剧情简介
明朝中叶，皇帝朱历（TAE饰）登基后，处处为太后所钳制，一心想振作朝纲的他微服私访来到民间，巧遇女扮男装的“小华佗”何天心（张娜拉饰），两人一见如故。天心不知道朱历的身份，在他面前大骂当朝天子昏庸无能，朱历反被天心的率直所打动。不久，东厂总管太监李保川家中失窃，这一切正是侠盗“黑蝙蝠”张哲三（高昊饰）所为。
自此朱历与天心、哲三三人结为兄弟，一同对抗包括吏部尚书赵甫高、大太监李保川在内的朝中旧势力。最终在众人的帮助下，朱历战胜了各股恶势力，天心也解开了自己的身世之谜。发现了彼此真实身份的天心和朱历相爱了，但为了继续为百姓解除病痛，天心选择了留在民间，有情人虽天各一方却心心相印。
分集剧情
第1集
天心参加院士考试，却差点把监考官气的窒息。眼看监考官就要一命呜呼，天心当机立断，折断毛笔，在众目睽睽之下，一把将笔管插进监考官的喉头…天心虽然救了考官，却因为救人手法太过于惊世骇俗，被轰出了太医院！首席太医冷泉下令，天心终生不得再参加太医院医士征选！在天心被轰出太医院的同一时间，朱历皇帝要六部尚书跟他席地而坐，一起吃烧饼，聊朝事。
于是朱历为了探查民情，出宫去了！但李保川的宝贝在宫中遭窃，东厂总动员，锁街封路。眼看天心快被抓走，朱历刚好路过，帮天心主持公道。一人单挑众东厂官兵，可怜的是天心、小石头，到处逃窜。此时一旁的酒楼上。飞贼哲三，欣赏着这场街头恶斗，他身边的包袱，就是李保川的宝贝。
太师府千金大小姐赵湘凝出门，却遇到天心、小石头。天心打翻了字画摊的墨汁，染黑双手，不小心跟湘凝在巷口对撞，两只手手牢实地压在湘凝的胸前！天心趁乱逃走、留下快气疯的湘凝。在哲三的帮忙下，天心、朱历终于逃脱。朱历也得知天心参加太医院征选的事，两人留下好的印象，一直是个男人婆的天心，心里对朱历居然起了小反应。天心已经被湘凝盯上了。湘凝趁着天心、小石头出门的时候，将天心抓走了。
第2集
哲三在缠斗中受了重伤，逃进了阉割房。虽然过追捕，但却又阴错阳差、被当成未净身的准太监，在受伤无力抵抗下、被五花大绑上了手术台。但没想到执刀的张师父因为伤风向天心求诊，忘了吃药不能喝酒。张师父头昏眼花、下刀失了准，哲三保住了命根子。不过因为身受重伤、无力逃跑。最危险的地方就是最安全的地方，于是哲三将计就计，假冒太监，躲入皇宫。
天心刚闯祸，马上被大娘下令禁足，在猪肉摊旁严加看守，忽然市集来了大批官兵，颁来圣旨，宣天心进太医院当实习院士。天心、大娘两人面面相觑、不明原因。天心为了要进太医院，答应了大娘三个要求非病不理、非民不亲、男装入宫，这才了了天心多年来的心愿，进了太医院。
天心在太医院受到冷泉为难，成了清洁工，忙了一天的天心，居然在洗澡的时候跟哲三坦诚相见。哲三为了蒙混过关，慌称自己是皇上的密探，两人互相承诺不说出彼此的秘密。哲三也因为这次，对天心一见倾心。朱历要保川整饬东厂贪官污吏，捉拿飞贼，交给赵甫嵩处理。保川搬出太后，还找来朱历的表妹云莺来，企图牵制朱历，母命难违，朱历只好带着她去玩。但朱历不知道，其实云莺别有目的…
第3集
朱历硬着头皮陪表妹放风筝。云莺对朱历示好，朱历多次想要逃跑不成，于是扯断风筝线，飞到太医院围墙边的树上！嘿嘿、风筝没了，这下可解脱了。但没想到云莺仗着太后撑腰、硬是要皇上上去捡风筝。朱历想要救出哲三天心，却无法违抗太后命令，前来道别。哲三为救天心，私下向朱历坦白他飞贼的身份。朱历心生一计…
第4集
行刑当日，天心、哲三还不见朱历来搭救，心想大势已去，忽然这时李保川接到了封信，马上下令，放了天心、哲三两人。忽然朱历、哲三同时醒来，原来刚刚是装醉，朱历跟哲三找出黄金瓮后，向哲三献计，要飞贼哲三故意暴露行踪，还要哲三死去。与哲三商讨过后的朱历，回去经过了湖边，忽然发现女装的天心。
朱历一回去，发现天心穿着男装，坐在家里。天心说那是他早逝的双胞胎妹妹，朱历是看见鬼了。隔天，哲三引来李保川、赵甫嵩前来抓人，哲三一路逃到了悬崖边，就在走投无路的时候忽然往下一跳。只见黄金瓮跟哲三的尸首跟着深谷的溪水流去。而悬崖边的凹洞里朱历正拉着哲三的手，颇有英雄惜英雄的味道。当然刚刚掉下去的尸首，也只是假人一具。
第5集
保川要天心治疗太后的厌食症，如果治不好，就砍了天心的脑袋。但其实太后根本没病，只是缺乏运动而已。天心三人一出宫，发现附近酒楼传来吵闹声。原来是湘凝在酒楼吃饭，但是钱不小心被扒了，付不出钱，于是跟店家起了争执。天心帮湘凝解围，没想到湘凝一路跟着天心回家，守在天心家门口。天心生火要湘凝过来烘衣取暖，但湘凝就是不要。天心起了顽皮心，装MAN调戏湘凝，逗着湘凝。天心发现，湘凝想要自在的过生活，不愿意听爹的话选妃。天心于是带着湘凝回去吃饭。
第6集
大娘提醒天心，最近因为选妃，没事情就别回来了。原来天心的户卡上记的还是女儿，这时湘凝、哲三吵了起来。哲三故意激讽湘凝。湘凝气不过，砸的天心家乱七八糟，遭来一顿斥骂，湘凝觉得没面子，负气离开。天心喝令哲三马上跟出去看着湘凝。哲三这才知道，原来她是太师府的大小姐。
天心为了救娘出来，决定以女装现身。果不其然，大娘被放出了东厂大牢，知道是天心所救。当大娘看见天心时，吓了一大跳。原来天心办丑出现，以为这样不但可以救出大娘，还可以避免被官兵挑中，可以不进宫选妃。却没想到弄巧成拙，这次选妃专挑长的怪、长的丑的恐龙妹，天心也因此又被抓进宫选妃去了。
第7集
天心一回宫，发现选进宫里的佳丽全是些拐瓜裂枣的恐龙妹。而湘凝也进了宫来。云莺觉得湘凝是最大的敌人，一看见她就不顺眼，马上就跟李保川密谋，准备除去湘凝这个最大的敌人。朱历来找天心，正巧天心要换回男装，虽然有哲三帮忙掩护，但还是差点曝光。
朱历表示选妃一事是太后之意，皇上国事繁重，没有心思在这时候娶老婆！朱历说天心点子多、要天心帮忙想个既不得罪太后，又可以帮皇帝脱身的好点子？天心、哲三一阵瞎出主意，最后讨论到装病，朱历说太医冷泉一把脉便知真假。天心却说他有办法，可以骗过冷泉。
第8集
保川为了让云莺中选，偷偷塞了包春药给云莺，还暗示云莺，若是云莺先怀了龙种，管他湘凝是甚么来头，皇后一位，非云莺莫属。云莺下药成功。频频对皇上搔首弄姿，还趁势想脱朱历衣服，虽然朱历巧妙躲过，但还是不敌云莺的胖后硬上弓。朱历落慌而逃，刚好遇到也在躲着湘凝的天心。
天心发现朱历不对，带朱历逃进男浴池冲凉散热。朱历因为春药作祟，虽然知道何天是男儿身，但见何天与他梦中情人相貌实在太像了，忍不住还是怦然心动，不由自己的靠近何天。眼看何天就要被朱历临幸之际，何天抓起旁边的水瓢用力的往朱历头上ㄧ打，打昏了朱历，才化解危机。
第9集
太后限定的期限已到，太后抓来天心，问天心要怎么治好朱历的病，天心说不出来，太后下令马上砍了天心，就在这个时候，太后接到消息，朱历的病已经好了，选妃如期举行。保川忽然将天心约来，同桌吃饭，说天心替他除去小孟这个害群之马，另外给了天心一盒毒糕饼，要天心在选妃前给湘凝吃，否则就要对大娘不利。
选妃前，保川在对候选人做最后吩咐，忽然湘凝拿出糕饼，说他牙疼不能吃甜的，东西还是分给大家吃好了，还要天心吃第一块。保川心知不妙，天心骑虎难下，只能硬着头皮吃糕饼。天心一阵挣扎后，就这样倒在地上，死了。众人大惊，保川马上带着候选人离开，命小太监处理掉天心尸体。
哲三这时候来到，好意帮忙小太监处理尸体，两个小太监一走，天心马上醒来，原来这一切都是天心的计策，天心早已吃下解药。哲三也同时带来大娘平安无事的消息，天心终于松了一口气，不顾哲三阻扰，想要去前台看选妃，凑凑热闹。天心还在心想入宫这么久，从没见过皇上的庐山真面目，但这一去，惊讶的下巴都快掉了下来，原来皇上就是…朱历！
第10集
天心却为了发现朱历的真实身分狂冒冷汗。所谓太岁头上动土莫过于此，天心想到自己过去老对着朱历大骂皇上，而且，还差点被皇上临幸！在天心的小脑袋里，对朱历的心动，好像越来越复杂了。天心对朱历说道，他已经知道他的皇帝身份，朱历表示是因为害怕天心知情会影响兄弟间的情感，但他们的感情没有因此受到影响。
道歉之后，说出自己的真实姓名，朱历。朱历成立了医疗救护队，派遣太医院太医前往灾区帮助灾民。但他与哲三、天心两人，却没跟着大队人马随行。朱历微服，希望可以看见灾区现况，还偷偷命哲三为巡按御史，可以命令调派各县的地方官。但三人还没到灾区，就在京外的一个小县城里，发现了居然有县官在盗卖官粮。
朱历利用智慧，侦破了盗卖官粮的案件。这时忽然湘凝、茗菁来了。湘凝刻意对朱历献殷勤，让天心醋坛大翻，但其实湘凝的所作所为只是想要证明天心在乎他，顺便气气他而已。但天心信以为真，负气而走，却不小心遇刺，生命岌岌可危。看天心变成这样，湘凝心疼不已，不吃不喝的照顾天心。哲三在朱历的指示下，得知贪污的最上头有可能是赵甫嵩，决定要打下甫嵩。
第11集
一行人回京后，朱历马上当着文武百官的面宣布要成立廉政院，并令哲三为御史，引起甫嵩等人不满。朱历还将当初被保川关入大牢的东厂官兵放了出来，让哲三调度。朱历、哲三展开了反贪任务。而他们的第一个目标，挑了平日最招摇的钱兵部下手。天心回宫后，想要继续找寻本草品汇经要的下落，天心回到太医院，不但没有找到，还被冷泉训斥，冷泉说如果想要活命，就不要再问这本书。让天心感到疑惑万千。
太医院院士早就听闻天心在宫里的事情，希望天心跟他们切磋医术，天心自觉在宫中的一切都是歪打正着，说自己是因为祖传秘方，但是不便外流。这让在一旁的华妥听见，华妥找了机会，进了医护站，到处翻搜，结果秘方没搜到，反而找到了天心的肚兜。华妥以为天心私藏宫女，秽乱后宫。
便将此事报给保川，宫女的肚兜都是由尚衣监统一发放，保川发现这件肚兜跟宫女的肚兜截然不同但皇宫守备森严，这肚兜究竟怎么来的？保川阴冷的笑着。天心接茗菁通知，湘凝那天回去后被甫嵩打了一巴掌，开始不吃不喝，这次不管茗菁怎么哄都没用。茗菁担心湘凝出事，恳求天心去太师府看看天心。经过天心一阵好说歹说，湘凝终于吃了东西。
第12集
甫嵩接获消息，皇上、哲三带着大批人马前来，甫嵩情急之下将账本交给了湘凝。天心躲了起来没被甫嵩发现，但湘凝手上那本账册，让天心不禁怀疑、担心了起来…皇上、哲三带着大批人马前去搜查账册，但赵甫嵩说自己光明正大，不管怎么搜他都不怕，最后赵甫嵩为了以示清白，要朱历来搜他的身，哲三一阵搜查后，发现没有东西。
最后朱历发现湘凝神情有异，于是谎称觉得湘凝身上的衣服漂亮，想要做一套给他的表妹，希望湘凝可以脱下来送给他。又命哲三叫来宫女或太监，看着湘凝换衣服。湘凝说不用，自愿让人搜身，不过要让天心来搜。天心果然在湘凝身上摸到了账册，湘凝、天心一阵对望，忽然天心对朱历说道，湘凝身上什么都没有，朱历一无斩获，打道回宫。湘凝最后受不过良心的谴责，将账册交给了天心，但湘凝在账册上动了手脚，并希望朱历饶了甫嵩一命。
朱历顿时陷入天人交战，应该为了湘凝，饶了甫嵩跟那些贪官吗？朱历这时又心生一计。朱历要哲三拿账本去找众官员，名为希望官员们慷慨乐捐，其实是要他们吐出贪污所得。藉此顺便剥去甫嵩在朝中的势力。朱历另外在早朝时，将账本拿出，甫嵩大惊。其实皇上是用账本书皮做了一个乐捐清单，众臣心里有鬼，只要做做样子，保证他们都吓的屁滚尿流，果然甫嵩跟众官员自愿捐出贪污所得。
第13集
李保川得知消息后，心里十分开心。跑去太后面前嚼舌根，说何家不识抬举，居然连太后的赐婚都敢违抗，不但无视皇族威严，甚至不将太后这个主婚人放在眼里。还建议太后派人监视何天，不然何天到时若是跑了，太后的面子该往哪摆？就这样，何天身边都多了东厂官兵。去吃饭，后边站着人。上厕所，门口就有人守着。洗澡呢，外面依旧有人看守。
那就别提天心回家、睡觉、买东西。弄得天心不只好几天没好好洗澡，好好上厕所，身上味道不好闻就算了，还憋尿快憋得快得膀胱炎了。当然，ㄧ个大姑娘洗澡上厕所，外面要是有人看守，哪个能不害怕，更何况，他还是个不能被发现身分的大姑娘啊。而何大娘，也在看守名单当中。母女俩就算在自己家里，外边站着大队人马，别说逃了，连苍蝇都飞不走。
夜里，天心在床上翻来覆去之际，忽然何大娘跑入天心房内，说不知怎么回事，外面的官兵都被人打昏了，要何天趁现在赶快跟他逃走。其实是何大娘出手将人打昏，但何大娘的武功从未在天心面前曝光，只好出此下策。天心、何大娘两人逃出，但何大娘想起楚弘留下的《九针别诀》忘了拿，要天心赶紧先逃，并约了在某处相见。何大娘这一回头，发现家里来了大队人马，还被逮个正着，何大娘虽然身手了得，但被团团围住ㄧ时也难以脱身，就这样被人抓住了。
第14集
大娘被抓了，天心在小石头的帮忙下，放了风筝找来朱历，想要见大娘一面，却不小心被李保川发现。天心在哲三的掩护下，原本可以逃跑，但天心为了救大娘，决定娶湘凝为妻。不懂天心为什么逃婚，湘凝前来对天心兴师问罪，而湘凝这时候才发现，原来何天是女儿身。但是大娘在保川手上，他不得不这么做。
湘凝为了帮助天心，决定跟天心成亲，再帮助天心和大娘离开。隔天，朱历、太后亲自主持婚礼，赵甫嵩以及文武百官都在场，而大殿外何大娘却跪在地上，脖子上架了把刀。里头是喜气洋洋的结婚殿堂，外头俨然是临时法场！若是天心稍有抗拒，他们马上砍了大娘。天心当着所有人，将自己扮男装的来龙去脉讲了一遍。太后大怒，何天这小丫头居然将所有人都给耍了！朱历跟哲三纷纷求情，就连湘凝也说早就知道天心是女儿身。
但太后在盛怒之下，还是决定，明日午时就将何天心斩首示众！第二天，朱历跟哲三来到法场，天心第一次跟朱历以女孩身份相见，却在临死之前！朱历和天心耳语，问天心为什么骗他有个妹妹？天心告知，是因为自己答应过大娘，情非得已、才出此下策，以后希望朱历能帮忙照顾大娘！说得迟那时快，哲三突然出刀绑架朱历！胁迫他人不准靠近。
第15集
原来这是朱历和哲三想出来救天心的方法，为了取信李保川，朱历甚至要求哲三在自己身上划一刀。李保川坚持不肯退兵，此时大娘突然驾着马车出现，将朱历哲三、天心三人带上车就走，李保川气得说不出话来。朱历命哲三好好照顾天心母子，便回到宫内，向太后禀明实情。
太后听到朱历居然设计自己被绑架、劫法场，痛心万分，把朱历带到太庙，当着列祖列宗的面，太后鞭打自己，表示愧对祖宗，但忽然间太后头疼发作，太医院也都束手无策，朱历只能昭告天下，找寻能治好太后头疼的医生。这个祸害就是六品宫正莫苡柔。从小就对权力充满野心的她，梦想成为皇后，拥有至高无上的权力，不甘于只在后宫做一女官。能干非常的她，是李保川得力的助手，连李保川也不晓得她拥有如此欲望。
第16集
天心好不容易得到哲三从宫里带回朱历的回信，信上却充满了不要天心担心、粉饰太平的言语，和哲三说的实情完全不同。天心毅然决然离开山上，要去宫里找朱历，全没发现哲三跟大娘也悄悄尾随自己出来。苡柔故意讨好天心，让天心觉得和自己一见如故，藉此也与朱历拉近距离。因治疗脱力的天心，在朱历寝宫度过一夜，两人什么事也没发生，但次日醒来，看着对方的睡脸，两人都忍不住有点害羞、装睡。
第17集
苡柔为了尽速实现当上皇后的愿望，不惜发毒誓拜李保川为干爹。为了取信天心、朱历，还掩护天心逃过李保川的搜查。但天心知道了朱历的为难，自动选择离开，哲三现身，带天心回到山上。太后知道了帮自己治病的人是天心，答应原谅天心的罪，但却不愿意饶恕劫法场的哲三，要朱历交出哲三的命来换天心的命。
天心不在，苡柔对朱历更频频示好，聪明的苡柔，以天心为话题，慢慢卸下朱历的心房，让朱历将天心抗旨逃婚等来龙去脉全部告诉苡柔。苡柔知道朱历心系天心，趁机向朱历献计，让天心重回皇宫。朱历感激苡柔对他跟天心如此用心，却不知道，这一切都是苡柔的计策。
刚回到山上的天心，虽然准备安分过日子，但还是挂念着朱历，哲三看在眼里颇不是滋味，大娘也劝天心死了这条心。小安却突然率领了大批官兵到来！小安表示，大家的罪名都免除了，他是要大家回宫！天心得知这是苡柔帮的忙，当下就把苡柔当成自己的姊妹，苡柔顺利的成为朱历、哲三、天心的好朋友。
原来这一切都是保川向太后建议的，让天心回宫，安插在后宫当女官，方便监视。大娘不放心天心，决定一起来到医护站，发现天心以后是归苡柔管辖。天心以为自己痛改前非，不会再给朱历带来任何麻烦，却不知道，这一切只是暴风雨前的宁静。
第18集
苡柔亲切的带着大娘、天心参观。大家正高兴之时，云莺却突然出现，一直喜欢朱历的她，认为天心是玩弄朱历感情的大骗子，一定只是想在宫里为非作歹，所以气冲冲跑来找天心，不但迎头就打天心一巴掌，更把大娘赶出宫去。大娘忍气吞声，却在离宫前遇见自己的老友，也就是太医院首席御医冷泉！两人短暂的会面，却都想起了不愿回忆的昔日往事。
另外，保川察觉天心的身世有异，一边测试苡柔对他的忠心，一边要苡柔查出天心的身世。天心昏迷了数天，一起来就遇到云莺来找麻烦，大娘为了天心日后在后宫的日子，对云莺低声下气，受云莺的污辱，还被云莺赶出皇宫。天心见此，暗自叮咛自己，以后在后宫，绝对不惹是生非，不再让任何人为难。而天心前去探望苡柔，发现苡柔伤的比他还严重，并且高烧不退，对苡柔有无限的歉意。苡柔暗自一笑，何天心，你中计了。
第19集
天心要龄春去太医院帮苡柔抓药，苡柔乘机对天心打听他的身世，得知天心的父亲早就离开他们了，而天心的针灸手艺，全是靠自学来的。另外保川得知天心在找本草品汇经要一书，保川要苡柔加把劲，问出天心为何要找此书。天心因为感动苡柔代受责罚，和苡柔的感情更好了，把《本草品汇精要》尽数告诉苡柔，没想到是李保川要苡柔来问的。
哲三为了帮天心出一口气，偷偷把蜂窝丢在云莺的房间，把云莺螫得满头包。云莺跑来对天心兴师问罪，苡柔用巧计说退了云莺，救了天心一次，天心因此更是把苡柔当成自己的姊妹。个性天真单纯的天心从此对苡柔信任无比。龄春说想学医，拜了天心为师父，天心和朱历的爱情，眼看也越来越甜蜜，云莺的死却打乱了这一切。
在苡柔的提醒下，朱历在宫里盖了一间小药圃讨天心开心，两人在药圃中忘情地接了吻，但云莺却在苡柔的设计下看到了这一幕。苡柔跟云莺说，天心对朱历果然包藏祸心，要云莺自己服毒、嫁祸天心，来让天心离开朱历。云莺依言服毒，却没想到苡柔深藏祸心，毒性远比苡柔所说强烈，云莺毒发身亡，苡柔到医护站故布迷阵，凶手也指向曾经拿蜂螫药来给云莺的天心身上。苡柔以为自己的计谋天衣无缝，却没注意到，自己去医护站的时候，不小心被龄春看见了。
第20集
云莺一死，天心怀疑是不是哲三替他出气而痛下杀手，哲三证明自己没有杀云莺的动机，此时朱历带来消息，说云莺的案情有重大发展，但凶手的指向，是天心。当下要天心先行逃亡。天心坚持不肯逃亡，要朱历为自己证明清白，于是哲三把东厂大牢的牢房布置成精美套房，要天心把坐牢当度假，等待清白被证实。
朱历建议天心一案让背景清白的哲三来调查，但太后执意要让保川来处理，一阵僵持下，太后把此事侦察交给赵甫嵩来办，赵甫嵩对天心用刑，差点把天心的手指夹到无法行医。朱历一方面背负太后的压力，另一方面哲三看不惯朱历的作法、两人吵架，苡柔就成为朱历贴心的倾诉对象。朱历发现天心并没有谋害云莺的动机，一方面太后拼命给朱历压力，朱历极力想替天心找到有力证据，这一切都被苡柔看在眼里。苡柔更不是滋味。
天心入狱的消息传到了大娘耳里，大娘前去哀求冷泉帮忙，冷泉碍于职务，不能答应大娘要求，更何况证据都指向天心是凶手，大娘心灰意冷，眼看天心冤屈不能平反。但也只能继续等待冷泉的好消息。甫嵩审理天心，打算用刑让天心屈打成招，引来朱历不满。甫嵩搬出国法、太后懿旨打压朱历。天心见朱历为难，宁愿自己被用刑，朱历不忍，天心也不认罪，最后朱历出面阻止，甫嵩决定择日再审。但哲三不满朱历眼睁睁看天心受罚，跟朱历大吵一架，昔日的兄弟，眼看就要一刀两断。
第21集
朱历倍感压力，苡柔这时给朱历假的侦办方向，将目标指向选妃。朱历、哲三认为甫嵩之前在选妃的时候涉有重大嫌疑，两人决定先将天心救离开刑部，再继续调查。朱历、哲三兵分两路，一边去保川那边搜查毒药的来源。
另外一边惜绑架赵甫嵩来审问，哲三一番威胁利诱下，还是没从甫嵩身上问到什么，反而更确定甫嵩没有杀害云莺的嫌疑，当下决定放走甫嵩，但哲三却在赵甫嵩面前露了马脚、泄漏身份，让赵甫嵩非常生气，禀明太后，说朱历三番两次干涉查案，现在无故又带走天心，甫嵩感到心灰意冷，决定辞官引退。
太后果然中计，立刻下令，决定直接问斩何天心。正当哲三在安慰天心的时候，甫嵩带着懿旨来抓人，哲三无可奈何，只能眼睁睁的看着天心被抓走。唯一能做的就是马上通知朱历。
第22集
正在庙里替天心祈福的大娘，忽然收到天心要被送去法场的消息。天心、大娘在押解过程一阵生离死别，大娘不愿意天心就此送命，当下不顾老陶的阻挡，冲去法场要解救天心。另一方面，朱历在最后一刻才接到天心要被问斩的消息。全副武装的大娘上法场打算救人，却被有备而来的官兵所阻挡！正当情势紧迫之时，朱历出现了，身上绑着历代祖宗皇帝的牌位，大喊谁敢拦！朱历要求太后再宽限一些时间，让自己证明天心清白。
太后勉为其难的同意，但朱历一再地逾矩，也让痛心不已的太后决定一件事：如果朱历不能证明天心的清白，朱历自己就要被废帝！而天心害怕朱历被废，让天下人因此少了一个好皇帝，决定去刑部自首，坦承自己杀了云莺。并要朱历永远记得他…誓死如归的天心，前去见大娘最后一面，大娘察觉天心有异，要天心不可放弃希望，就在双方一阵僵持的时候，传来消息，谋害云莺的真凶原来是华妥。
原来苡柔怕朱历被废、之前所做的努力会前功尽弃，也担心朱历逐渐发现线索，决定栽赃太医院院士华妥是陷害云莺的凶手，并将华妥杀人灭口，故布疑阵成密室杀人，营造华妥是畏罪自杀。天心等人一时找不出疑点来但天心总算是脱离险境，哲三去通知大娘，只有朱历觉得不对劲。
第23集
朱历向太后禀告侦办结果，太后得知原来云莺跟华妥是蓄意要害天心。当下要朱历对外隐瞒实情，并且打赏天心，以示补偿。朱历发现华妥之死的种种疑点，跟苡柔讨论着。朱历察觉这事情或许不单纯，背后可能有庞大的集团在指使，苡柔一方面关心朱历，实际上模糊朱历焦点，让朱历不会怀疑他。
又故意在天心面前跟朱历亲密，让天心看的不是滋味。就在此时，哲三带来消息，湘凝进宫了。苡柔决定对天心再起新的阴谋，在李保川处取得太后的头发、生辰八字，加上诅咒，一起放在天心从小珍藏的布娃娃里。
又假意提醒天心保川正在宫中有例行搜查，迫使天心将布娃娃藏在御书房内，这个布娃娃被朱历发现，让朱历对天心首次起了信任破裂之感。而在搜查布娃娃的同时，哲三的假太监身份差点曝光，所幸哲三身手矫健，将刮胡子的剃刀藏了起来，这才保住了小命。
第24集
哲三为了报复湘凝，将湘凝抓起来关在男澡堂内，但没想到湘凝就这样不见了，哲三到处找不到湘凝，最后却被湘凝一把推古井，而哲三以身子护着湘凝，自己却摔断了腿。朱历被蒙在鼓里的天心，引来更大的误会，朱历觉得天心避重就轻，似乎在回避话题。并且天心、哲三之前曾对朱历隐瞒真实身份，双方不欢而散。
而两人的误会，从此展开。哲三、湘凝被困在井底，哲三担心湘凝害怕，不顾自己受伤，依旧说笑话斗湘凝开心。湘凝对哲三除了愧疚之外，也多了一丝丝的情意。好不容易，天心、茗菁终于找到了湘凝、跟哲三，但哲三被救上来时被人发现满脸胡渣，哲三假太监的身份曝光了。
朱历前去拜托李保川对哲三从轻发落，哲三死罪可免，但要被廷杖五十，充军十年。保川此举，引来甫嵩不满。甫嵩认为自己女儿的清白已被哲三所毁，于是派出人马要暗杀哲三，所幸哲三被湘凝、茗菁所救，虽然逃过被人追杀之险，但哲三身受重伤，有性命危险。
第25集
湘凝为了救哲三，前去药铺抢药。并且不离不弃的照顾哲三，但不懂医术的湘凝，只能眼睁睁的看着哲三的伤势越来越严重，却又无可奈何。天心问起龄春，当时布娃娃有没有被人拿走，龄春心地善良，天心也觉得龄春不像是会设计陷害他的人，但究竟是谁在布娃娃里放了太后的生辰八字，天心依旧没有头绪。
就在此时，茗菁假扮男装来找天心，希望天心救哲三一命。苡柔利用龄春对他的信任，得知天心有可能外出替哲三治伤。而保川居然将春药交给苡柔，要苡柔先跟朱历有夫妻之实，尔后朱历想不负责任都不行。天心替哲三治了伤，并且将哲三带回家里休养。湘凝担心茗菁安危，于是叫茗菁先回家，却没想到茗菁回到家后，受到甫嵩的刑求鞭打，但是茗菁始终没有供出哲三的下落。
这时候李保川来对甫嵩献计，若是哲三失手将天心杀了，甫嵩不就除了两个心头大患吗？天心回宫后，撞见朱历、苡柔两人共度一宿。之前的误会加上眼前的事情，天心顿时心灰意冷。隔天，太后前来找朱历，发现朱历跟苡柔衣衫不整。太后事后找来苡柔，问起苡柔身家背景，就在太后作主下，太后要朱历力苡柔为妃。事情传到天心耳里，悲痛欲绝，但天心仍然强忍欢笑，祝福朱历跟苡柔。朱历前来向天心澄清…
第26集
朱历为了证明自己对天心的情意，决定也要立天心为妃，没想到天心居然拒绝，并且希望朱历专心一意的对待苡柔，并告诉朱历，他跟朱历从此之后，就只能是兄妹。大娘害怕哲三藏身地被发现，将哲三移去其它安全的地方。但还是引来甫嵩的探子跟踪。但大娘警觉性强，将探子以及刺客擒住，并且知道刺客的来源是刑部。于是朱历、天心、哲三三人佯装成刺客，回刑部，果然知道了真正的幕后黑手是甫嵩。
哲三不小心在湘凝面前说出这一切都是甫嵩所指使的，引来湘凝不悦，认为哲三诬赖他爹。湘凝决定回去找他爹问个清楚，眼看父女俩就要撕破脸。哲三跟踪湘凝，最后阻止了。并且跟湘凝说他决定离开皇宫。苡柔被封为贵妃，安排入住储秀阁。但没想到朱历不顾太后吩咐，居然对苡柔百般冷落，还让苡柔独守空闺到天明。
苡柔心里明白朱历心里面的人还是天心，心里决定，一定要除去天心这个绊脚石。太后因为朱历立妃，特去求子观音那祈求朱历、苡柔早日得子，却没想到太后居然遭到蜘蛛叮咬，引发过敏气喘，眼看太后就要一命呜呼。这时，哲三因为发现太后的侍卫急忙而走，觉得有异，而前来察看。哲三不顾自己旧伤尚未痊愈，带着太后回去太医院，总算救了太后一命。但自己也因为这样，而被官兵捉住。
第27集
太后经过冷泉的治疗，脱离了险境。太后叫来哲三，问起哲三为什么躲入宫中，假冒太监。哲三如实道来，并坦承是因为认识了朱历、天心这两个好朋友，所以才不愿意离开皇宫。太后欣赏他的以德报怨，坦率直言，有心想要原谅哲三，于是下令放了哲三，并且在天心、朱历的求情下，免了哲三的罪，并任命哲三成为宫禁侍卫亲军。
而哲三为了湘凝，也不愿对甫嵩报复，专心当他的侍卫亲军。茗菁看出，湘凝其实已经喜欢上哲三了。天心在储秀阁里闷得慌，整天吃饱睡、睡饱吃，引来翠环不满。但苡柔对翠环表示，他要慢慢折磨天心…另外医护站也在这次，让苡柔下令关了。朱历发现后，更加深他对天心的歉意于是向太后建议，立何天心为妃。这个消息马上就传到了苡柔的耳里…
第28集
保川对苡柔说道，他在后宫待了三十年，看了多少妃嫔被冷落。提醒苡柔还是得小心天心。而苡柔对朱历撒谎说天心在储秀合学习状态良好，骗取朱历来储秀阁，一方面又对天心说宫中有罕见的禁药黑玉香，让天心主动开口对朱历要黑玉香来研究。而朱历担心天心学习状况不好，对天心严格叮咛了几句，引发天心不满，天心于是在朱历面前故做仪态端庄，弄得朱历更是别扭。
天心终于从朱历那边得到黑玉香，而且当下就决定要试药，没想到黑玉香马上就让天心陷入昏迷。天心醒来后，朱历想要收回黑玉香，但天心发现黑玉香其实有麻醉的功能，希望朱历给他机会，让他实验，或许有天可以造出可以太后头疼的止痛药。而苡柔利用自己双重角色的优势，一边欺骗朱历，一边瓦解天心对朱历的情意，断绝天心的对外联络。最后还在天心的食物里下黑玉香，让天心染上药瘾。弄得天心不能自己，失去了行为能力。
但天心发现自己被下药的时候，苡柔更是变本加厉，直接对天心灌药，弄得天心生不如死。天心被苡柔所牵制，久久没有跨出储秀阁一步，就连最心爱的小药圃，也因为缺乏照顾而荒废。哲三发现后，向朱历问起天心的近况。但哲三坚持自己去储秀阁看见天心，朱历表示现在哲三的身份是侍卫，贸然去储秀阁会引来麻烦。于是朱历就在哲三的拜托下，决定去储秀阁一探天心。
第29集
天心无法对外求援，于是打算用针灸舒缓黑玉香的毒性，但针灸都被翠环、苡柔没收，天心对于苡柔他的虐待，毫无招架之力。哲三回家后，发现湘凝出现在他家里，并且替他整理环境、打理生活。哲三不解风情，不懂湘凝好意。让湘凝生气的离开，回去的湘凝，又跟甫嵩大吵一架。湘凝说出甫嵩当时想要暗杀哲三的事情。
湘凝不但坦承当时就是他救了哲三，而且这几天都跟哲三在一起。气的甫嵩给了湘凝一巴掌。甫嵩也决定，这次一定要杀了哲三不可。朱历还是没找到天心，朱历心一横，决定呆在储秀阁，没见到天心不离开。苡柔这才让朱历见天心。并且告诉朱历，天心在试药的过程中，不小心染上了黑玉香的药瘾。
苡柔甚至弄伤自己来博取朱历的同情跟信任，让朱历自责不已。而苡柔乘机又对朱历表达自己的真情，朱历也觉得对苡柔颇有歉意。苡柔的计划，一步步的实践中。
第30集
朱历找来哲三，对哲三说天心染上药瘾的事情。哲三不但不相信，还把罪过怪在朱历身上。哲三决定自己求证天心是不是真的染上药瘾，并且许诺，绝不会给朱历带来任何麻烦。哲三就在湘凝的帮忙下，偷偷潜入储秀阁。发现了天心，终于将天心救了出来。天心醒来后，对哲三说道黑玉香是苡柔所灌食的，哲三大怒，想去找朱历，戳破苡柔的谎言，但天心却阻止了哲三。
第31集
朱历前来找天心，希望天心跟他一起回宫。又因此跟哲三吵了起来，天心制止朱历、哲三，答应回宫。不过条件是让他回太医院继续当院士，再也不理后宫的事情。而天心不知道，让他回宫，是朱历答应太后，从此之后每天呆在储秀阁，直到苡柔怀孕的条件。但人在储秀阁的朱历，依旧不愿意跟苡柔同房睡。
朱历没想到，这样反而让天心陷入了更大的危机。回到太医院的天心，从头开始学起，在学习过程中意外发现曲池跟洋泽的关连，而得知原来洋泽就是太医院的蒸药室，这是找到本草品汇经要的唯一线索。果然天心在蒸药室发现了一把钥匙。苡柔为了当上皇后，跟保川一起设计冷泉，要冷泉在太后面前证实苡柔已经怀有身孕。
而朱历也因此，不再对苡柔这么冷漠了。天心得知苡柔怀孕后，心情大受影响。哲三、龄春想安慰天心，却让天心越听越闷，干脆走了。哲三因为担心天心，一路跟随、却因缘巧合下，来到了药师佛庙，发现了药师佛庙的某个符号跟钥匙上面的相符，两人找到线索，经过一阵探查，果然皇宫的藏书阁找到了一套花草鸟兽绘本，两人回去一看发现原来这就是本草品汇经要。
天心也同时发现，本草品汇经要的其中一个编撰者，居然跟他小时候看过的九针别诀的作者是同一人。哲三当场提问，这个楚弘是谁啊？这本书怎么会在大娘那？他该不会是你爹吧？
第32集
天心、哲三两人回去找大娘，两人一搭一唱想要从大娘那边套出些话来，没想到大娘守口如瓶，而且居然说要是天心以后在从他面前提到这个名字，从此断绝母女关系。藏书阁的老太监向保川告密，说何天心借走一套书，保川发现此套书似乎有可能是本草品汇精要。于是跟甫嵩密谋决定要除去哲三，没想到这些话居然让湘凝给偷听见了，湘凝赶紧通知哲三。
哲三慌忙之际，带着半部的本草品汇精要逃了。天心从大娘那问不到楚弘的消息，于是回太医院跟冷泉打听，没想到冷泉居然跟大娘一样不承认有这个人。天心另外从资深太医那打听到原来楚弘是之前太医院的太，因为编撰本草品汇精要有误，而被下令满门抄斩。
这时候，龄春带来消息说，保川找到了本草品汇精要，并且马上就要销毁了，天心飞快赶去，以肉身挡住不让保川烧书，眼看保川就要连天心一起烧死的时候，朱历来了，救了天心一命。还下令不准保川焚毁本草。天心要朱历帮忙，写手谕给户部，好让他可以追查楚弘的消息。天心循线找到当天替楚弘女儿接生的产婆。得知楚弘的女儿跟天心一样大，并且发现他们背上居然有一样的胎记。
天心拿着证据回去找大娘，大娘这才承认天心是楚弘的女儿，并将当年的事情说给天心知道。天心执意要追查出他爹的死因，大娘担心天心安危，于是将天心关在家中。但当晚，保川便派出锦衣卫去暗杀天心、大娘。两人趁乱逃出，但大娘却受了重伤。到处又都是要抓他们的锦衣卫，好在有小石头搭救，不然天心他们难逃一劫。
第33集
保川拿着追捕天心时，他们掉下来的九针别诀来找朱历，要朱历下令，完成先皇遗愿，缉拿天心、大娘到案。朱历无奈之下，只准保川、甫嵩捉拿他们到案，但不得伤他们半根汗毛。但保川、甫嵩却假传圣旨，不但要手下监视京城里谁买了刀伤药，更要他们如果发现大娘天心，杀无赦。
哲三、湘凝乔装，在街上找字画摊临摹本草品汇精要，两人差点被官兵发现，还发现街上贴满了天心跟大娘的通缉画像。两人正在纳闷的时候，发现了小石头。小石头便带着哲三湘凝去找天心大娘。哲三发现大娘受了重伤，但是苦无药材可以治疗，于是哲三自告奋勇拿了药方，要回太医院拿药材。
但哲三才走远，湘凝、天心才想起来，哲三并不识字。哲三回宫后，找来龄春帮忙抓药，却因此被翠环盯上。翠环、保川带了人马来抓哲三，并对哲三严刑拷打。保川打算折磨哲三，挖掘网注但哲三求仁得仁，坦承当时是他偷了保川的宝贝，保川正要将哲三亲手杀死的时候，朱历来了，并且救了哲三一命。
朱历也因此知道天心的下落。湘凝为了救哲三，以自己的终身幸福当条件，说服了甫嵩放了哲三。哲三因此获得释放，而哲三知道是湘凝做此牺牲才换得他的小命，但还是不改爱开玩笑的本性，惹来茗菁怒斥，哲三这才知道湘凝对他的情意。而天心也决定不再躲躲藏藏，要击登闻鼓告御状，替自己的亲爹平反冤屈。
第34集
保川要苡柔去探听朱历、天心究竟在搞什么鬼。苡柔推辞，保川便以知道苡柔是假怀孕为由，要挟苡柔。还要翠环私底下监视苡柔，苡柔表面上顺从，实际上，已经在盘算反扑保川的计谋。哲三前去探望湘凝，他发现湘凝的改变后，对湘凝更是亏欠，哲三劝湘凝一走了之，但湘凝坚决不答应，哲三只能告诉湘凝他住在小石头的秘密基地，如果湘凝想通了，就来找他。太后叫来朱历，问天心状告先帝何事，朱历无奈说出，太后勃然大怒，要朱历不许办理，趁早杀了天心。
但朱历不从，太后见朱历心意已决，这次朱历为了正义，狠下心来，第一次不听太后的命令。朱历一方面下令要冷泉对本草一书堪误，一方面又发现九针别诀里，有着一张挖空的纸卡。保川因为甫嵩放走了哲三，跟甫嵩翻了脸，要甫嵩无论如何都要找出哲三，不然后果自行负责。甫嵩一气之下心绞痛发作，差点一命呜呼。
甫嵩病情稍稍缓和之后，大彻大悟。不但答应湘凝退隐官场，还不强迫湘凝嫁人。湘凝以为父亲开窍了，马上去通知哲三这个好消息，没想到甫嵩居然跟踪湘凝，找到了哲三。哲三以为自己被湘凝出卖，伤心的湘凝当场走人。甫嵩并以小石头为要挟，要哲三交出本草品汇精要。哲三去字画摊取回临摹的本草，将正本交给大娘，要大娘交给朱历。而哲三打算用临摹的本草救回小石头。没想到过程中小石头还是受了伤，死在甫嵩手下的刀里。
第35集
大娘将本草一书交给了朱历，并且拜托朱历一定要救天心。过程中，朱历无意间发现，本草的序文跟字卡品凑起来，居然露出勿信皇上亡于常命几个字。哲三只身来到太师府，打算替小石头报仇，湘凝为了保护父亲，不小心被哲三误伤成重伤，还要哲三快点逃。哲三虽然逃走了，但是心里有着无限的愧疚、不安。
朱历从冷泉那边得知，当年楚弘等人编撰本草一书的事情，而当年前来宣旨的人，正是保川，当年的拟圣旨的人也是甫嵩。朱历跟苡柔商讨，觉得其中有异，决定策反两人，解开当年的谜底。而这些话都被翠环给偷听到了，翠环将一切都告诉保川。保川一边提拔翠环，另一边要翠环继续监视苡柔。湘凝受伤非常严重，哲三只好拜托朱历，让天心去替湘凝治伤，而天心不计跟甫嵩的前嫌，尽全力治疗湘凝，因此感动了甫嵩。
甫嵩的心渐渐动摇，这时候李保川前来探望湘凝，甫嵩担心保川会对湘凝不利，跟保川一拍两瞪眼，跟保川的关系渐渐恶化，保川甚至想要对甫嵩不利。朱历也找来甫嵩，对甫嵩对之以情。朱历讲出他所发现的一切，并希望甫嵩可以凭着良心，帮助他解开当年的迷团，还给甫嵩时间考虑，并且给了甫嵩一瓶药丸，要甫嵩心绞痛发作的时候服用。在天心的治疗下，湘凝日渐恢复，哲三得知后前去探望湘凝，湘凝希望哲三可以不要伤害甫嵩，几经拜托，哲三答应湘凝的要求。
第36集
本草一书已经确认编撰无误之后，湘凝的伤势也渐渐康复，但朱历为了天心的安全，依然不准天心离开医护站，朱历怕天心闷得慌，特别叫龄春来跟天心作伴。龄春一来，便跟天心说起这段日子他所受的委屈，但是他忍辱负重，就是为了能够再继续跟天心学医。而翠环得知消息，向苡柔禀告，打算利用龄春对天心下蛇毒。
第37集
虽然天心被层层戒护，但翠环的计谋依旧成功。眼看天心就要被下毒而死，龄春情急之下用嘴吸出天心的毒血，自己却不小心中毒。而龄春临死前，跟天心说道，云莺死的时候，他其实看见苡柔从医护站出来。朱历跟苡柔谈及龄春之死。苡柔将一切责任都赖给了保川，说自己是被要挟，迫于无奈。
连当初天心被灌食黑玉香也是保川的指使，苡柔说自己死不足惜，等龙胎产下，他愿意以死谢罪。朱历当下许诺苡柔，一定会保护他们母子俩的。保川知道甫嵩是来跟朱历告密，决定要在御书房除去甫嵩，甫嵩过于激动，心绞痛复发，药丸掉落在地，保川刻意不让甫嵩吃药，甫嵩临死前，将一封信藏在了御书房，然后就这样死了。朱历前去慈宁宫，发现太后没事情。原来太后只是想问天心告御状的发展。
朱历乘机问太后，先皇是怎么样的一个人，又告知太后先皇之死可能不单纯，而现在甫嵩正打算告诉他一切的真相。但朱历赶回去御书房的时候发现，甫嵩已经死了。朱历在御书房找到甫嵩留下的证据，找来保川询问。虽然朱历知道保川跟当年之事一定有关系，但是单凭一封信，无法将保川定罪。
苡柔想趁这个机会一并除掉李保川、以后他在后宫、便可只手遮天。苡柔与朱历计划、让苡柔假死、加深朱历、保川间的误会。保川被逼急了。决定对朱历痛下杀手、不知道自己走入圈套、被朱历逮个正着。保川愿意说出当年秘密、但是要求见太后一面。保川拿出当年圣旨。
才知道、原来先帝当时决定废后、废太子。保川为了保住太后、才对先帝痛下杀手。朱历这下难办、最后决定、判李保川充军二十年。湘凝自从甫嵩死后，成日郁郁寡欢。哲三前来探视，并带来保川已死的消息。哲三替湘凝打气，希望湘凝日后可以行善积德，来替甫嵩赎罪。湘凝也在哲三面前，宣泄情绪。哲三也在此时对湘凝许诺，答应湘凝会照顾他一辈子。
第38集
李保川一死、朱历便从冷泉那得知、原来苡柔并没有怀孕。而苡柔也被朱历发现他想对天心下毒，就此将苡柔软禁在储秀阁。太后头疼又犯了、但是天心这次怎么治都治不好、天心在本草上发现几帖药、加上黑玉香、可以制成一种麻醉药、让太后进行开脑手术。手术过后、太后感激天心、决定立天心为后。
而苡柔知道这个消息，就在储秀阁发疯了……哲三、湘凝最后决定到处行善，天心想要跟哲三他们一块去，他也可以行医、帮助百姓。但天心即将跟朱历成婚，哲三、湘凝婉拒了天心。而大娘见天心有了归宿，决定跟老陶去江南过日子。朱历、天心终于可以有情人终成眷属了。但此时，边疆传出战事。
天心一方面无法割舍对行医的热忱，一方面也想给朱历时间去完成的理想，于是天心决定离开皇宫，回到民间行医助人！当朱历看见留书的时候，天心已经离开了京师….战事平息！大殿内，文武百官列对两侧，一声吾皇万岁万岁万万岁，大臣上前禀告战事平息，皇上英明，朱历英明神武的站在大殿上。而远方，天心背着背笼，带着大福，插着红拾字的旗子，心里说她会回来……然后消失在黄昏里…天涯海角、有情人分隔两地。也许哪天、月老的红线会再度让天心、朱历再度相逢…
演员表
职员表
角色介绍
何天心
天不怕地不怕、正义感十足。她热心助人，活泼可爱，虽然身为女儿身，但是认为男女平等。平日总作男生打扮，加上大剌剌的个性，所有人都当她是个长相清秀的小男生。她是孤儿，她自幼聪颖，喜欢研读医书，无师自通。练就了一身针灸绝技，成为乡里间有名的小神医。
天心的最大心愿是：一睹收藏在皇宫内的国家药典《本草品汇精要》，精进医疗技术，造福更多需要帮助的人！为了一偿心愿，天心以何天为名，参加太医院的实习院士考试。但是却因为得罪了主考官，被驱逐出考场，永不录用！虽然没能考上太医院，但是好打抱不平的个性却让天心在宫外解救了微服出宫的落难皇帝。
天心好心收留皇上。皇上回宫后特举荐何天心上太医院工作，但因太医院首席太医冷泉故意刁难，只得做一些打杂的事情。后皇上建立医护站被调任当医护站站长专门给后宫人员看病。后因为皇上选妃，女扮男装的泄露，皇上历尽艰难终于救出何天心。最后和皇上两人互结情义。
朱历
年幼登基，由国舅及太后掌管国政，处处受箝制。长大之后，有心振作朝纲，但是因为深处皇宫内院，无从得知民情。加上朝中老臣看他年轻，不把他放在眼里。加上朱历事母至孝，但太后却宠信奸宦李保川。朱历虽有满腔抱负、执行起来却是困难重重。朱历不相信大臣们的歌功颂德，微服出巡，探访民间疾苦。
因为不忍见天心被东厂刁难，仗义执言。但结果却是被栽赃成飞贼同伙，差点被东厂官兵逮捕。朱历在打斗中受伤、又跟小安走散，被天心带回家中治伤，因此也认识了何天心的母亲何大娘。朱历担心身分曝光，引来太后责备、朝臣非议，故隐藏身分。并且和张哲三，何天心结拜为兄弟。帮助张哲三和何天心多次。因把莫以柔看成是天心和其发生一些事情，后无奈立莫以柔为妃。最后和天心相爱。
张哲三
单纯直爽、武功高强，乐观仗义，是个劫富济贫的飞贼。但常常因为一时的冲动，仗义不成反而误事。哲三痛恨贪官污吏，尤其是朝中权大势大的司礼监总管太监李保川。为了帮老百姓出一口气，哲三暗夜潜入皇宫、盗走了装有李保川命根宝贝的黄金宝瓮。
后来因为被东厂高手追捕、身受重伤，躲进了阉割房，被当成即将净身入宫的准太监，给五花大绑上了手术台。哲三因重伤、无力抵抗，眼看就要喀喳之际，碰巧负责动刀的师傅因为没遵照听天心的医嘱，酒与药并服，头昏眼花，下刀失了准头，让哲三保住了命根子。
就这样、飞檐走壁的张哲三，莫名其妙进宫当起了假太监，比较心仪何天心。在皇宫中处处和李保川作对，维护正义，看不惯李保川和赵太师的胡作非为和贪赃枉法，也对此险些丧命，幸得赵湘凝和何天心照顾，后和赵湘凝两人冤家变情人。
赵湘凝
赵甫嵩独生女。看似霸道、任性，但其实只是个渴望父爱的小女生。湘凝在逛街时，巧遇被东厂追捕的天心。不知道怎么样表示自己的情意，只能靠着找麻烦来吸引天心的注意，让天心头疼不已。
赵甫嵩一心希望湘凝可以嫁给皇上，成为皇后，无奈的是湘凝喜欢的人是太医何天。湘凝为此跟老爸翻脸，离家出走来找天心。湘凝越爱越深，在得知天心是女儿身后，湘凝心灰意冷。就在这个时候，哲三意外闯入湘凝的感情世界，两人打打闹闹，冤家变亲家！一直以为爹爹没做坏事，但后来得知爹爹做了很多伤天害理的事后，心灰意冷。
莫苡柔
六品宫正。心机深沉、野心勃勃的女子。外表温良恭俭让、但私底下却是心狠手辣，宫于心计，铲除异己、巩固自己的地位。从小生长在书香门第，聪颖过人，但却因为身为女人，不能科考、处处受限。因为不甘心一生没没无名，于是通过各项严格的考试、进宫担任女官。
由于聪明伶俐、成为后宫最年轻的女官、也是司礼总管太监李保川的得力副手。苡柔一心想成为皇后，但却苦无机会接近朱历。表面上、苡柔是天心的姊姊，但在台面下，苡柔却千方百计设计天心，处心积虑让皇上对天心的信赖瓦解，甚至设下死亡陷阱陷害天心。
在苡柔出色的伪装下，天心从来没怀疑过苡柔会陷害自己，甚至连其它人想要点醒天心的时候，天心也都坚决信任苡柔。苡柔对皇上跟天心的离间计也奏效，让皇上对天心有了误会。
赵甫嵩
吏部尚书加封太师。正一品。因掌管人事权，门生之众、党羽之丰，在朝中无人能敌，与李保川领头的太监们形成朝中最大的两股恶势力，一呼百诺，只手遮天、俨然就是地下皇帝。赵甫嵩学富五车、才高八斗，说起话来冠冕堂皇、讲起道理来是头头是道，阴谋算计手段漂亮，表情上永远是不动声色。
他老谋深算，将朝廷预算一手揽在自己身上，表面上以清廉自诩，但实际国库直通私库，要进贡给皇上的珍宝古玩、要发往灾区的赈灾款项都让他给半路拦截了，加上群臣贿赂、四处的油水搜刮，多年来已经是富可敌国。因为是两朝元老，加上口才便给，把皇上当成晚辈，常常当文武百官面前直谏皇上。
李保川
司礼监总管太监。长袖善舞，善于利用人性弱点，在后宫朝中兴风作浪，搬弄是非。仗着太后宠信，不可一世！李保川生性阴沈，喜怒无常。若论心机，赵甫嵩都不见得比得上他这只八面玲珑的水晶狐狸。得罪他、轻则挨廷杖，重则杀头充军。因为太后宠信，李保川不把朱历放在眼里。他把太后当靠山，处处阻碍朱历改革朝政。他设局陷害天心、哲三，手段阴狠毒辣。
太后
威严，主观、自以为是。太后有点神经质，说话尖酸刻薄。看似大权在握，但其实只是个缺乏安全感的女人。她不信任别人，只相信李保川。她对李保川言听计从，是李保川对付朱历的挡箭牌，也被李保川利用，成了打压、谋害天心、哲三的工具。太后不是不明事理，只是太过宠信李保川，以致于被李保川蒙蔽。
她自以为关心朱历，但其实却是朱历改革朝症最大的阻力！因为缺乏安全感，常常觉得身体不舒服，吃不下、睡不好，但其实她只是需要人关心。她最担心的就是朱历的终身大事。她一心想促成朱历跟她侄女、云莺成亲，但是却没想到云莺受苡柔的挑拨，意外中毒身亡！太后以为是天心毒杀云莺，逼朱历杀了天心，为云莺报仇！
何大娘
本名何美丽。刀子口豆腐心、个性强悍，急性子，曾经是御膳房的厨娘，但是为了天心，隐姓埋名二十年，隐身市场，当年太医因冤狱被抄家问斩，楚弘在临死前，将天心托付给大娘。大娘此隐姓埋名，抚养天心长大成人。虽然不在人前展示武功，但何大娘身手了得。
大娘只担心一件事，就是正义又单纯的天心从小就有乃父之风、一心向医，何大娘担心天心会步上父亲的后尘，虽然对天心视如己出，但是却坚决不让天心进太医院学医。因为天心是满门抄斩的遗孤，大娘为了保护天心，隐瞒着天心的身世、以及自己的真实背景，打算将来把一切秘密都带进棺材。没想到何大娘最担心的事情还是发生了。何天心的身份最终被揭开，但是何天心亲生父母的冤案也被彻查清楚，还了一家的清白。
冷泉
太医院首席御医。冷漠、无情，喜怒不形于色，初识天心就对她留下坏印象，认为她是大闹考场、又走后门入学的无赖，虽然奉命必须让太医院破格录取天心，但依然对天心的创意医术颇多挑惕，在其它院士上课的时候，指派天心去打扫环境，就是不让天心学医，甚至冷眼看官兵把偷药材救人的天心打入大牢。
然而，实际上的冷泉仁心仁术，虽然医术一板一眼、走传统路线，但并不是外表看来的食古不化，严厉的态度是因为人命关天，他希望旁门左道的天心能补足基本功的不足，才有办法做一名真正的好医生。与其说是拒绝天心的求知欲，不如说是保护纯真的天心，因为在《本草品汇精要》的秘辛中，冷泉也扮演了
