简介
台湾海峡，是贯通中国南北海运的要道，处于中国东海大陆架上，地形起伏不平，平均水深约60米。海峡位于亚热带、北热带季风气候区。受黑潮影响，海峡水温较高，盐度和透明度较大、风浪较大。
台湾海峡资源丰富，是中国重要渔场之一。鲯、鲔和鲨为这里三大渔产。海峡底部富集油气资源，还有钛铁、磁铁、金红石、独居石和锆石等矿，品位高，储量大。
海峡两岸，自古以来就是中国的神圣领土，周朝为七闽地，春秋以后为闽越地。秦置闽中郡，三国时吴国设建安郡，并派兵到台湾，北宋置福建路，并开始对台湾编户管辖，元设立福州、泉州2个行省。清代，福建区划继承明制，增设台湾府，属福建统辖。1885年，台湾府单独设省。辛亥革命后，均置福建省。 清光绪年间中日甲午战争中战败，据中日《马关条约》，清政府被迫割让台湾及澎湖于日本，直到1945年台湾光复，台湾及澎湖列岛重归中国版图。
由于台湾海峡两岸都是中国领土，且海峡宽度在200海里以下，依据《联合国海洋法公约》，台湾海峡水域除了两岸12海里以内的“领海”外，大部分为中国的“专属经济区”。
位置境域
台湾海峡，为位于闽、台两省间的海域，是连接东海与南海的水道。其南、北界限的划分不尽一致。南界常有二种划分，自台湾岛猫鼻头（有鹅銮鼻之说 ）至东山岛或南澳岛（还有认为福建与广东两省海岸交界处 ，或福建的诏安头 ）。北界常有三种划法，自台湾岛北端富贵角至福建连江北茭（黄歧半岛北茭咀 ），或至闽江口或至平潭岛（海坛岛）北端痒角。
《福建省志·海洋志》载：根据台湾海峡具有鲜明的综合特性，其南、北界限除根据闽、台两岸地形特点外，还基于海底地形、地质、地貌、地震以及闽江等入海泥砂等综合特点进行划界。南界：台湾南端猫鼻头（屏东县南端）至广东南澳岛（属汕头市南澳县）。北界：台湾北端富贵角（新北市北端）至福建连江北茭（黄歧半岛北茭咀、连江县东北端苔菉镇北茭村）。
台湾海峡NE（北东~南西）向纵向延伸，南北长约400公里（一说约370公里 ，一说205海里，约380公里 ），面积约9万平方公里（一说约83000平方公里 ）。南宽北窄，南口宽约400公里（一说220海里，即407公里 ，一说约410公里 ），北口宽约200公里（一说90海里，即167公里 ），北部最窄处（平潭海坛岛）~台湾白沙岬（台湾新竹西北海岸）为130公里（约70海里）。南浅北深，南有台湾浅滩，成为与南海的天然分界，往东北方向渐深，北口通向东海陆架。
地质地貌
地质变动
海面变动是海、陆变迁的重要原因。在地质时代，台湾海峡曾经历过多次海陆变迁。传统的说法根据中国第四纪有四次冰期，与世界气候期大体相当，认为台湾海峡有四次海面升降。早更新世（80万年前）鄱阳冰期，海峡海面曾下降约60米，台湾海峡大部分露出水面，大陆上新世—更新世动物种群（剑齿象、犀牛、大角鹿、四不像等动物）从大陆迁徙到台湾，后期气候转暖进入鄱阳—大姑间冰期，海面上升，海峡沉沦为海。中更新世有大姑冰期与间冰期，晚更新世有庐山冰期与庐山—大理间冰期，中、晚期有间冰期与大理冰期，相应台湾海峡海面也先后有数次升降。当海面下降时海底露出，台湾浅滩成为联系闽、台的陆桥，大量古动物与古人类移居台湾，构成有台湾古“左镇人”。冰后期（11000年以来）气候逐渐转暖，海面回升，在距今6000～10000年前海侵达到高峰，海峡及沿海区为海水淹没，沿海大海湾形成。
台湾海峡是个巨型沉降带，长期处于下降之中。正是地壳的下降运动，部分抵消了玉木冰期极盛时期海面下降的幅度，台湾海峡没有出露成陆。台湾海峡的海水还越过现今海岸线，进入福建沿海大陆沉积海相地层，那个时候台湾海峡的海面高度大大低于现今海面。故认为前人提出的1.5万年前台湾海峡出露成陆仅是一种推论，并没有直接证据。
台湾海峡新构造运动，如以第四系沉积来说属于沉降性质，地貌形态的上升总体表现不清。但台湾浅滩有大量人类遗物及古动物化石存在，砂层中有适于浅海或潮间带生活的生物遗体（如蚶、蛤、贻贝等），表明曾有上升成陆或处于滨浅海环境，20世纪90年代末仍处于侵蚀状态，水下砂丘受海洋动力作用较为活动。
地质特点
台湾海峡是一个分区明确具有独特性质的海区。它东、西为闽、台所限。北界以宁德—三貂角断层为界。该断裂在陆上长度（松溪—宁德）达150公里，入海延伸后长达200多公里，规模宏大。并切割台湾岛北端，构成为观音隆起北界，其南侧沉积厚度仅550米，北侧增厚至3400米，最大断距达2600米。南界根据地形轮廓、地质构造、地震及沉积盆地环境差异等特点也较明确。如上杭—诏安断裂在陆域长达160公里多，入海延伸后与福建滨海断裂交汇，成为地震多发区之一，历史上曾发生7级以上地震，而其西南（南澳岛西南）广东境内并无7级地震发生。南侧的南海珠江口盆地也与台西盆地环境存在差异。珠江口盆地中新世为滨、浅海相沉积，早第三纪为陆相。而台西盆地中新世为海陆交互相，早第三纪为浅海相。台西盆地较珠江口盆地埋藏浅，新生界地层薄，火山活动频繁，地温梯度高，与珠江口盆地有显著不同。故台湾海峡南界以南澳岛—台湾猫鼻头为界。
地貌特点
台湾海峡处于中国东海大陆架上的台湾海峡，海底起伏不平、丘谷相间，地势十分复杂。海峡北部区域水深一般为60～80米，南部为70～160米，仅高雄港西南有一深水区，最大水深在1000米以上。海峡中部海底有一东北—西南走向的隆起带，即由台中浅滩、澎湖列岛和台湾浅滩，向西至福建南部沿海形成一个弧形的海底山脊，成为台湾海峡海底谷道的“分水岭”。该“岭”以东水深一般为49～166米，以西水深大多在50米左右。
台湾海峡内部地形可分若干单元：
· 台中浅滩
台中以西的台中浅滩，与东部阶地相连，东西长100公里，南北宽18至15公里，水最浅处9.6米。
澎湖岛岩礁区
两浅滩之间为澎湖岛岩礁区，南北长约70公里，东西宽46公里，由岛屿、礁石和许多水下岩礁组成，北部岛礁分布较集中，水道狭窄；南部岛礁分散，水道宽阔。 澎湖列岛由64个岛屿组成，是海峡中的主要岛群。
· 澎湖水道
澎湖列岛与台湾本岛之间有澎湖水道，南北长约65公里，宽约46公里，为地壳断裂形成的峡谷，水深由北部70米逐渐向南渐深至160米；再往南延伸，水深达1000余米，是连通南海海盆的海峡最深处。澎湖水道为台湾西岸南北之间和台澎之间联系的必经通道。
· 八罩水道
东西走向，宽约10公里，水深70余米，分澎湖列岛为南北两群，为通过澎湖列岛的常用信道。
· 岸坡
福建海岸水下25米等深浅以内地形坡度一般较缓，仅海坛岛、晋江围头附近岸坡较陡。而台湾西岸水下25米等深浅以内坡度较陡。
· 海坛岛东侧水下高地
顶部在水深25米以上，呈近东西向断续展布，延伸约50公里。
· 台湾浅滩
位于22°30′～23°46′N、117°10′～119°20′E，为东海与南海的分界。台湾浅滩水深最浅，水下地形由30~40米等深浅包围，面积约8800平方公里，以25米等深浅为界，长约150公里，南北最窄处约50公里。水深最浅处仅为10米以浅。内有砂丘分布，谷、峰间隔起伏，最大高差达22米。80%的砂丘底部宽度小于400米，底部大部平缓，坡度2°～7°的砂丘占77.1%，8°以上的只有13.7%。 许多水下沙丘组成，不少地方有基岩出露及散砾。浅滩南部水深变化大，150米左右为大陆坡折处，水深急剧增至公里以上。浅滩及其延续体形成一海槛，横立于海峡南部入口处，对东海和南海海水的交换，产生特殊的影响，底质地貌特征主要为陆源碎屑沉积物，生物沉积物以及少量火山物质等。
· 海峡西部盆地及深槽
海峡西部盆地又称中央盆地，位于23°30′～25°15′N，水深大于50米，西为福建岸坡，东为澎湖列岛、澎北台地，北为海坛岛之东的水下高地。深槽位于23°55′～24°50′N，水深大于70米，最大深度超过80米。
· 澎湖与澎北台地
澎湖列岛附近为小于50米的台地，露出水面为岛屿，其南有八罩岛等台地与台湾浅滩相连。澎北台地位于24°0′～24°40′N，水深小于50米。
· 台西北盆地
位于台湾新竹西北侧海域，水深大于60米，在海峡范围内延伸长约15公里，西南浅，往东北深，最大深度达90余米。
· 台西南深水盆地
位于澎湖之东南、台湾西南及台湾浅滩东南。为陡坎相接，从40米陡降至100米，再降入1000～2000米深水盆地，达南海海域。其北为澎湖水道。
· 闽东北海区
南接台湾海峡，北至约27°10′N海域。地形特点与海峡明显不同，大体而言其内海底起伏程度低，海底自西向东缓缓倾斜，并渐深至100米以深。但海底坡度变化仍有所差异：50米以浅，地形坡度变化较缓；50米以深，地形呈波状起伏下降，起伏高度10米左右，一直倾斜下降至100米以深。
· 波状平原
陆架海底海底倾斜波状平原。台湾海峡内平原较窄，自岸坡水深下降至60余米。除闽江口外的海峡北端略宽以外，闽中、南岸坡外的平原较窄。澎湖以西的平原宽度增至为120公里左右，水深在50～60米之间起伏。
· 岛连岛
集中分布于台湾海峡西侧，自海坛岛至东山岛以断续成群展布，而相邻的闽东北沿海及粤东海域除闽东北有极个别小型出现外并不展现。
海岸岛屿
海峡两岸地貌形态差别挺大。西岸，多为岩石海岸，岸线曲折多湾，悬崖峭壁，奇石异峰，海洞岬角，海岛密布。福建省有大小港湾30多个，海岛600多个。海峡东岸多为沙岸，岸线比较平直，地势较为低缓，沙滩淤浅明显，深水区离岸较远，天然良港较少。由台湾山地下来的河流，挟带大量泥沙入海，形成滨海冲积平原，不断向海峡扩展。台湾地壳仍处绥慢上升时期，台湾岛陆地面积还在逐渐扩大。
海峡东岸为台湾岛西海岸，从富贵角至猫鼻头海岸线长560余公里，岸线平直，向西凸出成弧形，在布袋泊地以北略呈东北走向，以南呈东南走向。濒海陆地南北多山，中部为平原。从桃园至枋寮为低平沙岸台中以北平地纵深较小，台中以南有纵深达50公里的台南平原和屏东平原，河流纵横，稻田遍布，人口稠密，交通发达。近岸多沙洲、潟湖，以布袋附近尤甚，并逐年向海扩展海埔新生地。台湾西海岸少天然良港，多为利用沙洲、潟湖挖掘疏导而成港口，如高雄、左营、安平、台中等港。除隔澎湖水道有澎湖列岛外，近岸岛屿很少。仅在高雄南30公里处有琉球屿，面积6.8平方公里，海拔90米。另在海口泊地外有海丰岛，面积很小，为沙洲岛。澎湖列岛位于海峡南部，由64个岛屿和许多礁石组成，岛屿总面积约127平方公里。为火山喷出熔岩凝结而成的玄武岩台地，最高海拔79米。以澎湖、白沙、渔翁三岛面积最大。三岛围成澎湖湾和马公港，为舰船良好驻泊地。列岛位于台湾岛与福建南部中途，扼海峡南口，形势险要。
海峡西岸为福建中、南部海岸，自海峡北口西端（长乐县南）至闽粤海岸交界处，大陆海岸线长约1900公里，岸线曲折。濒海陆地为闽东山地向东南延伸的山丘分支直逼海滨，形成较多半岛、海湾、岩岸和近岸岛屿。在木兰溪、晋江、九龙江下游入海处形成莆仙、晋江和漳厦等平原。良好的港湾有兴化湾、湄洲湾、泉州湾、厦门港、东山湾等。近岸岛屿500个，重要岛屿有海坛、南日、湄洲、金门和东山等。
海底底质
海峡海底底质中部为细沙，东部以细沙为主，近岸处偶有粗沙和软泥，台湾岛南北端近岸有部分岩底。澎湖列岛附近主要为沙底，并有砾石和基岩外，主要为粉沙质粘土软泥。
气候水文
气候
海峡位于亚热带、北热带季风气候区。中部气候平均最高28.1℃。西北受大陆影响，气温年差较大；东南部受海洋性气候影响，年温差和日温差较小。10月至翌年3月多东北季风，风力达4至5级，有时在6级以上。5至9月多西南季风，风力3级左右。7至9月多热带气旋，每年平均受热带风暴和台风影响平均5至6次，中心通过平均2次。海峡虽阴雨天气较多，但与两岸相比降水量较少，年降水量800至1500毫米；东北季风期、西南季风期多，秋季较少。海峡中雾日较少，澎湖列岛年平均3至4天；两侧近岸雾日较多，东山、马祖列岛和高雄一带，每年超过30天，其余在20天以下。
水文
受黑潮影响，海峡水温较高，盐度和透明度较大。年平均表层水温为17至23℃，1至3月水温最低，平均12至22℃；7月最高，平均26至29℃。透明度东部大于西部，平均3至起米。水色东部为蓝色，西部为蓝绿色，河口或气候不良时呈绿黄色。台湾海峡的潮汐情况比较复杂，福建沿岸、澎湖列岛和海口泊地以北台湾的西海岸为正规半日潮；海口泊地以南台湾西海岸为不正规半日潮；其中冈山至枋寮段为不正规全日潮。潮差西部大于东部，西部金门岛以北为4至6米，往南显著减小；东部中间大于两端，后龙港达4.2米，海口泊地和淡水港为2.6米，海口泊比以南为0.6米，澎湖列岛1.2至2.2米。后龙港至海坛岛一线以北，涨潮流向西南，落潮流向西北，流速0.5至2节；以南流向与上述相反。流速在澎湖列岛附近较大，东南部可达3.5节。
海峡处于东海风浪较大地区。涌浪多余风浪，以4级浪最多，占全部海浪的42%，5级占28%，大于5级的占8%。在东北季风季节，以东北-北向浪为主。西南季风季节以西南-南向浪为主。在冬季寒潮和夏季热带气旋影响下，可形成8至9级浪。海流为北上的黑潮西分支和南海流及南下的浙闽沿岸流所控制，并受季风影响。夏季沿岸流停止南下，整个海峡为西南季风流和黑潮西分支结合的东北流，流速一般0.6节，澎湖水道达2.3节。冬季受东北季风影响的沿岸流南下，西部和中部为西南流，流速约0.5节；东部的东北流减弱，当东北风强劲时，表层甚至改变为西南流。
· 海洋及大气动力
台湾海峡，地形“狭管效应”明显，并处于东亚季风区前沿，大气风动力及海洋波浪、潮汐、海流等动力强劲。
· 海浪
海浪波向较稳定，每年9月至翌年4月NE向风浪盛行。台湾海峡1月平均波高1.7米，高于全国其它海区。涌浪波高2.5米，仅次于南海。10月风浪及涌浪分别平均为1.8或2.4米，都高于其它海区。最大波高，平潭达16米，除浙江嵊山外为全国沿海最大。
· 海流
海域中北段秋冬季浙闽沿岸流自北南下，至平潭以南表层仍向南流。夏季为暖水向北流。而海峡内全年为黑潮支流，特别是夏季尤盛，冬季表层虽受南下流影响，底层仍为往北流。
大气及海洋动力对区内海洋地貌的塑造与变迁有重大作用。海蚀地貌形态多产生于面向NE或SE的动力强劲区，各种海蚀形态相应产生，一些岸滩面向开敞海域发生冲蚀后退。而在一些岛屿或岸岬的波影或背风区，由于动能迅速释放发生堆积。福建岸线曲折，岛礁林立，海域动力不均、在沉积物搬运的消能区便构成陆或岛的连岛砂洲，规模居于全国首位，构筑成全国最大的岛连岛，数岛延展范围约350公里，分布范围之广也仅台湾海峡独有。
· 水温
春季（4～6月）：随着太阳辐射的增强，台湾海峡水温逐渐上升。由于上表层海水的增温大于深层，因此水温分布呈现分层现象。此外随东北季风的减弱，浙闽沿岸水的分布范围随之缩小，而海峡暖流水北上势力增强，使海区内出现增温不一致的现象。
夏季（7～9月）：台湾海峡由于太阳辐射最强，因而整个海区的水温升至全年最高值，在西南季风的影响下，海区基本上为北上的海峡暖流水所控制，水温的水平分布比较均匀，等温线的分布稀疏，尤其在表层更是如此。
秋季（10～12月）：台湾海峡在夏末秋初正处于西南季风向东北季风转换的过渡期，因而和春季相比，总的趋势正好相反。此时海峡暖流水由强开始变弱，浙闽沿岸水迅速加强，全海区的海水温度逐渐下降，其中近岸海域降温比东南部海域明显。
冬季（1～3月）：台湾海峡此时太阳辐射最弱，水温降至一年中的最低值。由于受东北寒冷气流的影响，南下的浙闽沿岸水明显增加，它与北上的海峡暖流水以及台湾东北向的高温水相遇，形成了该海区近岸低，远岸高的分布。总的说来，台湾海峡冬季等温线的分布大致与岸线平行。
· 盐度
春季（4～6月）：春季台湾海峡浙闽沿岸水对该海区的影响势力开始减弱，但此时正值福建地区的雨季，降雨在一定程度上加强了闽江的入海径流，致使近岸一带盐度较低，远岸海域盐度较高。由于海峡暖流水影响增强，低盐的浙闽沿岸水逐渐向北收缩，并于6月份退出福建近海。
夏季（7～9月）：台湾海峡基本上全为北上的海峡暖流水所控制。盐度分布的主要特点是盐度的水平分布比较均匀。表层等盐线较稀疏，在海区中部存在着两个高盐区（大于34.00），海区东南部存在着低盐区（小于33.50），其他大部分海域盐度值处于33.50～34.00间。
秋季（10～12月）：台湾海峡随着西南季风和东北季风的交替，浙闽沿岸水的影响范围逐渐扩大，表层海水盐度值降低，全海区已降至29.0～34.0之间。盐度场的分布趋势大致与温度场相似，在海区南部附近有一高盐舌向西北方向伸展，另在海区南部也有一盐度大于31.50的盐舌存在，闽江口外（26.94）为最低。该月在上（表）层盐度是本年度盐度值最低的一个月，海区北部大部分海域的盐度是为该海域年内最低值。这与浙闽沿岸水的进入及影响范围的扩大有关。底层盐度的分布与春季较类似。
台湾海峡南部11月已进入东北季风盛期，福建省东山近海由于九龙江的入海径流影响，表层盐度为29.84。底层盐度为30.99。远岸海域主要受南海表层水控制，盐度达（大于等于34.00）。
冬季（1～3月）：台湾海峡冬季各月等盐线的分布趋势与等温线较为相似，盐度值自近岸向远岸递增。在沿岸水的外缘处存在着较强的盐度水平梯度。
河流
· 西岸河流
木兰溪，木兰溪发源于德化县境内戴云山脉的十几股段山，流经仙游盆地，横贯莆田县，把兴化平原划为南北洋，最后在三江口注入兴化湾，流向东海。木兰溪干流全长105公里，河流水系呈树枝状，蜿蜒迂回，源短流急。天然落差784米，上游流域地貌以中、低山为主，由中生代火山岩组成，河床坡降较陡，属于山溪性河流。中下游河道较宽阔，水流也较平缓，河道坡降约1.5‰。下游兴化平原（亦称莆仙平原），是本省四大平原之一。木兰陂至三江口长约26公里，为感潮河段，潮水影响很大。支流众多，主要有仙水溪、延寿溪、龙华溪、大济溪、柴桥头溪等。
晋江，晋江发源于戴云山脉的东坡，全长（从正源起到入海口止）为182公里。晋江在南安县井兜村前的双溪口小峡谷（石砻以上2.5公里处），分东、西两溪，西溪为晋江正源，源出于安溪县龙顶山下的感德乡达新村，向东北流至下口坂接纳一都溪后称清溪。然后转向东南，流经剑斗、举口、湖头后水流始大，至仙苑汇澳江后始称西溪，然后经安溪县城而进入南安县境，至双溪口与东溪相汇。东溪源于永春雪山脚下锦斗乡，向东南流，至蓬壶转向南流，然后向东流入五里街后向东南流，至东关纳湖洋溪后始称东溪，然后流入山美水库，经调节后下泄，流经洪濑至双溪口与西溪相汇。晋江干流在双溪口以下向东南流经丰州、泉州南门入泉州湾。其中双溪口以下晋江干流长29公里，沿途增加区间面积为611平方公里。
西溪，西溪由莲花溪、澳溪和汀溪水流相汇而成，一般以澳溪为正源，发源于同安区西北部莲花镇军营村的寨尖尾山（寨山），海拔1042米，流经澳溪、云埔后，与莲花溪相会于长沙，至草仔市与汀溪汇合，称西溪。西溪南流至大同镇南面双溪口汇合东溪，东南流至团结埭再分为两股，西股经瑶头，东股经石浔分别注入同安湾的东咀港出海。
· 东岸河流
有：大汉溪，大安溪，大甲溪，浊水溪，曹文溪，高屏溪。
淡水河，发源于品田山，流经新竹、桃园、台北县、台北市，在淡水入海峡东端，长158.67公里，流域面积2，726平方公里，支流有大汉溪，新店溪，基隆河，北势溪，疏洪道，景美街，三峡河。
头前溪，上有两源，上坪溪源雪山山脉鹿场大山（标高2，616米）；油罗溪源于李栋山（标高1，913米），流经新竹县、新竹市，在南寮北侧入海峡，河长63.03公里，流域面积565.94平方公里，支流有上坪溪、油罗溪。流程短促和落差大。
后龙溪，发源于苗栗县东侧鹿场大山（标高2850米），流经苗栗县狮潭乡，大湖乡，公馆乡，头屋乡，苗栗市、后龙镇，在苗栗市后龙注入台湾海峡，河长58.3公里，流域面积536.6平方公里，支流有汶水溪，大湖溪，沙河溪，老田寮溪。
大安溪，发源于雪山山脉海拔3488米的大坝尖山，流经苗栗县：泰安乡、卓兰镇、三义乡、苑里镇；台中县：和平乡、东势镇、后里乡；外埔乡；大甲镇；大安乡，台中县大安乡注入台湾海峡。河长96公里，流域面积758平方公里。支流有：右岸：马达拉溪、老庄溪、景山溪；左岸：次高溪、大雪溪、南坑溪、无名溪、雪山坑溪、乌石坑溪。
大甲溪，发源于南湖东山，流经台中梨山、佳阳、德基、谷关、白冷、马鞍、东势、石冈，在台中县清水镇大安乡向头北厝注入台湾海峡。河长124.2公里，流域面积1，235.73平方公里，支流：南胡溪、耳无溪、河欢溪、志乐溪。年平均流量约31立方米／秒，河川坡度陡急，平均坡降为2.6%，由于落差极大，水量均匀且丰沛致使其单位河长蕴藏水力高居全省河川首位，为台湾水质源最丰富的河川，亦为水力发电的重心。
乌溪，发源地：中央山脉合欢山西麓，流经台中县、彰化县、南投县，在台中县龙井乡与彰化县伸港乡之间流入台湾海峡。河长116.8公里，为台湾省第６大河川，流域面积3062平方公里。支流有筏子溪、大里溪水系、猫罗溪、北港溪、眉溪。
浊水溪，发源地：合欢山主峰与东峰间的左久间鞍部，标高3200米，流经彰化县、云林县、南投县、嘉义县，在彰化县大城乡的下海墘村与云林县麦寮乡许厝寮之间流入台湾海峡。河流长度186.6公里，为全台最长，流域面积3156.9平方公里，仅次于高屏溪流域，为全台第二。支流有塔罗湾溪、万大溪在南投县仁爱乡汇入浊水溪；卡社溪、丹大溪分别在南投县信义与浊水溪交会；陈有兰溪、水里溪在南投县水里乡汇流；清水溪在云林及南投交界处注入浊水溪。
北港溪，发源地于阿里山西麓丘陵地带林内乡七星岭，流经云林县：斗六市、斗南镇、虎尾镇、土库镇、大埤乡、北港镇、口湖乡、水林乡、古坑乡；嘉义乡：溪口乡、新港乡、六脚乡、东石乡、大林镇、梅山乡，在口湖乡流入台湾海峡河长82.00公里，流域面积645.21平方公里，支流有虎尾溪、三迭溪、石龟乡、大湖口溪、石牛溪。
朴子溪，发源于阿里山山脉四天王山芋菜坑（标高1421米），流经嘉义县竹崎乡、嘉义市、民雄乡、新港乡、太保市、六脚乡、朴子市、东石乡，自东石乡流入台湾海峡。河长75.87公里，流域面积426.60平方公里。支流有清水溪、浊水溪、狮子头溪、牛稠溪、科底溪、崎脚溪。
八掌溪，发源于阿里山奋起湖，流经嘉义县义竹乡、布袋镇、鹿草乡、水上乡、嘉义市、中埔乡、番路乡；台南县：北门乡、学甲镇、盐水镇、后壁乡、白河镇，在北门区入澎湖水道。河流长度：80.86公里，流域面积：474.74平方公里，支流：赤兰溪、头前溪。
急水溪，发源地：阿里山山脉关子岭附近的槟榔山（海拔550米），流经县市：台南县白河、新营、盐水、学甲、柳营、东山、后壁、六甲、下营、北门等乡镇，在北门附近的虎尾寮出海，河流长度：65公里，流域面积：379平方公里，支流：龟重溪、六重溪。
曾文溪，发源地：阿里山山脉之水山（标高2609米），流经县市：嘉义县：阿里山乡、番路乡、大埔乡；高雄县：三民乡；台南县：东山乡、六甲乡、楠西乡、玉井乡、南化乡、左顉乡、山上乡、大内乡、官田乡、善化镇、麻豆镇、安定乡、西港乡、七股乡；台南市：安南区，在曾文溪口入海。河流长度：138.47公里，流域面积：1，176.64平方公里，支流：后堀溪、菜寮溪、官田溪。
盐水溪，发源地：台南县龙崎乡大坑尾低山地带。流经县市：台南县：新化镇、关庙乡、归仁乡、新市镇、永康市。安南区盐水溪口，流入台湾海峡。河流长度：41.30公里。流域面积：343.17平方公里。支流：那拔林溪、虎头溪排水、大洲排水、永康排水、柴头港溪、盐水溪排水。
二仁溪，发源于高雄县内门乡木栅村山地山猪湖，流经高雄县：内门乡、田寮乡、阿莲乡、路竹乡、湖内乡、茄萣乡；台南市，于两县市交界的二仁溪口入海峡。河流长度：61.20公里。流域面积：339.20平方公里。支流有三爷宫溪、港尾溪、深坑子溪、番社溪、牛稠埔溪。
高屏溪，发源地：中央山脉的玉山，流经县市：高雄县、屏东县，到林园工业区出海，河流长度：171公里，流域面积：3257平方公里。支流：旗山溪、隘寮溪、浊口溪、荖浓溪、美浓溪、武洛溪。
东港溪，发源地：屏东县南大武山前麓，流经屏东县：内埔乡、万峦乡、竹田乡、潮州镇、崁顶乡、东港镇，入海峡，河流长度：44公里，流域面积：472.20平方公里，支流有万安溪、牛角湾溪。
林边溪，发源地：南大武山西南麓，流经屏东县林边乡，新埤乡，佳冬乡，来义乡，泰武乡，入海峡。河流长度：41.30公里，流域面积：336.30平方公里，支流有力力溪。
四重溪，发源地：中央山脉西南侧诸山，流经屏东县：牡丹乡、车城乡，入海峡。河流长度：31.91公里，流域面积：124.80平方公里。支流有汝仍溪、牡丹溪、竹社溪、大梅溪。
自然资源
矿藏资源
海底石油
台湾海峡东部海域经过历年地质调查与勘探，已在海上钻井110余口，发现2个油气田和十几个见油气或重要含油构造。其中有长康（CBK）、致昌（CFC）油田及长胜（CBS）、长安（CBA）、长隆（CBL）、振安（CDA）、振威（CDW）、鹿港西、台西（THS）、长恩、建恩、致胜、致德、致兴等十几个油气构造。在台湾东北海域也进行钻探，发现澎佳屿北（YCM）含油构造。新竹外海的长康油田（CBK）是最大的一个，于1984年在CBK-11孔施钻，获日产凝析油143吨、天然气100万立方米，为海峡第一口高产油井，现该油田探明天然气储量46亿立方米，凝析油114万吨（835万桶），1986年投产，日产天然气100万立方米，凝析油548吨（4000桶）。至1991年上半年已累计生产天然气6.9亿立方米，凝析油约23万吨。台西南致昌油田（CFC）已有6口井探获工业油气流，其中F-1、F-9、F-103口井日产气190万立方米以上，凝析油34.2吨（250桶）以上。截止1991年7月台西南盆地已有钻井22口，有33%的钻井见工业油气流。台湾海峡西部海域也进行地质勘查，在靠近福建大陆一侧，发现有乌丘屿凹陷（或称晋江凹陷等）与厦澎凹陷（或称九龙江凹陷等），可望有油气田存在。
滨海砂矿
福建省滨海砂矿主要分布于闽江口以南，有铁砂、钛铁矿、金红石、锆石、独居石、磷钇矿、型砂、标准砂、玻璃砂等，共有矿床21处、矿点77处，总计98处。
牡蛎礁
沿岸海湾、潮间带及水道分布有牡蛎礁或贝壳堆积。组成牡蛎礁体的化石主要为近江牡蛎、长牡蛎，个体大，长10～15公分，宽5～6公分，厚1.5～2公分。次为僧帽牡蛎、猫爪牡蛎，个体一般长4～5公分。偶见有少量斧蛤、条纹贻贝、心蛤、豆斧蛤等。礁体常与淤泥或砂混合堆积，其化学成分，氧化钙50.6%～52.55%，二氧化硅0.3%～4.2%，故可作为水泥原料和烧石灰之用。
沉积矿物
台湾海峡西侧重矿物沉积较多。
南区（Ⅱ）为钛铁矿、绿帘石、锆石、磁铁矿、石榴石矿物区，矿物种类多，除黑云母、云母类、白云石、自生黄铁矿、角闪石、绿帘石等外，多数矿物为全区高值区。如钛铁矿达26.83%。
中区（Ⅲ）为角闪石、绿帘石、钛铁矿、石榴石矿物区，特点是角闪石（27.09%）、绿帘石（2.041%）含量高。
北区（Ⅳ）为云母类、自生黄铁矿、角闪石矿物区，特点是片状矿物和自生矿物富集，云母类含量达46.06%，自生矿物（黄铁矿、菱铁矿）含量居全区之首。白云石含量也高，其中不乏自生形成。
在矿物形态上，不少重矿物圆度较好，呈圆粒状、圆角或扁柱状，部分表面黯淡粗糙。云母类为稳定性较高矿物在北区大量存在。
渔业资源
台湾海峡按照全国渔场划分界线，整个海峡分为：闽中渔场、闽南渔场、台湾浅滩渔场等三个渔场。
海峡主要受闽浙沿岸水、黑潮支梢和南海暖水三支水系的相互消长的支配。其次，在夏季也受到北上的向粤东沿岸水和台湾西岸入海径流的影响。许多江河径流流入，带来大量无机盐类和有机物质，为海峡渔业资源的繁衍提供了丰富的饵料基础；南面和外海水从南海及巴士海峡流入，迂浅上涌，把深海底部的营养物质携带上来，使海峡南部形成上升流的好渔场。
据福建水产科研部门调研，台湾海峡鱼类已知有738种。其中，暖水性606种，占82.1%；暖温性132种，占17.9%。无冷性种。头足类书籍有30余种。游泳虾类60余种。
按渔场划分：闽南——台湾浅滩渔场鱼类有687种。闽中渔场鱼类已知有487种。中上层群聚数量较大的有：蓝圆鲹、金色小沙丁鱼、脂眼鲱、哈鱼、颌圆鲹、竹夹鱼、大甲鲹、眼镜鱼、乌鲳、马鲛等。底层群聚鱼类数量较大的有：带鱼、二和棘鲷、大黄鱼、白姑鱼、刺鲳、条尾鲱鱼、狗母鱼、真鲷、三线矶鲈、鲨鱼、鲆鲽等。头足类数量较多的是中国枪乌贼、诗博加枪乌贼、杜氏枪乌贼等。游泳虾类中，数量较多的是一些中、小型虾类，如哈氏仿对虾、中华管鞭虾、须赤虾、刀额新对虾等；大型虾类较少，主要种类有长毛对虾、日本对虾、斑节对虾等。闽南——台湾浅滩渔场估算渔业资源量为50~70万吨，可捕量为20~30万吨。闽中渔场估算渔业资源量为20~25万吨，可捕量为8~10万吨。闽中渔场的中上层鱼类各属东海种群，年间波动大，估计资源沿有潜力。底层和近底支也过度利用，有些出现衰退。
闽南——台湾浅滩渔场的中上层鱼类资源，历来为福建、台湾及广东三省所开发利用。由来捕捞数量激增，中上层鱼类资源达到充分利用的程序。底层和近层鱼类由于拖网作业的大量发展，资源已经过渡利用，许多资源已经衰退；个别鱼种如大黄鱼资源濒临枯竭。唯头足类和游泳虾类由于生命周期短、繁殖力强，资源尚有潜力。
海域权属
由于台湾海峡两岸都是中国领土，且海峡宽度在200海里以下，依据中国所加入的《联合国海洋法公约》第二及第五部分规定，台湾海峡水域的法律性质除了中国的“领海”外，大部分为中国的“专属经济区”。
台湾海峡中国领海部分的航行问题领海是指一国领海基线以外不超过12海里的水域，根据《公约》第二部分第三节规定，他国船舶在此有“无害通过权”，即“不损害沿海国的和平、良好秩序或安全”的情况下“连续不停地迅速通过”，且“潜水艇及其他潜水器须在海面上航行并展示其旗帜”，但航空器则无权飞越领海上空。
对于他国军舰能否在台湾海峡的中国领海中行使无条件的无害通过权的问题，1983年的《中华人民共和国海上交通安全法》第11条规定，“外国籍军舰船舶，未经中华人民共和国政府批准，不得进人中华人民共和国领海”。这一规定在1992年的《中华人民共和国领海与毗连区法》中得到再次确认。但有关国家特别是美国，则主张包括军舰在内的所有船舶都可以“无害通过”他国领海，而无须事先通知沿海国或者得到沿海国批准。因此，如果他国军舰事先未得到中国政府批准而驶入台湾海峡的中国领海时，两国在此问题时有的争执。
《公约》第57条规定，“专属经济区是指从测算领海宽度的基线量起不超过200海里的海域”，由于台湾海峡宽度不足200海里（平均宽度108海里），所以台湾海峡水域中领海之外的大部分水域属于中国的“专属经济区”。理论上各国均有权在台湾海峡的中国专属经济区部分行使航行飞越自由权。《中华人民共和国专属经济区和大陆架法》第11条也规定，“任何国家在遵守国际法和中华人民共和国的法律、法规的前提下，在中华人民共和国的专属经济K享有航行、飞越的自由”。但如果有国家频繁派军舰穿行台湾海峡，虽然其宣称是在行使所谓“航行自由权”，但目的显然是为台湾有关分裂势力打气撑腰，那么这事实上已经和《公约》有关专属经济区应用于和平目的以及《联合国宪章》有关尊重他国主权与领土完整的精神相背离。
台湾当局实际管理下的澎湖水道是指台湾岛西岸和澎湖群岛之间的一条水道，船舶进出高雄港或者台中港如果不走澎湖水道而绕澎湖群岛以西水域通过的话，航程约增加60海里，以航速15节计算，须多花4小时航程。1999年台湾当局划设“领海基线”时以直线基线划法将整个澎湖水道划为其“内水”，这是典型的“台独”观点，是违背国际法基本原则的，在台湾内部也受到批判。
所谓“海峡中线”是1958年“八二三炮战”后由驻台美军提出的位于台湾海峡的假想中间线，其目的是为了防止阻隔两岸战机、军舰。但该线的具体地理坐标外界一直不清楚，直到2004年5月6日才由台“国防部长”李杰公布（从北纬26度30分、东经121度23分，到北纬24度50分、东经119度59分，再到北纬23度17分、东经117度51分连接而成的线，但由于地球表面的弧度关系，台湾海、空军公布的坐标点略有不同）。对于这条所谓的分界线，中国大陆方面从未承认。事实上该线划设后，由于当时台湾的海、空军相对大陆占据优势，因此其“军机舰视需要进出‘海峡中线’以西如家常便饭”，但随着大陆海空军力量逐渐增长，台方除了护航金门、马祖外，才逐渐减少进出这一区域。台湾当局划设的“限制水域”和“禁止水域”对大陆方面不具法律约束力，因为这些水域从法理上讲都是中国的领海或毗连区。
航道航运
航道
台湾海峡是中国沿海最大的海峡。海峡内水深大都在60米左右，是中国沿海和国际航运的重要海上通道。中国《航路指南》在介绍台湾海峡航路中阐述，台湾海峡为一宽阔的水道，大中型船舶，一般应选择距离陆岸较远的外海航线通过台湾海峡，即选择与大陆外围岛屿连线平行的航线；中小型船舶，一般应选择沿岸航线。
台湾海峡习惯航线的分布受季节、海况影响较大，具体可划分为中小型（千吨级）船舶航线、大中型（万吨级）船舶航线和横穿台湾海峡航线。
大中型船舶航线
天气海况良好条件下，船舶一般选择外海航线通过台湾海峡，即选择与大陆外围岛屿连线平行的航线。外海航线主要分布在离岸15~25海里的范围内。天气海况比较恶劣时，在兄弟屿至乌丘屿之间选择离岸8~10海里的航线，并在距乌丘屿东侧3海里附近通过。
中小型船舶航线
天气海况良好时，船舶一般选择沿岸航线航行，该航线主要集中在离岸10~15海里的范围内。天气海况比较恶劣时，船舶选择沿岸航线的中线或内线航行，即取南澎岛内侧，距东碇岛5海里，经南日水道走内航线或距东甲岛4海里的中航线。
横穿台湾海峡航线
即福州、厦门至高雄、基隆间的直航航线。该航线与海峡中的主流向成直角或大角度交叉。厦门—高雄航线：在天气海况良好的航行条件下，厦门至高雄往返习惯航线为：青屿—东碇—花屿—七美屿—高雄；在天气海况较差时，特别是东北风大于7级以上时，选择穿越望安水道航行，望安水道西口至厦门青屿航段可采用“Z”字形航法。福州—高雄：在天气海况良好的航行条件下，经牛山岛驶航向182°，通过澎湖水道至高雄港。冬季大风浪季节，可经望安水道，取望安水道西口至乌丘屿穿越海峡。厦门—基隆：经金门（24°20.′0N，118°20.′0E）驶航向070°至富贵角（25°23.′0N，121°30.′0E）再驶入基隆港。福州—基隆：经马祖（26°01.′3N，120°00.′0E）驶航向112°至富贵角（25°23.′0N，121°0.′0E）再驶入基隆港。
航线
清代后期，新式轮船则开通两岸客货两运的固定航线。福州与台湾之间的汽船定期航行，始于光绪三十一年（1905年）四月大阪商船公司开航的三角线，该航线是以一只汽船回航于福州、厦门、淡水之间。宣统三年（1911年）一月停航，福州、台湾间的直达航线一时中断。后基隆与福州间开通直达航线，但该航线所使用的船只时常变更，有时两星期才来回一次，而且又因气候及其他事故，经常未能按时航行。民国5年（1916年），台湾的石田洋行以“海顺丸”（254吨）航行于基隆（或淡水）与福州之间，运送来自台湾的邮件等。
民国18年（1929年）国民政府逐步收回关税主权，2月1日实施进口新税则，大幅度地提高了关税税率，日本人则纵容走私分子以台湾和福建沿海众多岛屿为基地，组织走私集团，走私高税物品，形成20世纪30年代福建沿海走私高潮。走私物资以进口白糖、煤油、毛料，出口以中药材和白银为主。卸货地点有连江的黄歧、马祖，福清的高山、海口，惠安的秀涂、崇武等上百处，其中福清的高山是最为著名的走私巢窟。在走私猖獗时期，来往于闽台之间的走私船每天达数十艘，从海上走私出口的银元平均每月四五百万元。
当时福州是福建对台湾贸易的重要港口，其主要输入贸易品有纺织口、棉丝、石油、砂糖、海产品以及磷、锡、铅等矿石原料，人参及杂货；台湾输入福州各港的贸易品主要为香蕉、砂糖、咸鱼、石油、丝棉布、麻、石炭、铜及其他杂货。在抗日战争前，福州港除了太安、乾泰、和安、共和、常安、刘正记等几家轮船航业公司外，还有其他民营航商也纷纷制造木质小型海船，行驶于台湾海峡及闽台各港。当时福州港民营沿海大小轮船共有79艘、12736吨位。其中，除了6艘千吨级钢质大船外，其余多是300吨级左右的木质小船。
除了福州港、厦门港与宁德、三都澳港与台湾有直接的通航贸易外，泉州地区的秀涂、獭窟、崇武、蚶江、深沪、安海、东石、洛阳，龙溪地区的石码，惠安的崇武等港，亦与台湾的台北、基隆、新竹、台中、鹿港、新营、布袋嘴、台南、高雄等地进行海上交通贸易。位于九龙江出海口的龙海行驶台湾的三支大桅杆的木帆船、载重在50吨至70吨的共有110多艘，运载去台的货物有纸箔（花金）、杉木、红糖、红料（砖、瓦）、陶器（大缸）、瓷瓶等，运回的货物有白糖、糖水、樟脑、面粉、生油等。抗日战争爆发后，厦门被日军占领，闽台间商品运输只有日本台湾总督府开通的基隆至厦门的航线。
1988年，台湾商船间接绕道运输两岸间的贸易货物，大陆方面给予台湾船舶优惠待遇，陆续批准台湾船公司在大陆设立独资及合营公司、航运代表处。
1997年，福州、厦门至高雄间的海上试点直航启动，结束了两岸48年来商船不能直接通航的历史。货船可以在大陆的福州、厦门两港与台湾地区的高雄港“境外航运中心”之间进行定点直航，也称“试点直航”。次年，两岸定期集装箱班轮航线开通，运输两岸货物的船舶经第三地换单不换船航行两岸港口。
该航线所运送的货物，只限于大陆外贸进出口货物，不包括海峡两岸之间的贸易货物。货物到达高雄港的“境外航运中心”后，“不通关、不入境”，直接由国际航线的母船运抵台湾地区以外的目的港。参与试点直航的船公司须经有关部门核准，航线定位在支线运输，两岸共有10家航公司10艘船参与该航线营运，总运力为3966TEU。营运传播须是挂方便旗的权宜船，规模限在400TEU以内，这种运输模式一直持续到全面直航。
“试点直航”是单向的，只能是厦门港和福州港的集装箱货物至高雄港中转至国外港口，高雄港的集装箱货物不能到厦门港或福州港中转。
港口码头
福建港口码头
福建自北向南，兴起最早的是福州港，次为泉州港，再次漳州港，后为厦门港，是闽台海上交通运输的主要港口码头。
福州港，地处福建省海岸线的中点，闽江下游的河口段，北距沙埕港125海里，南距泉州港157海里、厦门港200海里。上可溯闽江沟通闽江水系，下可泛海至省内外各港和世界上许多港口，自古以来便是闽江流域货物的集散地。汉代东冶港成为当时中国南北货物转运的港站。三国时吴王孙权、隋朝时隋炀帝都派军队前往台湾，东冶港是福建地区的重要中转站。明郑和七下西洋曾自州长乐和五虎一带到达澎湖和台湾。自明朝政府对琉球通商，朝廷册使封舟多由福州往返，此后500年间，中国和琉球的贸易持续不断，福州港亦是中琉交往的门户。清乾隆五十五年（1790年），福州外港五虎门与台湾淡水八里坌开辟固定航线。民国38年，国民党撤退到台湾，大量轮船从福州港驶往台湾。中华人民共和国成立后的相当一段时间，海峡两岸形成对峙的紧张局面，港口未再与海峡对岸通航。该港乘潮可进出万吨级船舶，是中国18个枢纽港之一。
泉州港，是泉州市东南晋江下游滨海的港湾，北至湄洲湾内澳，南至围头湾厦门市同安县莲河，海岸线总长421公里。历史上曾以三湾十二港著名于世。元代其贸易范围仍以通西洋为主，相对稳定的航线大抵与宋相仿。明代，由于明政府施行了严厉的“海禁”，限制泉州港只通琉球。由于清朝对台贸易政策，蚶江港成为泉州重要的对台贸易港口。
蚶江港，属泉州港，位于蚶江镇，地处泉州湾口南岸，原名岱屿，又名锦江、锦里。是古代泉州通往海外的外港停泊地。清乾隆四十九年（1784年），清政府在蚶江设正五品海防官署，统辖泉州一府五县（含今厦门）的对台贸易，俗称“泉州分府”。负责商渔挂验、海域巡防、督促“台运”、处理民间诉讼等事务。欲渡台者由官署通判发照，禁止偷渡。同年，清政府诏令蚶江为“泉州总口”，指令蚶江港与台湾鹿仔港对渡，并移福宁州通判于蚶江，专管挂验、巡防及关口征税。泉州附属各港口航行台湾的船舶均要到蚶江关口挂验，方准出海。台湾至漳州的船泊也于此停泊。清乾隆五十七年又准蚶江与台湾八里岔对渡。蚶江港兴盛时期，每日有300余艘船舶进出港口，仅蚶江一处就有20多家船行，拥有运输船200多艘。直至清末民初，仍有20多艘运输船航行于台湾海峡之间。中华人民共和国成立后，由于海峡两岸的对峙和紧张的军事形势，泉州港于1957年关闭。
漳州月港，一名“月泉港”，位于九龙江下游三角洲九龙江的出海口，今龙海县海澄镇。是古代福建四大商港之一。明景泰到天启年间（1450-1627年），月港从一个民间自由贸易港口发展成为中国东南沿海外贸中心，其兴起到繁荣昌盛近200年。它与东南亚、印度支那半岛以及朝鲜、琉球、日本等47个国家和地区有直接贸易往来，漳州人多由此前往澎湖和台湾。郑成功占据厦门时，厦门港兴起，月港渐被厦门港所取代。
厦门港，地处金门湾和九龙江出海口，介于上海与广州之间，东北距福州港200海里，南距广州389海里，东距台湾省基隆港222海里。为中国对外贸易港口之一，亦是闽台交通运输的主要门户。清顺治七年至十八年（1650-1661年），厦门港是郑成功海路“五商”（以仁、义、礼、智、信五字为5家商行之代号）通台湾、日本、吕宋及南洋各地的中心。此后，厦门港成为闽台交通的最主要港口。清康熙二十二年（1683年）台湾统一后，厦门设“台厦兵备道”。康熙二十三年闽海关设立，厦门为其正口，成为“凡海船越省及往外洋贸易者，出入官司征税”之地。1950年后，由于海峡两岸军事对峙的紧张局势，使港口的生产和建设发展缓慢。是闽台恢复直接通航的最佳港口。
东山港，位于东山湾东山岛北端铜陵镇西侧。东隔98海里与台湾澎湖列岛遥相对峙，是台湾海峡南北航线必经之处，地理位置十分重要。东山岛与澎湖之间，在远古时期存在浅海陆桥，后陆地下沉，形成浅海。自古以来，东山渔民就沿着浅海前往澎湖捕鱼，是闽台交通的最早通道。2001年元月2日厦门和金门的厦金直航终于实现。金门客轮"太武号"首航金厦。
台湾港口码头
台湾西部海岸北起淡水河入海口的南岸，向南延伸至屏东县西部的枋寮，全长约410公里，濒临台湾海峡，为沉积隆起海岸。台湾港口主要分布在西部海岸。
笨港（云林县北港），由笨港溪南北两岸同时发展出来之城市，对外通称笨港，本身却再分成南北两港。明天启元年（1621年），颜思齐入垦笨港，立十寨，后颜思齐病逝，郑芝龙代领其众。崇祯元年（1628年），郑芝龙受招抚，招泉、漳两州饥民数万人，用海舶载至台湾，令其开垦荒土为田，辟建庄屋。其涵盖区域为今台南县盐水港以北，至云林县北港、虎尾一带，以笨港为门户，从此笨港开始成为闽台交通的主要港口之一。作为台湾中南部货物吞吐的商港，在清代从事闽台贸易过程中得到发展。日本占据台湾后，对闽台贸易抽取贸易税，而日、台贸易则不抽税，并发展基隆、高雄等港口与日本贸易。笨港从此衰落，转为油、糖集散中心。
基隆港，位于台湾岛北部台北盆地北端的鸡笼湾内。该港依托台北市，隔台湾海峡与福建省福州市相望，东面和东北面隔太平洋西部海区与日本及其琉球群岛相峙，使其成为东海、台湾海峡、太平洋西部海区航运要道，地理位置相当重要。基隆港于清咸丰十年（1860年）开港，同治二年（1863年），被辟为对外开放国际贸易港口，经过100多年的发展，形成了世界著名的国际贸易港口。现代的基隆港，分为商港、军港和渔港三部分。全港码头岸线共长达10多公里。为台湾岛北部货物进出口门户、国际贸易港口和货物集散中心。在台湾省，它是仅次于高雄港，居第二位的商港。每年该港集装箱吞吐量达200万标准箱以上，为台湾省第二大集装箱港口，也是世界10大集装箱港口之一。基隆港建有军用码头26座，是台湾当局最重要的海军基地之一。拥有渔港和渔码头，渔船多达2000多艘，年捕鱼量达30多万吨，占台湾地区总捕鱼量的五分之一以上，为台湾地区最大的渔港。
澎湖码头，也称澎湖列岛，位于台湾海峡，介于台湾本岛和福建省之间，东距台湾本岛最近距离24海里，西距福建厦门约75海里，是海峡两岸海上的交通要冲，地理位置十分重要，故有“台湾海峡之键”的称号。澎湖列岛由澎湖本岛和63个岛屿组成，面积为126平方公里。澎湖开发甚早，唐宋以来便成为中国往南洋海上交通运输的重要转运码头及补给站；船只往来频繁，直至清代西洋轮船发展之后，澎湖码头始渐没落。
随着福建南部的开发，大陆渔民到澎湖、台湾一带捕鱼、避风、补给、修船者逐渐增多。南宋时，在传统南海航路以外，中国水手们又开辟了一条由福建直通吕宋、苏禄、婆罗洲（今加里曼丹）诸岛的新货运航路。澎湖位于这一航路中途，时有商船停泊，出现了“工商兴贩，以乐其利”。
在闽粤移民航线中，澎湖码头起着十分重要的作用。澎湖岛距大陆直线距离约110公里，离台湾西海岸约40公里，因而成为闽台间联络的捷径。在航海、气象不发达的古代，澎湖是闽台两地来往的必经之路，也可为航行提供识别方向、躲避风浪、补充淡水食物等便利。可以说，台湾是移民的终点站，但如果没有为航行提供方便的澎湖岛，很可能移民渡海要受到极大的影响。但澎湖海域气候特殊，中秋以后，东北季风强劲，海况险恶，兼以澎湖海域布满暗礁，不熟悉航路者常遭不测，导致澎湖海域内沉没之古沉船不计其数。
淡水港，台湾台北县的淡水镇位于台湾西北端，在淡水河下游北岸，大屯山系西侧，与观音山隔岸相望，地表总面积约71平方公里。淡水旧名“沪尾”，在早期，“淡水”是淡水河口与港埠的总称，“沪尾”是村落名称，后来有混用现象，直到日据时期才正式定名而沿用。清咸丰八年（1858年）后，开放沪尾为通商口岸。咸丰十年，淡水港正式与外国通商，在同治、光绪年间（1862-1908年），成为北台湾第一大港，主要输出茶叶、樟脑、硫磺等，极盛时可停泊2000吨级的轮船。
鹿港，原名鹿仔港，隶属台湾彰化县，清光绪年间（1875-1908年），因港口渐渐淤塞，航运渐被鹿港街西方4公里处之冲西港替代。日据初期，鹿港曾一度又称冲西港。隋大业六年（610年），虎贲中郎将陈棱与朝请大夫张镇州率师登陆鹿港，从此渐有汉人来往贸易。鹿港于全台各港中，离大陆最近，风不论南北，时不论春冬，扬帆而进，八更即至泉州，九更即到蚶江，十二更即达厦门，故鹿港自然成为大陆移民台湾之主要出入口。清乾隆四十九年（1784年），清朝开放鹿港与泉州蚶江港对渡贸易，此后至道光末年的60多年间是鹿港的全盛时期，与台南、万华并称为“一府、二鹿、三艋舺”台湾三大门户。日据末期连小型船只也无法入港停泊，形同废港。二次世界大战结束后，大陆帆船曾一度恢复往来贸易，国民党政府退台后又告关闭。
布袋港，位于台湾海峡澎湖水道，地处台南，邻近包括云林、嘉义在内的嘉南平原，是距大陆最近的港口。布袋港旧称布袋嘴，又名冬港，亦有蚊港之名。明朝末年，荷兰人据台南，即以布袋港作为通商港口。清康熙年间（1662-1722年），闽、粤移民在此聚成村落，乾隆年间（1736-1795年）发展为内港街庄。民国34年（1945年）10月台湾回归祖国后，由于基隆港在战争中被炸残破，布袋港的通商作用大大加强。当时主要向大陆输出盐与砂糖，运回面粉、布料、酒、日用品等。民国37年建正式码头以供装卸货物之用。是台湾最接近福建的港口，与厦门、东山隔海相望，一旦两岸同意定点直航，可以实现台湾农产品特别是热带水果以最快速度进入内地市场。因此，将布袋港建成农产品运输专用港，将有利于保证台湾农产品在内地销售的品质，也可降低运输成本。
高雄港
鹿耳门，位于台湾南部安平以西30里处，因为有山对峙如鹿耳，故称鹿耳门。安平，古名一鲲身，又称台窝湾，是台湾文化最早的发源地，也是“台湾”名词的肇始。鹿耳门位于台南市安平区。当年荷兰人从台南附近的台江登陆，侵入台湾。郑成功大军首克澎湖列岛，然后向台湾进发，由澎湖至鹿耳门约有60里水路，荷兰守军为了防御，在海中沉船，把鹿耳门堵塞，但郑成功利用了海潮上涨突破天险鹿耳门，收复台湾。清康熙五十六年（1717年），为加强海防，筑造安炮10座，驻防水师3营，望高楼1座，为兵家必争之地。郑成功登陆后鹿耳门成为台湾咽喉，而清道光三年（1823年）七月，台江湾一次大风雨后，曾文溪改道向西港南流注入台江内海，因洪流挟带内山崩陷之泥沙淤塞于台江内海，沙洲变为陆地，鹿耳门变为废港。
高雄港，是南部对外交通枢纽，属大型湖港，没有较大河流注入，泥沙淤积不严重，港口长盛不衰，开发有通航10万吨级航道，成为台湾最大港口。1980年高雄港成为世界第十集装箱大港，1984年又上升为世界第五集装箱大港，1988年开始进入世界第四集装箱大港，1995年进入世界第三集装箱大港。承担台湾进出口货物的一半以上，为台湾最大的对外开放门户和货物集散中心以及台湾省第一大国际贸易港，为吞吐量超亿吨的世界大港之一。
海峡客运
军事运输
三国时，福建不仅有了沿海航线，而且开辟了从大陆到台湾岛的航路。三国吴黄龙二年（230年）正月，孙权“遣将军卫温、诸葛直将甲士万人浮海求夷洲……但得夷洲（即台湾岛）数千人还”。
隋大业三年（607年），隋炀帝令羽骑尉朱宽入海求访异俗，由何蛮作向导，指挥船队到达流求，因与岛上居民语言不通，只带回1名岛民而返。大业四年，隋炀帝再次让朱宽船队前往台湾慰抚，但仍不从（朝贡），只取其布甲而返。大业六年，隋炀帝又派遣虎贲郎将陈棱率兵万余人，由义安郡（今广东潮州市）起航，横渡台湾海峡与南海之间水域，先至澎湖，后到台湾，前后共费时月余。隋王朝接连3次浮海去台湾，曾携回台湾人数千，令其居于福建福庐山（今福州福清县），明代尚存其裔。
元朝至元二十八年（1291年）海船副万户杨祥，请求带兵六千人去招降，朝廷从其请。至元二十九年四月二日，抵达澎湖。不久，元朝在澎湖设廵检司，遣兵驻守。
明嘉靖四十二年（1563年），福建总兵俞大猷带领明军追击海盗林道乾集团至澎湖，林道乾集团败退到台湾。明朝在澎湖恢复巡检司，派兵驻守澎湖列岛。万历三十年（1602年）十二月，明军把总沈有容带领军队从泉州到台湾征剿盘踞在大员（今台南市西安平附近）的倭寇。万历三十二年，都司沈有容又带领军队前往澎湖，驱逐侵入澎湖的荷兰舰队。天启四年（1624年），福建巡抚南居益于二月和五月两次派遣军队到澎湖，对入侵澎湖的荷兰舰队形成包围，迫使荷兰军队撤退，转据台湾安平。
清顺治十八年（1661年），郑成功率领25000名大军乘坐400余艘舰只从金门料罗湾出发，收复被荷兰殖民者侵占的台湾。第二年初，荷兰殖民者被迫投降。此后，明郑军队与清军在闽台海域多次战斗，军事运输十分频繁。康熙二十二年（1683年），福建提督施琅率领清军2万多人、战船200多艘，在澎湖打败明郑刘国轩率领的海军，统一了台湾。康熙六十年，台湾朱一贵起义，清军12000人、战船400艘在水师提督施世骠率领下，从厦门渡海到台湾镇压。民国38年（1949年）7月，国民党军队3000多人从高雄运往福州，参加内战。同年8月，国民党军队从福州撤到台湾，连同平民有数万人。1950年，国民党军队从台湾突袭东山，被击败，退回台湾。
移民行旅运输
福建移民起先是往澎湖。由于捕鱼，闽南渔民冒险前往澎湖，有的人就定居下来，成为最早的移民。至宋代已是“编户甚蕃”。明天启元年（1621年），漳州人颜思齐到达台湾，他的登陆地点是台南地区的北港朝天宫，古称笨港。颜思齐本在沿海地区从事海上贸易，他为防止海盗侵扰，便于进行海上贸易，组织了海上武装集团。为控制航道和便于海上贸易，率领部下来到台湾，筑寨屯垦，镇抚番社，吸引许多闽粤沿海地区的民众来台。在他的主持下，出现了第一次移民潮。
明崇祯元年（1628年），郑芝龙受抚于明政府，授海上游击。当年，福建南部大旱，郑芝龙乃招饥民数万人，人给银三两，三人给牛一头，用海舶载至台湾，令其建舍，开垦荒土为田。当时漳泉民众“赴之若归市”。后来，郑成功抗清根据地以闽南地区为中心，这批福建沿海农民参加郑成功的军队，跟随郑成功东渡台湾后，成为开发台湾岛的新的主力军。郑成功死后，其子郑经在开发台湾时，也将福建沿海民众运往台湾。
清朝统一台湾后，迎来了移民赴台的又一高潮。康熙二十三年（1684年），清朝取消“海禁”，出现了“流民归者如市”，“内地入籍者众”的赴台移民潮。但是，这一波移民潮不久因为清政府再次实施“海禁政策”而终止。此后，移民成为小规模的偷渡行动。 清代出现的赴台移民潮，持续时间较长，移民数量很大，台湾人口之所以高速增长，闽粤移民是主要因素。台湾的移民绝大部分是福建沿海民众，其中以漳、泉二府民为最多。
台湾被日本侵占后，台湾及澎湖列岛的航运与贸易，全被日本统治者所控制与垄断，一些人不甘受日本统治，回大陆定居。此后，两岸人民之间的互相往来仍然继续发展。
抗日战争期间，厦门被驻台日军占领，福州两次沦陷。日军并以飞机、军舰进袭，封锁福建沿海。闽台航运被迫中断。民国34年，台湾回归祖国。台湾行政长官公署交通处成立后，即以从日本投降接收的小轮，组成“台交船队”，在闽台两岸航行。民国35年，国营招商局也在厦门接收了日伪轮船10艘和汽艇3艘，开辟了厦门至台湾等航线。据当时《交通部广州航政局福州办事处榕台线运量月报表》统计：仅该单位自民国36年9月至37年11月，每月往返运输旅客人次均在200余人到600余人，航次高达13艘次。
民国38年（1949年），中国人民解放军进兵福建，8月17日福州解放，10月17日厦门亦告解放，国民党当局退踞台湾，在全台湾实施戒严，封锁港口，使两岸出现军事上严重对峙的局面。闽台之间的航运中断。
偷渡运输
清朝统一台湾后，于康熙二十三年（1684年）取消海禁，允许闽台通商和捕鱼，但对两岸人民往来严格管制，直到乾隆末年放宽海禁，偷渡运输逐渐减少。当时偷渡运输成为一个行业，有组织，有分工，许多往来港口的兵员、差役，以及当地保甲长也相与勾结，利用各种船只，采取冒名顶替等各种手段，从厦门、铜山（东山）、蚶江、海澄港尾、福州闽安、莆田涵江等地下海，台湾的任何港口都可登陆，有人接应。由于清朝严禁，大多数运输条件十分简陋，有近一半偷渡者命丧大海。
现代客运
1988年9月22日，厦门~那霸~基隆客轮航线开通。9月28日，"海樱"号客轮载着100多名台胞抵达厦门。
2001年1月，“小三通”（指金门、马祖、澎湖与福建沿海地区的海上通航，是实现海峡两岸直接“通邮、通航、通商”的简称）开通。“小三通”海上航线于2008年上半年客运量达到300万人次。截至2013年4月30日，闽台“小三通”累计客运量已突破1000万人次。“小三通”海上航线开通有厦门东渡码头至金门、厦门五通码头至金门、泉州石井码头至金门、福州马尾至马祖航线，除因海上不可预测恶劣气象停航以外，每日均有定时航班。 2020年2月民进党当局单方面关闭“小三通”。
2008年12月15日两岸直航全面开通。
海峡货运
商品运输
隋大业六年（610年），隋炀帝派遣虎贲郎将陈棱率兵万余人，横渡台湾海峡先至澎湖，后到台湾，“隋军至时，流求人初见船舰，以为商旅，往往诣军中贸易”。可见隋朝舟师抵达台湾之前，大陆与台湾民间已存在商品运输交换。唐中叶，闽台两地海上货物交流已很频繁。
南宋时，宋朝军队正式驻守澎湖，在传统南海航路以外，中国水手们又开辟了一条由福建直通吕宋、苏禄、婆罗洲（今加里曼丹）诸岛的新货运航路。澎湖位于这一航路中途，时有商船停泊，出现了“工商兴贩，以乐其利”。元代时到此的商船，“岁常数百艘”。一些商船开往台湾贸易，购买砂金、硫磺、鹿皮等。
明代虽然实现海禁，但福建海商不顾禁令，在国内沿海广泛进行航海贸易。隆庆元年（1567年）重开海禁后，台湾淡水、鸡笼两港成为福建海商两个活动据点，从事与日本的转口贸易。明天启四年（1624年），荷兰人占据台湾，从大陆购买商品运到台湾，然后运到巴达维亚和日本等地出售。崇祯元年（1628年）后，郑芝龙成为海商首领，与荷兰人签订贸易协定，垄断大陆与台湾的商品运输和贸易。从崇祯九年起，闽台商品运输相当兴旺。
在清代前期闽台间商品运输中，台湾主要提供的是农副产品。由于台湾同大陆的通商贸易经营获利丰厚，使台湾海峡出现了“舳舻相望，络绎于途”的盛况。乾隆末年，台湾与大陆的商品运输达到了鼎盛的阶段，仅粮食一项，商运常百万，如此巨额的粮食贩运，即使全部使用运转量达三千石的横洋船，每年仅往返台湾与大陆之间的运粮船只，亦当需有五百艘次左右，这其中还不包括无从计数的走私粮食的“编港船”。
鸦片战争爆发后，厦门输入的鸦片中，就有外国船舶由厦门将鸦片转运至台湾销售。清咸丰四年（1854年），葡萄牙的快速帆船，经常往来于厦门至台湾之间，将鸦片夹以少量货物混进台湾，而换回大米。咸丰十年，清政府诏开台湾的安平、淡水两口岸，准与英人互市。于是，英国人以夹板船装运鸦片到基隆，与当地人私相交接，换回樟脑。咸丰年间（1851-1861年），出现了“闽省洋面广艇匪愈肆滋扰”的局面。特别是台湾港口被迫开放之后，洋货纷至，资源被夺，使闽台两岸的通商航运大受影响。
煤为台湾大宗矿产，各地多有，基隆尤甚。清光绪三年（1877年），台湾地方政府为了增加煤炭产量，在基隆附近的八堵地方，设置机器开采煤炭，年可产煤约140万～150万石（合7.0万～7.5万吨）。遂在上海设立“台湾煤务公司”，自售煤炭，并于厦门、汕头、香港等地，托商代销。每年运至福州、厦门的煤炭，多者30万～40万担，少者10余万担。
清光绪二十一年（1895年）日本占据台湾后，大力发展台日贸易，对闽台贸易采取重税进口、免税出口的政策，限制福建对台贸易运输，闽台商品运输的主导地位逐渐被台日商品运输所取代。即便如此，闽台间商品运输仍很频繁。20世纪初，福建的木材、茶叶、杂货、药材输入台湾，台湾大米、白糖、香蕉、樟脑也不断运往福建。
民国34年（1945年）台湾光复后，闽台之间的客货运很繁忙，有十几家航运公司开辟福州至台湾再至上海的航线和厦门至高雄的航线。1949年后，闽台两岸货物运输全部中断。
20世纪70年代以后，随着两岸关系的缓和，两岸渔船逐渐进行经贸往来。1981年，福建对台小额贸易总额达1133万元。1986年后，闽台商品运输船舶挂方便旗可以间接通航。
1997年4月19日，厦门轮船总公司的“盛达”轮首航台湾高雄港，拉开了两岸货物运输试点直航的帷幕，至2000年，被交通部批准经营两岸试点直航业务并投入营运的船务公司已有10家，其中大陆6家，台湾有4家。这10家两岸试点直航船务公司在高峰期的1999年共运营1541个航次，承运集装箱 363957TEU，其中重箱248775TEU，空箱115182TEU。大陆6家船务公司在1999年累计运营976航次，共承运集装箱228190TEU，平均实载率为62.8％，其中出口实载率为70.3％，进口实载率为52.5％；台湾4家船务公司4艘船泊累计运营565航次，共承运集装箱135767TEV，平均实载率为66.6％，其中出口实载率为82.6％，进口实载率为64.3％。
1998年4月19日，厦门与高雄的试点直航开始实行。首航的货轮是从厦门港开出的"盛达轮"，从此结束了台湾海峡两岸40多年来船舶不能直接通航的历史。1997年4月19日，福建外贸中心船务公司所属的"华荣"轮，由福州首航台湾高雄。
邮政运输
《台湾通史》记载：台湾自有移民以来，闽台之间“民间私信必觅长足以寄”。清代由于福建沿海劳动人民大批漂洋过海到南洋各地谋生、经商，于是陆续出现船工“水客”捎带递送书信业等。光绪初年，有的商人、“水客”还开办商业性质的民办通讯组织——民信局，至光绪二十六年（1900年），福建全省民信局在大清邮政挂号的，福州邮界有19家，厦门邮界25家。由于闽南民信局多系专营或兼营国外华侨银信业务，闽南方言，称信为批，因此亦称侨批局或批局。外国人的邮件从台北、台南、基隆通厦门、福州，转上海、香港等地，由领事馆办理。
发往大陆信件交由大陆相关口岸的海关邮政传递。为方便两岸邮运，台湾邮政总局还购置“飞捷”、“南通”二艘轮船，定期往来于厦门、福州及上海、广州等地。此前，福建巡抚岑毓英就争取到船政大臣支持，派发“琛航”、“永保”轮往来厦门—台湾之间。为通信快捷，之后又增派“伏波”、“万年清”号轮往来闽台之间。《马关条约》签订后，台湾被日本占据。台湾人民在抗日斗争中，在黑旗军首领刘永福领导下曾建立过战时行营式地方政权，抵抗日本侵略者，于光绪二十一年（1895年）发行过“独虎图”邮票，在闽台等地使用。
日本占领台湾后，两地邮件先是由英国太古洋行运送。光绪二十二年（1896年）六月，旧总督府与厦门邮局及香港邮局缔约，同年八月一日起，指定淡水及打狗两局与厦门局及香港局间交换普通邮件。光绪二十五年四月，改由日本大阪商船会社运送。民国5年（1916年），台湾的石田洋行以“海顺丸”航行于基隆（或淡水）与福州之间，运送来自台湾的邮件。民国16年（1927年）由基隆、福州线（每月4次）运送。
台湾光复后，福州发往台湾省的邮件，利用海军军舰和商船运递。由于舰船以及轮船航班不定期，福州发往台湾的邮件，有时由上海转运，或由福州—台北航线班机运邮。1949年10月后，闽台间的邮政运输无法正常直接往来。1979年元旦《告台湾同胞书》发表后，大陆单向全面开放寄台邮件。此后，闽台邮件均间接转递。
行政建制
海峡两岸，自古以来就是中国的领土。早在先秦时期台湾就见诸于中国文献。福建，在周朝为七闽地，春秋以后为闽越地。秦置闽中郡，中央政权始达于福建。汉初为闽越国疆域，闽越北迁之后，自汉始元二年（前85年）汉承认冶县、置东部都尉开始，中经东部都尉从冶县迁到章安（回浦），留下候官管理冶县，到设立南部都尉，再到建安十二年（207年）正式成立建安郡止，福建都在王朝军事管制之下。
三国时属吴国，设建安郡。当时已派兵到台湾。
西晋，析建安郡为建安、晋安两郡，到梁天监年间（502～519年），又从晋安郡分出一个南安郡。自晋宋至齐梁，福建初属于扬州，至普通六年（525年），福建属下的建安、晋安、南安三郡又归东扬州管辖。陈朝设“闽州”，下领建、晋、南三郡。天嘉六年（565年），闽州罢，还属东扬州。
隋大业三年（607年），把建安、晋安、南安三郡合并为一，称建安郡；原设置的15个县裁并为四（即闽县、建安、南安、龙溪）。郡治由建安（建瓯）移至闽县。
唐武德初年，设泉、建、丰三州，下辖10县。唐景云二年（711年），立闽州都督府。开元十三年（725年），闽州都督府改称福州都督府。开元二十一年（733年），为加强边防武装力量，设立军事长官经略使。从福州、建州各取一字，名为福建经略军使，与福州都督府并存。这是福建名称出现之始。
五代十国时期，福建先后为闽、殷、南唐、吴越各国所据，区划名称几经变迁。
北宋时期，置福建路，南宋孝宗时升建州为建宁府。宋景炎元年（1276年），元军攻破宋都临安（今杭州），宋帝赵显被俘。北宋时期，开始在台湾编户管辖。
元至元十七年（1280年），在福建境内同时设立福州、泉州2个行省。嗣后撤复不定。元代中叶，全国分为11个行省，福建境内设8个路，归江浙行中书省管辖。直到至正十六年（1356年）恢复福建省。在澎湖设巡检司，隶属于当时的泉州府，进行实质性统治。
明朝洪武元年（1368年），福建全省置八路。明末清初郑成功从荷兰殖民者手中收复台湾后，台湾开始单独设立府、县进行管辖和经营。
清初统一台湾后，福建区划继承明制。康熙二十三年（1684年），清廷统一台湾后增设台湾府，属福建统辖，下设三县一厅。台湾纳入中央政权的整个行政统治体系中。到了清末光绪时期，伴随着民族危机的加深，为加强对台湾的管理和统治，在经历数百年设治的基础上，光绪十一年（1885年），台湾府单独设省。台湾最终单独建为一个独立的行省，成为中国版图中的第二十个行省。 光绪二十一年（1895年），清政府在中日甲午战争中战败，据中日《马关条约》，清政府被迫割让台湾及澎湖于日本，台湾沦为日本的殖民地，其行政建置设治之正常发展过程亦被迫中断。
1943年12月1日，中、美、英三国签署《开罗宣言》，声明日本所窃取的中国领土，例如满洲、台湾、澎湖列岛等，归还中国。1945年7月26日，中、美、英三国又签署《波茨坦公告》，重申日本侵占的台湾、澎湖、满洲等领土必须归还中国。
辛亥革命后，历届中央政权均置福建省、台湾省。
1945年9月1日，中华民国政府决定台湾光复后仍行省制，并公布台湾省行政长官公署组织大纲，任命浙江绍兴人陈仪为台湾行政长官兼台湾省警备司令。10月25日，在台北举行受降典礼，日本“台湾总督”兼第十方面军司令官安藤利吉签署了投降书，中国政府正式宣布：中华民国政府恢复对台湾及澎湖列岛行使国家主权。台湾省行政长官公署也随之成立并行使职权。台湾及澎湖列岛重归中国版图。
台湾光复后，中华民国政府重新调整了台湾的行政区划：全省共划分为台北、新竹、宜兰、台中、彰化、嘉义、台南、高雄、台东、花莲、澎湖等11个县；台北、基隆、新竹、台中、彰化、嘉义、台南、高雄、屏东等9个省辖市；宜兰、花莲港2个县辖市。其中，位于台湾海峡岸边的有新北、桃园、新竹、苗栗、台中、漳化、云林、嘉义、台南、高雄、屏东等市县。1947年4月22日，中华民国政府撤销台湾省行政长官公署，成立台湾省政府，省府驻台北市。
海峡西岸边，至2019年，有：福州市、厦门市、莆田市、泉州市、漳州市。
