简介
高中生侦探工藤新一与毛利兰在游乐园游玩时发现两个行动诡异的黑衣男子，便跟踪他们，不料被灌下一种叫“APTX4869”的神秘毒药，然而因为药物副作用，新一的身体竟回到孩童状态。为不使周围的人受到牵连，他化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰家中，用阿笠博士发明的手表型麻醉枪让毛利小五郎睡着，接着用蝴蝶结变声器模仿他的声音来进行推理，解决了许多案件，并一直寻找着黑衣组织的人的下落，希望有朝一日将其绳之以法，并变回原来的样子。
区别
动画中各个案件的顺序与漫画原作中的顺序有很大的区别，也存在部分情节的添加、删减与变更，并增加了动画原创故事。
部分人物在动画中的登场时间也有所改变，如少年侦探团的成员们在动画第1集便登场，铃木园子的登场时间也被提早。但也造成了矛盾：第1集中光彦等人见过新一，到了第192集中却说不认识新一。
动画前期的每集标题几乎都是以“××事件”的形式出现，第140集左右开始便很少再使用这种标题。
动画最初期因为“低龄化”的定位，制作组在动画中将黑社会性质的黑衣组织进行了屏蔽，修改了第5集《新干线大爆炸事件》和第13集《奇怪的寻亲杀人事件》中相关情节，但却造成后面的情节无法自圆其说：漫画“新干线事件”中里出现了琴酒和伏特加，柯南通过窃听得知二人的代号，但动画第5集中改成了与组织毫不相干的两人——因此“得知二人代号”变为第52集《雾天狗传说杀人事件》片头柯南在独白中提及自己已经得知两人的代号，但具体通过何种途径则不得而知。漫画“寻亲事件”中化名为“广田雅美”的宫野明美最后被琴酒和伏特加揭穿身份，并被二人暗杀，动画第13集中暗杀者改成了冲田，“广田雅美”的结局也变为被警方逮捕——由于与灰原哀登场有关的明美之死的剧情与后文无法衔接，于是动画制作组就在灰原哀登场篇之前制作了第128集《黑衣组织10亿元抢劫事件》，在此集中补完了明美之死的剧情，但仍然造成了剧情漏洞，即“在动画中宫野明美登场两次并抢了两次银行”；并且由于明美之死在动画中被改编，所以漫画中相关的灰原登场的情节也被延后（明美在漫画第2卷登场，灰原则在漫画第18卷才登场），作者青山刚昌便创作出了服部平次这一角色，来替代无法登场的灰原作为柯南的对手。考虑到剧情关联性的因素，动画中后期关于黑衣组织的情节也不再避讳。
动画第86集《诱拐现场特定事件》、113集《白色海滩杀人事件》改编自《名侦探柯南》漫画特别篇（见“名侦探柯南特别篇”词条），并非改编自漫画原作。
动画第219集《被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德》的第一个故事“钟楼对决”改编自《魔术快斗》漫画第4卷“漆黑之星”篇，并非改编自《名侦探柯南》漫画，这是《柯南》动画正集中唯一一篇改编自其他漫画作品的故事。此举导致动画中正面描写了黑羽快斗（第二代怪盗基德真实身份）等人的日常生活，实际上《柯南》漫画中从未正面描写第二代怪盗基德真实身份就是黑羽快斗，只点明第一代怪盗基德是黑羽盗一。
漫画Vol.57File.8《逃亡者》未改编为正式TV版情节，仅和OP23中的故事相似，后改编为M18公映纪念特辑《逃亡者毛利小五郎》（NOTTV手机电视台播出）和2015新年特辑《谨贺新年·毛利小五郎》。
因为涉及版权问题，漫画“口哨男连续杀人案”中犯人所吹的披头士乐队《Let it be》的名字，在动画533~535集台词中被完全隐去。类似地还有“奥斯卡奖”改为“粤斯卡奖”，iPhone的商标被改动。
动画第585集中，出现了“二学期”字样，表示柯南已经升入一年级第二学期（注意不是二年级，而且日本的学校一年有三个学期）。漫画中至今未出现过类似情节和叙述。
考虑到该动画的电视台播放档期为午间档（北京时间14:00~19:00之间），此时间段观看电视的主体存在未成年人，动画中死者的血液均改为黑色而非红色。在中后期部分动画中，将死者的眼睛由原作中的睁着改为闭着，不会对死者面部进行特写，之前还有尖叫警告，“尸体”一词也改用比较中性的“遗体”一词来代替。（前期部分集数已出现此现象，但后期更普遍。同时期《金田一少年之事件簿》也开始限制对尸体的描写）
动画中也修改了部分不恰当的“裙底走光”描写，“色情男”被改称“浮气男”，在第230集中也删掉了漫画中暗示琴酒与贝尔摩德有过肉体关系的暧昧对话。
动画第622集《紧急事态252（前篇）》中，考虑到“3·11”震灾中民众的心情问题，动画制作组也删除了原作中关于地震的描写。
电视动画说明
播出时间
《名侦探柯南》动画在1996年1月8日开始在日本电视台、读卖电视台播出，成为读卖台最长寿节目，于日本时间每周一19:30~20:00播出一集，2008年10月20日（TV515）起改为每周一19:00~19:30。2009年4月4日起，为了配合日本电视台新节目《サプライズ》的播出，播出时间改为日本时间每周六18:00~18:30（即北京时间17:00~17:30）。2015年7月18日（TV785）起，中国大陆于北京时间每周六19:30网络播放。
版权引进
1997年，动画《名侦探柯南》在中国大陆地区开始由广州俏佳人文化传播有限公司独家引进并发行。
2012年起，中国大陆地区的《名侦探柯南》动画由上海世纪华创文化形象管理有限公司、上海新创华文化发展有限公司代理发行。爱奇艺、优酷、土豆、乐视、腾讯、搜狐、PPTV、风行、迅雷看看、PPS（引用爱奇艺等视频网站的链接）向代理商购买了网络播放权。网络同步播放权由爱奇艺、腾讯视频、PPTV、乐视网获得。[另外，该公司同时负责此品牌的电视、音像及衍生产品授权。
剧集说明
1.下方“分集剧情”列表中，“★”标注表示加长版特别篇（参考下文“加长版特别篇”部分），“◆”表示动画原创（即漫画原作中没有的），“B”表示出现黑衣组织，“F”表示出现FBI，“C”表示出现CIA，“S”表示出现工藤新一，“X”表示出现服部平次，“K”表示出现怪盗基德。（注意不要将标注与动画名称相混淆）关于主线剧情的情况，请参考下文“主线剧情简介”部分。
2.电视上播放的动画顺序与DVD版的收录顺序不一致，该列表以日本电视台播放顺序为准。
3.根据日方对海外版集数的统一要求，剧集中的加长版特别篇被拆分，因此海外版剧集编号与日版有差异，下方列表中括号内表示海外版集数。其中，中文配音版已播出至第837集《欢迎来到织女俱乐部》，对应日版第784集。
4.2011年8月~2012年12月间播出的《怪盗基德忙碌的约会》《公主殿下爱魔术》等以第二代怪盗基德（黑羽快斗）为主要人物的11集动画，改编自青山刚昌的另一部漫画作品《魔术快斗》，以柯南特别篇形式播出，日本官方未算入《名侦探柯南》动画目录中，后作为《魔术快斗》动画第2~12集收录入《魔术快斗》DVD与BD中（《魔术快斗》动画第1集为独立播出。详见“《魔术快斗》相关特辑”部分以及“魔术快斗”词条）。2015年新年特辑《谨贺新年·毛利小五郎》也未计入正式TV版目录。因此，上述节目虽以“名侦探柯南特别篇（特辑）”的形式播出，但皆不属于《名侦探柯南》正式动画。
