动画列表
1柯南VS基德VS铁剑！宝刀争夺大决战！2000
216名嫌疑犯！？2002
3柯南、平次与消失的少年2003
4柯南、基德与水晶之母2004
5目标是小五郎！少年侦探团的秘密调查2005
6追踪消失的钻石！柯南·平次VS基德2006
7来自阿笠的挑战书！阿笠VS柯南&少年侦探团2007
8女子高中生侦探铃木园子事件簿2008
9十年后的陌生人2009
10怪盗基德孤岛决战2010
11来自伦敦的绝密指令2011
12传说中的球棒的奇迹2012
分集剧情
OVA1柯南VS基德VS阿剑！宝刀争夺大作战！
故事的主人公是《名侦探柯南》、《魔术快斗》和《城市风云儿》里的三大主角同时登场，情节非常搞笑。
某天放学后，柯南和少年侦探团来到毛利侦探事务所，发现一名少女拿着基德的预告函来求助于小五郎，信上写着基德要偷取少女家的宝刀……前来偷取宝刀的基德和在少女家居住的少年——铁剑发生了争斗，到底宝刀会鹿死谁手？而柯南从一开始就觉得很奇怪，到底是什么地方奇怪呢？
OVA216名嫌疑犯
16个人被邀请到白鸟警官的别墅，后来发现了一瓶打碎的酒而展开的推理故事……其中里面穿插了新一和兰以前的一些美好回忆。
平次、和叶，高木、佐藤之间的恋情也有所提到，是部很温馨的OVA。
OV3柯南与平次与消失的少年
柯南和兰被平次邀请到大阪旅游，碰巧遇到了和步美、光彦、元太很相似的茧美、干彦、健太，他们委托平次帮他们找到他们失踪的朋友小智……于是柯南和平次依照线索层层推理，终于找到了绑架小智的凶手。最后他们四人用各自的绝招把凶手给制服了
片尾曲之后的剧情涉及到M7《迷宫的十字路口》的预告。
OVA4柯南与基德与水晶之母
怪盗基德再次登场！这次他的目标是英格拉姆帝国的宝物——水晶之母！快斗和青子也在火车里，快斗一直在思考水晶在哪里，好变身为基德去偷取，他是否会成功呢？柯南和兰这次又是被平次邀请到大阪，他又是否能抓到基德呢？而潜在的危机到底是怎样被化解的？
该故事改编自《魔术快斗》漫画第4卷，与漫画不同的是，柯南等人物也将登场。
OVA5目标是小五郎！少年侦探团的秘密调查
故事围绕着2005年公映剧场版《水平线上的阴谋》的第二主角展开。讲述作为学校教学的一环，少年侦探团成员到毛利侦探事务所参观、与毛利小五郎一同跟踪调查者、发现绑架案等一系列故事。
OVA6追踪消失的钻石！柯南·平次VS基德！
柯南接到一通自称打错的电话，可是，柯南看穿那是一通恐吓电话，便和与打错的人声音酷似的平次一起开始了调查。仿佛是为了嘲笑柯南他们一般，怪盗基德从天而降出现在他们面前。他的目的到底是……！
OVA7来自阿笠的挑战书！
阿笠给少年侦探团留下暗号，自己假装被绑架了（本来是准备当孩子们解开暗号后去米花神社边下的餐厅吃饭的）……当侦探团的孩子们将暗号一一揭开，来到米花神社，谁知道博士竟真的被卷入了绑架事件中……
OVA8女高中生侦探铃木园子事件簿
铃木园子要出演以及写推理剧本，大家帮她想剧情，兰幻想新一在推理案件的过程，以及少年侦探团出演梦中的推理剧本，极尽搞笑之能事……新一能解决剧本中的“案件”吗？最后出人意料的结局又是什么样呢？
而且值得一提的是，本部OVA与同年的剧场版《战栗的乐谱》中都出现了长笛等乐器以及名曲《奇异恩典》。
OVA9十年后的陌生人
某日，柯南因高烧而病倒。灰原联想到了之前柯南体内的APTX4869的成分与解毒剂的试作品发生的反应，让柯南喝下了新的解毒剂试验品。伴随着强烈的晕眩后，柯南再次睁眼发现自己平安地恢复了工藤新一的样子。回到了帝丹高中本打算吓唬大家一下的“新一”，却发现这里的样子有点奇怪……？
在本作中，不仅少年侦探团的大家以高中生身份登场，连小兰也将以10年后的样子出现，该作一度被误传为“柯南大结局”。
OVA10怪盗基德孤岛决战
在某孤岛的酒店里展示了华丽的宝石“阿尔忒弥斯的眼泪”，而怪盗基德发出了盗取宝石的犯罪预告书，恰巧遇到在酒店参加聚会的柯南一行，侦探与盗贼的对决再度上演。用精巧的设计将华丽的“阿尔忒弥斯的眼泪”盗走的基德，是否能逃脱柯南的追查？他们又会卷入怎样的阴谋中？
OVA11来自伦敦的绝密指令
在博士和柯南去伦敦的期间，到底发生了什么事让柯南紧急打电话给光彦呢？小哀最爱的三明治口味又是什么呢？去买东西的路上，神秘的黑衣人和小哀感觉到的压迫感又是怎么回事？
OVA12传说中球棒的奇迹
某天早晨，柯南（高山南配音）被阿笠博士（绪方贤一配音）叫到了棒球场。此时厂商正在进行一场小学生之间的棒球赛，分属GUTS和TRYS两队的青梅竹马美苗（野中蓝配音）和阿明（宫田幸季配音）相互对抗。柔弱的美苗被阿明轻松击败，落寞的美苗不慎被什么东西绊倒，原来是一根半没于地下的球棒。阿笠博士说这是名将松井秀喜的球棒，传说能拔起它的将获得极高的棒球天赋。赛程过半，美苗的球队落后，她将责任都归到自己身上，遂决心再度拔出球棒。不过围绕这根“传奇”球棒，新的故事又由此展开……
其他柯南短篇Secret File
《名侦探柯南Secret File》是收录了9部少年SUNDAY自创动画的特别版DVD。
Magic File
Bonus File
小学馆短篇集
小学馆的名侦探柯南动画原创录影。这些OVA都是附属于小学馆出版的一些儿童百科全书，随同这些儿童读物一起出售。内容则以科普为主，当然比较适合小学生观看，长度大在15-20分钟之间，出版时间在1998-2012年之间。由于出版年代都比较早，都是录影带。
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