与985工程的关系
985工程高校中，除了中国海洋大学、中央民族大学、华南理工大学、电子科技大学、东北大学、湖南大学、华东师范大学这7所外，其余大学的校长、书记由中共中央、中央人民政府（国务院）联合任命，中央组织部传达。其余的中央部属高校由教育部任命校长、书记。
国防科学技术大学为副大军区级，对应地方行政级别的话，与副省级或厅局级有所区别。
这些高校的校长、书记等高层领导由中央组织部任命而非教育部任命，因此一般学校介绍时说“中央直管”，一般即是指副部级大学，也称副部级高等学校(简称“副部级高校”)、中央直管高校等。
按时间排名
1、1992年中央指定的书记、校长职务由中央管理的副部级大学（14所）
北京大学
清华大学
中国人民大学
北京师范大学
北京理工大学
北京航空航天大学
中国农业大学
北京医科大学
（2000年4月3日，与北京大学正式合并，故以下按地域区分时无）
中国科学技术大学
复旦大学
上海交通大学
西安交通大学
哈尔滨工业大学
西北工业大学
2、2000年增列的副部级大学（7所）
浙江大学
南开大学
天津大学
南京大学
武汉大学
四川大学
中山大学
3、2003年12月增列的副部级大学（11所）
吉林大学
厦门大学
大连理工大学
山东大学
同济大学
西北农林科技大学
华中科技大学
东南大学
中南大学
重庆大学
兰州大学
（共计32所）
