背景设定
大战终结后2年……
对世界造成破坏和混乱深渊的摩登元帅武装政变，在正规军的反攻作战下被镇压。作战成功的两名关键角色，马尔克和塔马得到了晋升。在以自己之手营造的和平下，特殊部队“游隼”为了重建工作而努力着。
有一天，马尔克和塔马被召回了正规军的参谋本部，摩登一党的动向最近似乎变得活跃起来。虽然莫登叛逆军的势力已经被铲除，但是正规军上层的各国政府腐败者与摩登元帅主张相同的人却出乎意料的多，小规模的叛乱偶有发生。不过，最近的叛乱却越来越有组织计划性。在对全球各地的情报进行综合分析的结果显示，各地叛乱都明确表明了大规模作战计划的存在。而能够策划并指挥这样大战的只有一人。
恶魔 唐纳德·摩登元帅。
两年的时光也没能消除摩登的阴霾么？但即使是摩登，也不可能在短时间内准备第二次政变。摩登到底还活着么?
如果他还活着，究竟会用什么手段，在什么时候发动政变？
而且，能够在短时间准备武装政变的秘密是……？
马尔克和塔马被指配了一个秘密任务，那就是对反叛军先发制人，防止第二次武装政变爆发。这是一个由少数精锐部队接连突袭镇压反叛军并将其全部击溃的严峻作战。为防止情报泄露，就连他们的上司都不知道详情的高保密性指令。无论如何，绝不能让摩登的阴影再次笼罩全世界。
这次任务可谓比前次大战还要严峻，但两人当场就答应了。如果摩登还活着，那这次一定要根除他。虽然两人干劲十足，但这次任务却附带了一个意外条件：与情报局所属的特殊工作部队“麻雀”共同作战。
原本打算只由PF部队解决的两人表示反对，但参谋本部没有接受。这是由于对实战部队燃起竞争意识的情报局意图，以及上层彼此对立等错综复杂缘故交杂在一起的结果，但马尔克他们并不知道。最终在不了了之的结果下被将军们强行决定下来。
作战当日，麻雀小队派来了两位士兵，英里和菲奥，年轻女性。
“我是笠本·英里中士，叫我英里就行了。”
“那个，能见到前大战的两位英雄，我感到很荣幸。我是麻雀部队的菲奥·哉勒米一等中士。这是我第一次参加这么大规模的作战，我没问题，我会努力的，请多多关照。”
“喂，马尔克，你要和这些女人一起行动吗？”
“事到如今还说什么?时间到了，作战计划开始！”
就这样，镇压政变的作战开始了。马可他们能防患于未然吗？摩登真的还活着吗？还有，叛逆军的可怕秘密是？
这次的战争开始了！
角色设定
游戏中共有四名可选择角色，分别是马尔克、塔马、菲奥、笠本英里。角色不存在性能上的差异，仅在细节动作上存在各自的特点。
物品道具
武器装备
载具
在原载具“SV-001”的基础上，引入了三种新载具，新载具提供了不同的移动方式及优势。
场景地图
《合金弹头2》采用Q版像素风格画面，其共有六个关卡，主题包括沙漠、金字塔、火车、香港、地下通道、冰原堡垒，其中的多个场景可以进行破坏并出现额外的隐藏道具。
游戏机制
该作延续了《合金弹头》的玩法，除了在原基础上增加武器类别及载具外，还引入了玩家状态转换的系统。
遭遇木乃伊喷出的紫色雾气及蝙蝠的药剂攻击将会使角色木乃伊化。这将使玩家的移动速度急剧下降并丢失特殊武器，角色只能手持手枪，其射速只有普通手枪的一半；投掷手榴弹会更加缓慢，并且无法进行近战攻击。再次命中攻击将导致角色在紫色火焰中燃烧并死亡，通过解药可以使玩家恢复人类形态。
肥胖形态发生在任务4的香港场景中，通过拾取大约七种食物后，角色会变得肥胖。肥胖会增加玩家的火力，但相应降低角色移动速度，并且武器外观、待机动作、近战攻击等等也会发生外观上的转变。随着时间推移、拾取减肥食物、完成任务将解除该状态。
除了形态转换外，该作为系列首次提供辅助角色在战斗中帮助玩家。
配置要求
游戏评测
《合金弹头2》的要素一直被后续作品沿用，例如可选角色的增加、操作手感的改良等等，在故事剧情上有所延伸，新增反派阵营“火星人”，使作品滑稽搞笑的风格再次得到了延续。（游侠网评）
《合金弹头2》加入了两名女性人物、新的载具及完整的剧情，使得该作成为《合金弹头》系列中的经典作品，深受玩家喜爱（3DM评）
