剧情
主人公在城都地方的若叶镇开始自己的旅行。首先要在空木博士处领取一只初学者神奇宝贝。此时主人公有三个选择：炎系的火球鼠，水系的小锯鳄，草系的菊草叶。之后，玩家就可以开始旅行了。在旅行的途中，需要从坐落于各地的道馆收集八个徽章来获得挑战神奇宝贝联盟的资格，还需要与路上各式各样的训练家和野生神奇宝贝对战，并且收服想要的野生神奇宝贝，组成自己的对战队伍。主人公也需要与邪恶组织火箭队对抗，阻止他们复活的妄想。主人公还可能在游戏中遇见传说中的神奇宝贝，如水君，炎帝与雷公。运气好的话还可以遇见凤王与洛奇亚，这些游戏要素都需要自己去发掘。
火箭队以新面貌再度出现，虽然他们的首领坂木已经不在了。他们在本作中的首要活动地区为城都地方。主人公将在桧皮市首次对抗火箭队，阻止他们切下呆呆兽的尾巴拿去出售。随着剧情的发展，火箭队的阴谋一点一点显现出来。主人公需要捣毁他们在卡吉镇的地下基地，从他们手中夺回被占领的满金广播电塔……
在冒险中，主人公还会碰见从烧焦塔苏醒的一只传说中的神奇宝贝，水君。在这个版本中还有一个新人物，米那君，梦想着能收服水君。
在称霸神奇宝贝联盟之后，主人公可以通过搭乘浅葱市的阿哥号来到关都地方，在这片与城都地方连接在一起的地方再度展开新的冒险。同样，这里也有各式各样的训练家、野生神奇宝贝以及道馆在等待着主人公。集齐十六个徽章之后，主人公将向着城都与关都的分界线处的白银山前进。在那里，小智正在静静地等待着主人公。
前去击败他吧，你将创造新的传说。
和金银版的不同
设计变化
桔梗市西边新增了一片草地，并且在这里可以捕获卡蒂狗。这就使得没有选择炎系初学者神奇宝贝（在这个版本中是火球鼠）的玩家能够比其他版本中更早地收服到炎系神奇宝贝。冰之通路的迷宫变化，并且内部结构改为冰结构。
烧焦塔全部重新设计。
神奇宝贝联盟中渡的房间重新设计，现在玩家可以看见迷你龙的凋像。
雷公、水君和炎帝的战斗拥有特殊的战斗音乐。水晶版也是第一个与传说中的神奇宝贝对战会出现不同的战斗音乐的版本。
龙穴做了细微的调整：龙圣祠开放，圣祠后院添加了四棵铁头功树。
首次添加了神奇宝贝的登场动画，这个设计曾一度被废除，直到绿宝石版才再度采用。
某些神奇宝贝的图像重新设计，譬如黑鲁加和雷公；狃拉、水君等在金银两版中共用同一图像的神奇宝贝的图像做了细微调整。然而大多数神奇宝贝仍旧沿用金银版的图像。
部份训练家的台词改变。
地点变化
狃拉出现在了冰之通路。在金银版中，白银山之前是无法遇见它的。
部份训练家站立的位置做了调整。
关都地方的野生神奇宝贝分布稍许改动。
游戏变化
玩家可以选择女主人公，克丽丝作为自己的游戏角色。这是第一个可以选择女主人公的版本。
水晶版出现了米那君，以捕获水君为自己的目标。
洛奇亚和凤王均以等级60出现在游戏中。
凤王不能被捕捉直到玩家捕获了炎帝、水君、雷公。
阿露福遗迹变更，增加了未知图腾的出现率。
在日文水晶版中，如果玩家将在满金市的神奇宝贝中心获得的蛋兑换券交给饲育屋老夫妇，他们会送给玩家不可思议的蛋，这颗蛋有可能孵化出皮丘、皮宝宝、宝宝丁、巴尔郎、迷唇娃、电击怪或小鸭嘴龙，并且有50%的可能性孵化出异色神奇宝贝；在英文水晶版中，饲育屋老夫妇会直接送给玩家不可思议的蛋，这颗蛋有14%的可能性孵化出异色神奇宝贝。
黄金市也有了很大的变化,神奇宝贝中心变成了多功能精灵中心(PCC)(就是可以用手机上网交换精灵的地方）
来到浅黄市,竟然发现有一座战斗塔(上网才有用).……
不能获得的神奇宝贝
其他
由于第二世代的主角神兽为两只，所以是唯一以二级神兽作为主角的第三版本游戏（不包括第一世代四版本的特殊情况）。
由于盗版汉化的BUG，GS球可以通过桧皮镇精灵中心得到。导致直接捕捉雪拉比。
金手指
携带物品
92 剩饭 在战斗中回复HP(装备)
52 王者之印 可能惊吓对手(装备)
8C 命中装置2 提高命中要害机率(装备)
7E 幸运蛋 领取额外的经验值(装备)
77 毅力锻带 可能防止死(装备)
6A 烟雾球 从野生Pokemon逃走(装备)
5E 净化护身符 让Pokemon持有此道具，就难以遇上野生Pokemon(装备)
5B 钱戒指 双倍获得金钱(装备)
39 EXP分享器 分享经验值(装备)
03 光照的力量 降低对手命中率. (装备)
49 快爪 提高速度(装备)
98 破坏的遗传因子 提高攻击但会混乱
提升属性招威力
AA 粉红锻带 提高常规系绝招的威力(装备)
90 龙牙 提高龙系绝招威力(装备)
8F 金属外套 提高钢铁类型绝招威力(装备)
8A 木炭 提高火系绝招威力(装备)
7D 硬石头 提高岩石系绝招威力(装备)
75 奇异种子 提高草系绝招威力(装备)
71 幽灵标签 提高鬼系绝招威力(装备)
6B 不融化的冰 提高冰系绝招威力(装备)
6C 磁铁 提高电系绝招威力(装备)
68 粉红锻带 提高常规系绝招威力(装备)
66 黑眼镜 提高邪恶系绝招威力(装备)
5F 神秘水滴 提高水系绝招威力(装备)
60 混淆勺 提高念力系绝招威力(装备)
58 银粉 提高虫系绝招威力(装备)
51 毒针 提高毒系绝招威力(装备)
4C 软沙子 提高地面系绝招威力(装备)
4D 尖利的鸟嘴 提高飞行系绝招威力(装备)
62 黑带 提高格斗系绝招威力(装备)
专用道具
23 金属粉 提高百变怪的防守(装备)
1E 幸运拳套 提高幸运蛋命中要害的机率
69 短棍 卖低价
76 骨头 一种骨头，卖低价
A3 电气球 提高特攻的奇怪球体(装备)
制球物
59 蓝栗子 蓝栗子
5C 黄栗子 黄栗子
5D 绿栗子 绿栗子
61 白栗子 成为速度球的材料
63 黑栗子 成为重量球的材料
65 粉红栗子 粉红栗子
55 红栗子 红栗子
卖钱物
6E 珍珠 卖低价
6F 大珍珠 卖高价
56 小蘑菇 卖不了高价钱
57 大蘑菇 卖高价
67 呆呆兽的尾巴 卖高价
83 星星灰尘 红色，卖高价。
84 星星碎片 卖非常高的价
B4 砖型碎片 一种珍贵的碎片
24 金块 纯金。卖好价钱
4B 金色树叶 奇怪的金色树叶 （卖钱的物品，在RGBY部分抓的PM传GSC后出现）
3C 银叶子
