建设规划
地铁13号线首台盾构成功下井n7月4日上午9时许，伴随着350T履带吊运转的轰鸣声，深圳地铁13号线首台盾构于后海站顺利下井，标志着地铁13号线正式进入隧道区间盾构施工阶段。后海站—科苑站盾构区间线路自南向北敷设，需穿越相关建（构）筑物及道路，区间左线长731.5米，右线长735.6米，该区间计划于7月底完成盾构始发前置条件准备。
为确保盾构下井条件按期满足，后海站北端头自5月1日起开始土方开挖，5月27日基坑见底，6月2日完成第一段底板施工，到6月30日完成最后一段顶板浇筑。施工期间正处于深圳雨季，频繁降雨对施工极为不便。对此，深圳地铁集团与中国建筑科学统筹，组织相关参建单位集中优势资源，最终历时60天顺利实现盾构下井节点目标。这为后海站至科苑站区间右线盾构始发提供了决定性的基础条件。
自此地铁13号线正式开始进入隧道区间盾构施工大干新阶段，13号线建设将全面提速。
2020年4月10日，国家发改委发布关于调整深圳城市轨道交通四期建设规划方案的批复，共涉及地铁20号线、11号线延长线等9条地铁线路，总里程约76公里。其中，深圳地铁13号线二期，含北延段和南延段。北延段自上屋站至公明北站，已于2020年8月18日开工，线路长度18.8公里，采用A型车8辆编组；总投资229.18亿元，项目建设工期5年。南延段自深圳湾口岸站至东角头站。线路长度4.47公里，总投资49.62亿元，建设工期5年。
2020年12月29日上午，深圳市轨道交通四期调整路线第二批线路之一：13号线二期南延，在地铁16号线二期阿波罗站举行开工仪式。深圳地铁13号线二期南延工程位于南山区内，由深圳湾口岸站引出，终至东角头站，线路全长3.82公里。
2022年1月19日，地铁13号线北延线下公区间（下村站-公明北站）左线“先锋1号”盾构机顺利出洞。
截至2022年2月14日，深圳地铁13号线二期北延线全线 18 个明挖工点已全部进场施工。其中，3个工点完成主体封顶，9个工点完成围护结构围闭，7 个围护结构施工。
2022年4月25日，规划正式官宣13号线线路站点名称、位置：地铁13号线一期南起自南山区深圳湾口岸，止于宝安区上屋北站，跨越南山、宝安、光明三个行政区，线路全长约 22.4 km。线路共设车站 16 座，其中换乘车站 11 座，全部为地下线，线路两端均预留延伸条件，沿线设内湖全地下停车场，出入线与登良东站接轨途经站点：上屋站、石岩站、罗租站、应人石站、百旺港大站、留仙洞站、石鼓站、西丽高铁站、高新北站、高新中站、深大站、粤海门站、科苑站、后海站、人才公园站、深圳湾口岸站。
2022年5月，由该集团承建的深圳市城市轨道交通13号线二期（南延）工程东角头站-歌剧院站区间轨排井即将完工，迎来最新进展。
2022年7月，地铁13号线二期（北延）工程四工区——「长春北路站~下村站」区间右线“先锋3号”在经历了6个月的设备选型、适应性再制造工厂预装、进场组装、调试运行后，顺利始发。
2022年8月15日，13号线二期（北延）项目三工区「月亮路站～东周路站」区间左线隧道顺利贯通。
2022年9月13日8时，由中冶华南与中国二十冶联合承建的深圳市13号线共建综合管廊工程罗宝区间顶管机顺利始发，标志着顶管段管廊施工正式开始，工程建设再次取得重大进展，跑出了项目建设“加速度”。
2022年9月21日，深圳地铁13号线深大主变电所迎来首台大型设备，随着450吨吊车组装、起钩、变幅、回转、落钩等一系列动作，两台重达88吨的110kV主变压器在13号线深大主所施工现场顺利完成吊装。
2022年9月，中建交通华南公司深圳地铁13号线二工区科兴站主体结构顺利封顶。
2022年，由中建四局承建的深圳地铁13号线二期(北延)二工区迎来重要节点,随着最后一块顶板浇筑完成,深圳地铁13号线二期(北延)工程同观路站主体结构顺利封顶。
2022年10月，中建交通华南公司深圳地铁13号线二工区深大站——科兴站区间右线盾构始发前条件验收顺利通过。 11月11日，深圳市轨道交通13号线项目首列车在江门市下线。
线路走向
一期线路自深圳湾口岸至上屋北，串联南山深圳湾总部基地、科技园、西丽高铁枢纽、留仙洞总部基地、白芒科研机构以及宝安石岩片区。将会成为西部偏东的一条重要交通线路。
深圳地铁13号线线路图
二期线路从上屋北向北延伸，串联光明城高铁站、光明凤凰城新区，直至光明公明街道的公明北站。同时从深圳湾口岸向南延伸，到达东角头站与深圳地铁2号线换乘。
深圳地铁13号线二期线路图
设备设施
深圳地铁13号线采用8节编组A型列车，设计速度100千米/小时，列车全长23·54，宽3米，载客可达到310人，预计2022年正式上线。
线路运营
港铁技术咨询(深圳)有限公司(以下简称港铁咨询)与中铁电气化局集团有限公司(以下简称中铁电气化局)组成的联合体，获得了深圳市轨道交通13号线公私合营项目中标通知书，后续将与深圳市政府正式签署PPP项目合同，并组建合资公司，而港铁咨询与中铁电气化局分别占该合资公司的83%及15%股权，其余2%权益将由深圳市政府的附属公司深圳市特区建设发展集团有限公司持有。合资公司对PPP项目进行投资、建设及为期三十年的营运。
正在施工中的深圳市轨道交通13号线工程分为A、B两部分，A部分的土建工程部分由深圳市地铁集团有限公司负责出资建设。合资公司将投资、建设B部分的车辆、信号、自动售检票系统等机电设备及铺轨工程，B部分总投资额约49.1亿元人民币。n
深圳市轨道交通13号线工程是支持后海中心、留仙洞总部基地、光明新城等重点建设地区发展的中部地区南北向骨干线。一期工程南起深圳湾口岸站，北至上屋北站，全长约22.4公里，设站16座，采用地下敷设方式。全线设一座停车场，内湖停车场位于内湖公园南侧和东滨路北侧，工程正在紧张施工中，初步预计将于2023年投入服务。
二期工程
二期工程的价值意义深圳地铁13号线北延线有效串联起深圳与东莞的交通联系。而深圳湾口岸站将会向南延伸，串联深圳市规划十大重要文体设施—深圳市歌剧院，在此设置歌剧院站，南延线可提高深圳湾公园地区的轨道服务水平。
深圳地铁13号线二期南延建成后将串联蛇口、后海、西丽、石岩、光明、公明等片区，成为深圳南北向骨干线兼顾市域快线，进一步满足和提升深圳市民文化、休闲及娱乐的高品质交通需求。（深圳新闻网评）
工程进展
2021年5月1日，中建深圳地铁13号线留仙洞站，顺利完成最后一段顶板结构浇筑，车站实现封顶，逐步转入附属结构施工。
