分类争议
于1995年，有建议将巨牙鲨分类于另一个新的属中，称为古鲨属。但是到目前为止，仍未能就分类的问题上作出解决。很多古生物学者主张分类为古鲨属，而另一些有海洋生物学背景的学者则坚持巨牙鲨与大白鲨的关系，而分类为噬人鲨属。主张古鲨属的学者认为巨牙鲨的祖先应为于始新世的Otodus obliquus，而大白鲨的祖先则为Isurus hastilis。
孑遗介绍
当大部份主流的专家都认为巨牙鲨已经灭绝，但仍有人认为巨牙鲨的孑遗仍然存在，但证据仍似乎较缺乏及含糊。有指从挑战者号发现的巨牙鲨牙齿化石表面所积聚的锰，推算出巨牙鲨应在10,000至15,000年前依然生存。但却亦有指这种估计是不准确的，认为巨牙鲨在上新世之后的估计是根据过时的测试方法。而更有指出巨牙鲨可能是沿岸的鲨鱼，在深海生存的可能性微乎其微。一些其他将疑似鲨鱼的大型生物当作是巨牙鲨的报告，多是将姥鲨科、鲸鲨科或其他大型的生物误认为巨牙鲨。
