签发流程
通常船公司的提单，如果不加任何不良批注，就表明该提单是清洁已装船提单，一般客人信用证中都会要求全套的清洁提单，至于提单上是否显示CLEAN ON BOARD，船公司基本不会显示这些字样的，但是对于这一点，各个银行有不同的做法，大多数银行都不要求提单上显示CLEAN ON BOARD字样。也就是说，他们不会把没有CLEAN ON BOARD作为单据的不符点，但是有的银行就一定要有。比如部分地区的中国银行就会出现这个问题，一般接到信用证申请以后跟银行确认，他们针对信用证上的该条是否要求提单必须显示，如果要求，那赶快通知客人不要在单据要求中显示该条目，同时告诉客人原因。
清洁提单的签发要看LC怎么要求的，大多数是FULL SETS OF MARINE CLEAN ON BOARD B/L，提单无须写明clean on board字样，但有个别客户LC会要求B/L MARKED CLEAN ON BOARD，就只能要求提单上必须出现clean on board字样。当然并非所有有关货物的批注都构成不清洁提单。例如，承运人对于提单上列有货物的数量、质量、价值或特性并不负责，即使托运人在提单上声明了内容、价值、重量、尺寸、标记、质量、数量等，承运人也视作不详。这些声明并不构成提单的“不清洁”。承运人对因包装性质（如装入纸袋、塑料袋内的货物）而引起损失或损坏予以保留的条款，即免责权利，也并不作为声明货物有缺陷，不构成“不清洁提单”。如果大副收据所列货物唛头、件数、重量等内容与提单所申报的不符，提单应根据大副收据作更正，这种更正过的提单应该说不构成不清洁提单，但可能遇到刁难挑剔的客户，也会以不洁提单为由而拒付。
在海运实践过程中，有些客户信用证要求在海运提单上显示“CLEAN ON BOARD”字样，实际上只要提单上没有特殊批注的提单均属于清洁提单，不影响银行结汇。而一般船公司都不会在提单上显示“CLEAN ON BOARD”，如MSC/NORASIA等等。HAPAG-LLOYD船公司如果要求可以显示在提单上，不过必须传真L/C正本复印件给到船公司，另外在提单的货描处必须加上： CLEAN ON BOARD：WEIGHT，MEASURE，MARKS，NUMBER，QUALITY，CONDITION，CONTENTS，VALUE，QUANTITY， IF MENTIONED IN THIS B/L FUNISHED BY THE SHIPPERS AND COULD NOT BE CHECKED BY THE MASTER/CARRIER。
相关责任
根据法律，对于因货物包装不良的原因造成的货物损失，承运人不承担责任。包装有内包装和外包装之分，外包装一般是目力所及的。如果没有复盖物，内包装也可能为目力所及。如果虽然签发了清洁提单，但承运人或代其签发提单的人确能证明在接收/装船时，该货物表面存在瑕疵，是否可以免除承运人的责任？如果根据接收/装船时的客观条件，比如光线等因素，一般人可以明显地发现表面存在瑕疵，而承运人或代其签发提单的人却不作批注，（应该批注而不批注），对由此而产生的损失承运人并不能免则。
根据ISBP79.“已装运表面状况良好”、“已载于船”、“清洁已装船”或其他包含“已装运”或“已装船”之类用语的措辞与“已装运上船”具有同等效力。
ISBP91.即使信用证可能要求“清洁已装船提单”或注明“清洁已装船”的提单，提单也无需出现“清洁”字样。
法律法规
1978年联合国海上货物运输公约（汉堡规则）第十六条规定：“提单：保留和证据效力。
1.如果承运人或代其签发提单的其他人确知或有合理的根据怀疑提单所载有关货物的品类、主要标志，包数或件数、重量或数量等项目没有准确地表
示实际接管的货物，或在签发“已装船”提单的情况下，没有准确地表示已实际装船的货物，或者他无适当的方法来核对这些项目，则承运人或该其他人必须在提单上作出保留，注明不符之处、怀疑根据、或无适当的核对方法。
2.如果承运人或代他签发提单的其他人未在提单上批注货物的外表状况，则应视为他已在提单上注明货物的外表状况良好。
3.除按本条第1款规定就有关项目和其范围作出许可在保留以外：
（1）提单是承运人接管，或如签发“已装船”提单时，装载提单所述货物的初步证据；
（2）如果提单已转让给相信提单上有关货物的描述而照此行事的包括收货人在内的第三方，则承运人提出与此相反的证据不予接受。
4.如果提单未按照第十五条第1款的规定载明运费或以其他方式说明运费由收货人支付或未载明在装货港发生的滞期费由收货人支付，则该提单是收货人不支付运费或滞期费的初步证据。如果提单已转让给相信提单上无任何此种说明而照此行事的包括收货人在内的第三方，则承运人提出的与此相反的证据不予接受。”
《中华人民共和国海商法》第七十六条规定：“承运人或者代其签发提单的人未在提单上批注货物表面状况的，视为货物的表面状况良好”。
当承运人签发了清洁提单以后，就不能再主张：“因包装不坚固发生货损，承运人不承担赔偿责任”。如果承运人主张“因包装不坚固发生货损，承运人不承担赔偿责任”，必须在提单上批注包装有瑕疵。
