办公室
协助局领导掌握全市卫生工作情况，协调局机关政务；负责局机关的文秘、档案、机要、保密、督查、信息和新闻发布工作；协调人大政协提案、议案的办理；负责重要会议的筹备和重大工作的督办；按照局党委决定负责办理干部、职工的考察、考核、招录、调配、奖惩等；负责局管干部、后备干部队伍和卫生人才队伍建设。
规划财务科
拟订全市卫生事业发展规划，负责卫生基本建设投资计划编制、基建工程管理、绩效考核、政府采购、卫生装备计划、准入以及后勤设施更新、报废的审核工作；负责全市卫生事业经费的安排、使用和管理，局机关经费的管理和使用；负责对下属单位的财务、基建、国有资产监督管理和审计工作；参与各种医疗保险制度改革工作和专项资金的监管；制定卫生财务管理有关规定，管理和指导下属单位的卫生统计、医疗卫生收费价格等。
业务科
拟订全市医药卫生科技发展规划，及中、西医疗业务、继续医学教育、卫生专业岗位培训计划。依法监督管理医疗机构的医疗质量和服务质量；负责修订全市医疗机构设置规划；负责组织实施国家基本药物制度，贯彻国家基本药物目录，指导基本药物采购、配送和使用；负责组织实施、监督管理全市药品、卫生材料、器械招标、集中采购工作；负责医疗技术等要素的准入管理；负责城乡合作医疗工作。
