李物品办理出入境手续程序，由原来的东莞常平口岸办理改为在列车运行在广州东站至深圳站区间途中办理出入境手续。广州东站海关、天河出入境边防检查站以及天河出入境检验检疫局等出入境查验单位人员会在广州东站或深圳站上车，在广深线运行途中为旅客办理手续。列车不停靠东莞站，进出境旅客无需下车即可办理有关进出境手续，节约了近一个多小时的时间。
2003年10月1日，上海站出入境大堂启用，乘客只需在始发站及终到站办理出入境手续，于9月开始执行的过渡性方案取消。同时取消杭州东、鹰潭、衡阳、郴州、韶关的停站及客运业务[6]，运行时间缩短至25小时。
2004年1月某天，由韶山9型电力机车牵引的沪九直通车（K100次）运行至京广线白石渡站附近时，机车出现故障并机破，随后由韶关机务段由坪石站调度一台韶山6B型电力机车救援，牵引列车继续北上，沿途停靠郴州站、衡阳站，并晚点数小时到达株洲站。
2004年11月11日起，至2006年9月期间，受浙赣线电气化提速改造工程影响，沪港直通车全程运行时间延长了三小时。
2006年7月29日，中铁快运股份有限公司开始与上海铁路局、九广铁路公司合作，利用沪九直通车的行李车空余运能，开办上海至香港的包裹运输业务，并由中铁快运成立“K99/100次项目管理工作小组”进行管理。
2006年十月起，沪港直通车执行向个人和家庭旅客打折的票价优惠。同时购买旺季来回程车票可享九折优惠，而淡季可有八折优惠。单程票在淡季时也有九折优惠。（淡旺季的界定按港铁和上海铁路局公布为准）这个优惠政策一直使用至今。
2007年4月18日，全国铁路第六次大提速实行。列车等级由“快速”提升为“特快”，车次更改为T99（下行）及T100（上行）。沪九直通车行车时间由约24小时缩短至约20小时。
2008年1月，沪九直通车更换车体提升车厢等级，改用最高时速可达160公里的25T型客车（南京浦镇车辆厂2007年新造）。同时调整了机车交路。
2008年1月31日，受中国雪灾影响，一班原定于1月28日抵沪的T100次列车，晚点62个小时，于当天凌晨2时06分抵达上海站。车程用了53小时，为沪九直通车自1997年开通以来，时间最长的一次晚点。
2009年7月1日，铁道部实行新运行图，沪九直通车在沪昆线上按直达特快级别（最高速度160km/h）排点，沪九直通车行车时间再缩短一小时，即由原来约20小时缩短至18小时45分钟内。
2010年5月15日：由于2010年上海世博会的举行，随着香港大型旅行团参观上海世博会和内地居民港澳游双向旅游热潮的掀起，沪九直通车于5月15日开始增加编组，增挂一节硬卧车厢（车厢号为“加1”，位于2号与3号车厢之间），直通车满员载客从412人增加到了478人，以满足出入境旅客的需求。
2010年5月23日：受沪昆线K859次列车脱线事故影响，沪九直通车发生继2008年雪灾之后的另一次严重晚点，当日途径该路段的T100次沪九直通车先停靠江西新余，后改道经京九线、铜九线、宁铜线及宣杭线运行，并临时调整了机车交路，韶山9型电力机车在南昌站摘挂，换挂南昌机务段的东风4D及东风11G型柴油机车双机牵引。
列车最终在24日凌晨1时50分抵达上海站，延误近16小时。而沪昆线脱线事故亦导致23日从上海开往香港的T99次，以及24日从香港开往上海的T100次直通车延误。其中原定于23日晚上6点24分由上海发车的T99次列车，延迟至24日早上五点发车，并于当日晚上11点35分到达红磡站；而原定24日下午由红磡发车的T100次，延迟至25日凌晨12点25分出发。
列车编组
由1997年至2007年末，沪九直通车一直采用25K型客车，也是最早采用25K型客车作为列车车体的列车之一，而事实上25K型客车也是按京九、沪九直通车的运行需要而研制，一度代表着中国铁路客运的最高水平。当时的沪九直通车全列共17节车厢，包括高级包厢软卧车（高包）、软卧车、硬卧车、餐车、行李车及空调发电车。
沪九直通车列车编组（1997年6月—2007年12月）
2008年1月1日起，沪九直通车开始采用25T型客车，设有高级包厢软卧车（高包）、软卧车、硬卧车，另有餐车及行李车。进入香港的T99/T100次列车共有11节车厢，包括5辆硬卧车、3辆软卧车、1辆高包车、1辆餐车及1辆行李车，共载客376人。而后面的7节车厢为上海－广州东的T99/T100次，会在广州东站与进港的12节车厢连接（上行）或摘挂（下行）。而列车在抵达株洲站后会有一次换向。
机车交路
1997年至2007年12月期间，沪九直通车使用25K型客车，由于25K型客车不兼容电力机车的DC600V供电模式，故设有空调发电车。自2008年1月1日起，列车改用25T型新型直供电车底运行，并改用韶山8型及韶山9型电力机车牵引。
运行模式
上海站设有边检及海关后，取消东莞站停站，旅客在上海站办理出入境手续。由于在上海站办理了出境手续，意味着车上旅客已离境，因此来往香港的车厢会采用口岸管制的方式进行封闭管理，旅客不能在中途站上下车。沪港直通车开通以来，截止2009年8月底，上海铁路边检站共检查了出入境列车2000余车次，出入境人员57万人次；查获各类违法违规案件600多起，并成功破获外国人持假证入国境案。
沪九直通车车票预售期为六十天，而高级软卧包箱车票必须在始发站购买。
为了区别进港直通车（上海-九龙）和内地运行（上海-广州东）的T99/100次列车票额，在中国铁路客票发售和预订系统中，对进港的沪九直通车车次以“Q”代替“T”（“Q”代表“签”，表示需要出境签证），即变成“Q99”和“Q100”次以区分，但在实际运行中车次仍然是T99、T100。在售票时售票员直接输入Q99或Q100即可直接销售沪九直通车车票。
优惠方案
2013年11月13日，铁路上海站在微网志中公布了2014年沪港列车优惠方案，团体（四人以上）往返票最低打七折，硬卧折后票价最低约300元，从上海到香港九龙18小时36分钟，网友直呼实惠、便捷。市民可到北京或上海火车站及代售点购买去往香港的火车票，购票时无需提供签证等证件，只需在乘车时提供给列车员检查。
