建立之前
统一与伐金
蒙古高原地区的众多蒙古部落原为金朝的臣属少数民族。13世纪初，统治华北的金朝在金帝卫绍王的统治下走向衰落，原金朝藩属国的蒙古诸部经过多次征伐后由蒙古部统一，1206年春天，蒙古贵族在斡难河（今鄂嫩河）源头召开库里尔台大会，蒙古部铁木真得到成吉思汗称号，建国大蒙古国（即蒙古帝国），后被尊称元太祖。金朝与蒙古为世仇，成吉思汗有意伐金复仇，然而西南的西夏与金朝联盟，为了避免被西夏牵制，先后三次率军（1205年、1207年与1209年—1210年）进攻之，迫使西夏夏襄宗称臣。1210年成吉思汗与金断交，隔年发动蒙金战争，于野狐岭战役大破四十万金军，随后攻入华北地区并四处屠杀。1214年蒙军包围金朝首都中都（今北京市），金宣宗被迫求称臣，并在蒙军撤退后迁都汴京。隔年5月31日蒙军南下占领金中都，并且获得名相耶律楚材，这对于巩固华北地区有很大的帮助。1217年，成吉思汗为了西征花剌子模，命木华黎统领汉地，封为“太师国王”，命他持续进攻金朝。木华黎为了巩度汉地，收降地方自卫势力如真定史天泽、满城张柔、东平严实与济南张宏，史称汉族四大世侯，后来他们也扶佐忽必烈建立元朝。木华黎除了对金朝的战争让金朝疆域萎缩剩河南与关中地区之外，并于1231年派兵进攻高丽，让高丽王室退守江华岛。
灭西辽与西征
西域方面，为了建立通往西方的道路，早在1209年—1210年就让新疆东部的畏兀儿与伊犁河谷的哈剌鲁先后归顺。当金朝迁都并将要灭亡之际，中亚新兴大国花剌子模在沙阿摩诃末时期崛起，该国讹答剌地方大臣海儿汗[亦纳勒术]前后两次屠杀蒙古商队并侮辱蒙古使臣，成吉思汗遂决心发动第一次西征。
1218年蒙将哲别杀死占领西辽并称辽帝的屈出律，攻占塔里木地区，史称蒙古攻西辽之战。隔年六月，成吉思汗亲率蒙古主力军十万西征花剌子模。由于沙阿摩诃末抵挡不了蒙军攻势，畏惧而逃，在屠杀掉花剌子模的40个城镇之后，花剌子模也于1221年亡国。成吉思汗命速不台和哲别追杀摩诃末，摩诃末最后死于里海。其子札兰丁于八鲁湾战役英勇抗敌，最后南逃印度，并于1224年复国于大不里士（今伊朗西北部）。
1230年，札兰丁被蒙古将军绰儿马罕攻灭。速不台和哲别最后于1222年从撒马尔罕出发经过今伊朗高原北部，进攻杀掠高加索三国（亚美尼亚王国、格鲁吉亚、阿塞拜疆）之后，并越太和岭（今高加索山脉），抵达钦察（位于俄南），期间攻占不少国家。于1223年的迦勒迦河之战（今乌克兰日丹诺夫市北）更是击溃基辅罗斯诸国与钦察忽炭汗的联军，并向西进军到今乌克兰西部的德涅斯特河，之后折转围攻基辅，之后东返，并于1223年9月攻击时伏尔加河中上游的河谷伏尔加保加利亚最后渡过伏尔加河东返中亚。成吉思汗将新拓展的疆土分封给长子术赤、次子察合台和三子窝阔台，四子拖雷领有蒙古本土，三子窝阔台成为大汗继承人。1225年蒙古回师后，因西夏不配合西征，成吉思汗又率归师灭西夏。1227年，成吉思汗病逝，由幼子拖雷监国。
灭金与治理汉地
拖雷监国两年后于1229年举办库里尔台大会，窝阔台被推举为蒙古大汗，后尊称元太宗。1231年窝阔台汗率军南征金朝，并命四弟拖雷自汉中借宋道沿汉水攻打汴京，隔年拖雷在河南三峰山之战击溃金军。1234年蒙宋联军联合攻破蔡州，金哀宗自杀，金朝亡。南宋虽然发起端平入洛以收复河南地，但是华北地区最后由全由蒙古占领。窝阔台汗并在1235年定都哈拉和林（今乌兰巴托西南）后，借此率军南征南宋以报复之，掠夺两淮地区后北返。蒙古为了防止华北的汉人世侯叛变，派探马赤军（振戍军）进驻汉地；进行两次人口调查，将半数汉人分封给蒙古功臣。由于需要人才治理国家，窝阔台汗接受耶律楚材的建议，于1238年命术忽德和刘中举办科举，史称戊戌选试。这次考试录取东平杨奂等名士，为统治华北带来不少人才，但后来以“当世或以为非便，事复中止”。
第二次西征
西线方面，1235年窝阔台汗命术赤长子拔都、贵由与蒙哥、速不台等第二代蒙古王子发起蒙古第二次西征，史称拔都西征，总指挥为拔都与速不台。1236年至1242年间攻占钦察草原、基辅罗斯等各公国与匈牙利、摩尔达维亚、波兰、立陶宛大公国、波西米亚与捷克、摩拉维亚与斯洛伐克、威尼斯共和国、原南斯拉夫地区、保加利亚第二帝国、拉什卡、神圣罗马帝国等等中东欧各国，攻占与杀掠东欧北部与中部，1241年11月窝阔台汗去世，由皇后乃马真脱列哥那监国，1246年3月的库里勒台大会由其子贵由即位，后追尊称元定宗。1247年吐蕃诸部归附大蒙古，史称凉州会盟。1248年8月贵由汗去世，皇后斡兀立海迷失立孙子失烈门并监国。然而在1251年7月的大会，因为拔都与兀良哈台大力支持拖雷系的蒙哥，使得窝阔台系的失列门失去汗位。蒙哥继承汗位，后尊称元宪宗。
宪宗汉化
1252年蒙哥即位后推行中央集权化，在汉地、中亚与伊朗等直辖地设置行中书省，分遣拖雷系诸王分守各地，以其弟忽必烈总领漠南汉地大总督以管理汉地。忽必烈统治汉地期间任用了大批汉族幕僚和儒士，巩固了华北地区，并且与兀良合台迂回南灭大理，扩大南宋防线缺口。1258年高丽崔氏政权跨台，高丽成为藩属国。同年蒙哥汗宣布兵分三路南征南宋，蒙哥汗率军攻打四川合州（今重庆）、忽必烈攻打湖北鄂州（今武昌）、兀良合台由云南晏当（今云南丽江北部）直攻经过安南，进攻宋广南西路而直攻荆湖南路，并兵临潭州（今长沙），三军意图在华中会合，再大举下长江围攻临安。隔年蒙哥汗在合州的钓鱼城之战战死，忽必烈等人停止南征，北返夺位。
第三次西征
西线方面，蒙哥汗派其弟旭烈兀西征西亚，史称蒙古第三次西征，1256年旭烈兀攻灭伊斯兰教的暗杀组织木刺夷。1258年西征军攻占伊斯兰哈里发最后领地美索不达米亚的巴格达。隔年叙利亚阿尤布王朝，1260年占领大马士革和阿勒颇。然而当旭烈兀得知蒙哥于南征南宋时去世的消息后，立即率大军回师争位。留下的蒙军也在今以色列加利利的阿音札鲁特战役败于埃及马木留克王朝，第三次西征结束。
元朝的建立
大哉乾元
1260年3月，阿里不哥在宗王阿速台等大多数蒙古正统派的支持下于蒙古帝国首都哈拉和林通过“忽里勒台”大会即大汗位。与此同时，忽必烈与南宋议和后返回开平（今内蒙古多伦），在中原儒臣及部分蒙古宗王的支持下集会自称大汗。1260年4月，忽必烈设立中书省，总管国家政务。1260年5月，忽必烈颁布《即位诏》法令，并建元中统。由于忽必烈在中原汉地自行集会称汗，并且推行汉法，明显违背了蒙古传统，引起了阿里不哥和蒙古正统派的强烈不满，忽必烈与阿里不哥随即展开了四年的汗位战争。直到1264年阿里不哥兵败投降，忽必烈定为一尊，但他推行的“行汉法”主张却造成许多蒙古贵族的不满，拒绝归附忽必烈汗国，结果导致其他几个蒙古汗国纷纷敌对，忽必烈的政权遂只包括中国与蒙古高原地区。
公元1271年，忽必烈公布《建国号诏》法令，取《易经》中“大哉乾元”之意，正式建国号为“元”。这是蒙古政权由世界性大帝国转为中原王朝的分水岭，蒙古政权之前对中原地区推行的是极具游牧性质的掠夺式统治，中原地区仅是其属地的一部分，到忽必烈时才转型为以中国为主体的王朝，且在这之前“元”之名尚未出现，故“元朝”的建立应由此算起。最后引发窝阔台系的海都出兵争夺汗位，造成漠北地区动荡不安，史称海都之乱。
公元1272年，在刘秉忠规划下，建都于中原的大都（今北京市）。次年正月元旦，忽必烈在正殿接受朝贺。忽必烈建国后，仍然十分注意保持和发展蒙古民族的语言与文化。1260年12月，忽必烈封吐蕃萨迦的八思巴为“国师”，命八思巴率领一些吐蕃语文学者重新创制蒙古文字。成吉思汗建国时，曾由塔塔统阿依据畏兀字母拼写蒙古语言，制成蒙占文字行用。
统一全国
早在元世祖在与阿里不哥作战与整顿国内之际，因为无暇对付南宋，于是派郝经对南宋提出高压的议和内容。当时南宋宋恭帝仅五岁，由谢太后垂帘听政，大权由谎称击退蒙古军的贾似道掌握。由于贾似道畏惧谎言被击破而幽禁郝经。南宋并于1262年拉拢山东汉人世侯李璮，发起李璮叛乱。元军平定叛乱后，元世祖断然废止汉人世侯，以蒙古人直接管理地方事务，并且准备南征南宋。1268年元世祖发起元灭宋之战，首先派刘整与阿术率军攻打襄阳，史称襄樊之战。1274年元军攻下襄阳，宋将吕文焕投降，随后中书丞相史天泽和枢密院使伯颜率军顺汉水南下长江，目标建康。1275年降将吕文焕率元水陆联军于芜湖击溃贾似道的南宋水军，史称丁家洲之战。隔年元军攻陷临安（今浙江杭州），谢太后与宋恭帝投降元军。然而陆秀夫等拥立7岁的宋端宗在福州即位，文天祥、张世杰与陈宜中等大臣持续在江西、福建与广东等地抗元。元军陆续攻下华南各地，1278年南宋朝廷退至广东崖山。隔年3月，张弘范在崖山海战攻灭南宋海军，陆秀夫挟持8岁的小皇帝宋幼主赵昺投海而死，南宋亡。元朝统一中国地区，结束自唐朝安史之乱以来520多年的分裂局面。
海外扩张
在此前后，元朝曾要求周边一些国家或地区（包括日本、安南、占城、缅甸、爪哇）臣服，加入元朝的朝贡关系，但遭到拒绝，元世祖于是出兵攻打这些国家，其中以入侵日本的元日战争最为著名，因为范文虎指挥不当与台风来袭而失败。由于元朝廷需要赏赐大量财宝予宗室贵族，加上开支繁重，财政日渐紧张，朝臣为了财政问题发生争执，分裂成以许衡等汉人与汉化蒙古人为首的儒臣派与以阿合马、卢世荣与桑哥等色目人与汉人为首的理财派。儒臣派认为元廷应该节省经费、减免税收。理财派认为南人藏有大量财物，应没收以解决朝廷的财政问题。由于元世祖信任阿合马，设立尚书省解决财政问题。而儒臣则以受汉化更深的太子真金为核心与阿合马抗衡。最后阿合马被刺杀，太子真金也因为得病而死。然而元世祖不信任儒臣派，依旧任用理财派官员来解决财政问题，导致财政恶化。
对外关系
蒙古灭金战争结束后，窝阔台大汗在中原和中亚建立了巩固的统治。也儿的石河(今新疆额尔齐斯河)以西、乌拉尔河以东之地为蒙古的征服地区，是成吉思汗长子术赤的领土。但是，乌拉尔河以西的钦察、斡罗斯等还未平定。元太宗七年(1235年)，窝阔台召集忽里勒台，决定征讨钦察、斡罗斯等未服诸国。居住在伏尔加河和乌拉尔河之间的钦察部首领忽鲁速蛮惧怕蒙古军，已先遣使纳款，蒙古军至，准备投降。惟居住在伏尔加河下游的钦察部首领八赤蛮坚决抗战。斡罗斯和波兰、匈牙利当时分为诸公国，各自为政，不听大公号令，德、意、奥诸国卷入十字军东征。欧洲形势对蒙古西征有利。
1252年蒙哥派其弟旭烈兀西征。1258年，西征军攻陷巴格达，灭阿拔斯王朝。1259年旭烈兀征叙利亚，1260年攻克大马士革，但是因旭烈兀因蒙哥死亡而返回蒙古，留下的小部队于1260年9月在巴勒斯坦境内阿音札鲁特战役遭遇埃及穆斯林兵团阻击。至此蒙古西征到此为止。除巴勒斯坦、小亚细亚地区以外，西亚、中亚、以及中国北部，均已处于蒙古人控制之下。
1259年蒙哥在征南宋时阵亡，次年其弟阿里不哥在哈拉和林被选立为大蒙古国大汗，而忽必烈则在中原开平在精兵拥立下自立为大汗。阿里不哥与忽必烈为争夺汗位发动战争，直到1264年阿里不哥兵败投降，忽必烈定为一尊，迁都大都（今北京）。于1275年抵达元上都（开平），随后又抵达大都（北京）。马可的聪明一直非常讨忽必烈喜欢，封他许多官，也派他到各地为元朝皇帝的使者。马可·波罗去过中国很多地方和见到许多比欧洲先进的文化成就。1292年，马可·波罗和父亲叔叔受忽必烈委托，从泉州出发经海路护送蒙古公主阔阔真到伊儿汗国成婚。忽必烈答应他们，在完成使命后，可以转路回国。1295年波罗一家人回到欧洲。
元朝中期
成宗时期
1294年元世祖驾崩后，虽然太子真金早死，但是元世祖曾赐真金的三子铁穆尔“皇太子宝”并且让他镇守和林。随后铁穆尔在库里尔台大会中获得重臣伯颜与玉昔帖木儿等支持，打败真金的长子甘麻剌与次子答剌麻八剌等，铁穆尔即皇帝位于上都，即元成宗。成为蒙古入元以来第一个继位的皇帝。元成宗主要恪守元世祖时期的成宪，任用其侄海山（答剌麻八剌之子）镇守和林以平定西北海都之乱，并且下令停止征讨日本与安南。在内政方面专力整顿国内政治，减免江南部分赋税。然而，由于元成宗过度赏赐，入不敷出，使国库资财匮乏。1307年正月，元成宗驾崩，由于太子德寿早逝，左丞相阿忽台拥护皇后卜鲁罕与信奉伊斯兰教的安西王阿难答监国，并有意让阿难答称帝。海山之弟爱育黎拔力八达与右丞相哈剌哈孙发动大都政变。他们斩杀阿忽台，控制大都局势，拥护率军南下的海山称帝，即元武宗。皇后与阿难答被元武宗斩杀，其回回部下退入西域吐鲁番地区。
平定西北与宗主地位
西北地区方面，早在元世祖时期，由于他的大汗之位不受四大汗国的承认，使得当时窝阔台汗海都有意夺回蒙古汗位。海都统辖叶密立（今新疆额敏东南）一带且与钦察汗国友好。元世祖为了避免在南征南宋时被海都背刺，遂扶持八剌获得察合台汗位以牵制海都。然而在1268年，海都、八剌和钦察汗忙哥帖木儿以元世祖过度汉化、违背祖宗成法为由，在塔拉斯河招开库里尔台大会结盟反元。他们以海都为盟主，共同瓜分中亚行省，联合对抗元朝与伊儿汗国，史称海都之乱。元世祖派伯颜北上平乱，海都与新任察合台汗笃哇采用游击战的方式回避决战。1287年海都联军伙同镇守辽东的东道诸王乃颜与哈丹袭击和林（今蒙古国哈尔和林），元世祖亲率大军击败之，派伯颜、玉昔帖木儿与李庭平定东北乃颜，主持西北军事。1289年海都再犯和林，最后其势力被驱出阿尔泰山以西。而哈丹于辽东高丽一带游击，至1292年败亡。
元成宗即位后，任命其侄海山（后继位为元武宗）总领漠北诸军。1301年海都联军被海山和晋王甘麻剌击溃，史称铁坚古山之役。海都于战后去世，其子察八儿继位，窝阔台汗国被笃哇掌控。1303年由于笃哇被钦察汗脱脱蒙哥击溃，就与察八儿共同派使者向元廷请和，脱脱蒙哥也向元廷请和，而伊儿汗本来就支持元廷，至此四大汗国皆承认元朝的宗主地位，双方广设驿路，解除封禁。不久之后，窝阔台汗国被察合台汗笃哇与元朝元武宗先后攻灭而亡，察八儿投降元朝。到了其晚年，由于蒙古政权格局的痼疾，政治弊端逐渐暴露出来。
武宗时期
大德十一年（1307）正月，成宗铁穆尔死于玉德殿，年仅42岁。铁穆尔兄答剌麻八剌的次子爱育黎拔力八达与母亲答已于二月到达京师，并与中书省右丞相哈剌哈孙取得联系。为抢在三月三日卜鲁罕皇后称制前举事，他们于三月二日率兵入宫，发动政变。斩支持立世祖之孙阿难答为帝的左丞相阿忽台，擒阿难答，爱育黎拔力八达称监国。此时，其兄海山正挥军南下，爱育黎拔力八达与母答已北迎海山，会于上都，决议拥海山为帝，并诛杀阿难答，废卜鲁罕皇后。二十一日，海山在大安阁即位，是为武宗。
元武宗因爱育黎拔力八达有功，册封他为皇太弟（即未来的元仁宗），相约武宗系与仁宗系交替称帝，即武仁之约。元武宗时期，加封孔子为“大成至圣文宣王”，并给予孔子的家族与弟子一些称号。为了解决元成宗时期的财政危机，元武宗设置常平仓以平抑物价，下令印制至大银钞，然而反而使银钞严重贬值。此外他将中书省宣敕与用人权划归给尚书省。1311年元武宗因沉耽淫乐、酗酒过度，年仅31岁死于玉德殿，爱育黎拔力八达顺理成章地以监国者总揽朝政，由皇太弟爱育黎拔力八达继位，是为元仁宗，这次是元朝首次和平继承帝位。
汉化运动
元仁宗延祐元年（1313年），北京举行了元代历史上第一次科举考试，称作“延祐初科”。而在此前的元太宗十年（1238年），北京就曾作为燕京路而参与了元代历史上第一次选拔儒士的考试——“戊戌选试”。
元仁宗力图改变元武宗时造成的财政枯竭、政制混乱的局面，他推行“以儒治国”政策，并且减裁冗员、加强中央集权以整顿朝政。他曾令王约将《大学衍义》译为蒙文，赐臣下说“治天下，此一书足矣。”并将《贞观政要》和《资治通鉴》等书摘译为蒙文，令蒙古人与色目人诵习。1312年元仁宗将其儒师王约特拜集贤大学士并将王约“兴科举”的建议“著为令甲”，至此恢复科举制度。本次科举以程朱理学为考试的内容，史称延祐复科，最后录取护都答儿、张起岩等56人为进士。
他还倚重汉人文臣，处死蒙丞相托克托等，排除朝中异己。财政方面，元仁宗取消元武宗的经济措施，并且于1314年在江浙、江西、河南等地查清地方田产，史称延祐经理。任用床兀儿统军，击败察合台汗王也先不花以平定西北地区。然而元仁宗未能制止太后答己干预朝政，也无力制裁备受太后重用的重臣铁木迭儿贪赃枉法。在继承问题方面，元仁宗以王约辅助皇太子硕德八剌，并且听从铁木迭儿的建议，废除武仁之约。他将元武宗长子周王和世琜外放镇守云南、次子图帖睦尔放逐海南岛。仁宗即位之第五年，即延祐三年（1316）十二月，立嫡子硕德八剌为皇太子，兼中书令、枢密使。同年冬天，元武宗旧臣皆感愤怒而拥护和世琜叛变，最后败走漠北，依附察合台汗国。1320年元仁宗驾崩后，皇太子硕德八剌即位为元英宗。
南坡之变
延祐七年（1320）正月，36岁的仁宗病死于大都光天宫。硕德八剌于三月登上皇帝宝座，是为英宗。元英宗续实行元仁宗的以儒治国、加强中央集权和官僚体制的政策，并于1323年下令编成并颁布元朝正式法典——《大元通制》，共2539条，他还下令拔除权臣铁木迭儿在朝廷的势力。然而支持铁木迭儿的蒙古与色目保守派厌恶元英宗的新政，有意发动政变。1323年铁木迭儿的义子铁失趁元英宗去上都避暑之际，在上都以南15公里的南坡地刺杀元英宗及宰相拜住等人，史称南坡之变，仁宗系自此未能再夺得皇位。晋王甘麻剌的长子，镇守和林的也孙铁木儿率兵南下，杀掉行刺元英宗的叛臣并称帝，即泰定帝。
天历之变
泰定帝召回被放逐到海南岛的武宗系图帖睦尔为怀王。泰定帝于1328年七月崩于上都，丞相倒剌沙拥立七岁的阿速吉八为帝，是为天顺帝。而镇守大都的燕帖木儿与伯颜拥立周王和世琜于漠北、怀王图帖睦尔于江陵，同年图帖睦尔先至大都继位，是为元文宗。燕帖木儿率军攻入上都，天顺帝不知所终。隔年和世琜于漠北和林称帝，即元明宗。元文宗放弃帝位，派燕帖木儿迎元明宗继位，并且被立为皇太子。然而燕帖木儿毒死元明宗，复位元文宗，改元天历，史称天历之变。
顺帝时期
元文宗时期大兴文治，1329年设立了奎章阁学士院，掌进讲经史之书，考察历代治乱。又令所有勋贵大臣的子孙都要到奎章阁学习。于奎章阁下设艺文监，专门负责将儒家典籍译成蒙古文字，以及校勘。同年下令编纂《元经世大典》，两年后修成，为元朝一部重要的记述典章制度的巨著。然而丞相燕帖木儿自恃有功，玩弄朝廷，导致朝政更加腐败。1333年元文宗去世后，为洗刷毒死元明宗的罪行，遗诏立年仅七岁的明宗次子懿璘质班为帝，是为元宁宗。但元宁宗仅在位不到两个月即去世，不久后燕帖木儿也去世。元明宗的长子妥欢贴睦尔被文宗皇后卜答失里从静江（广西桂林）召回并立为帝，是为元惠宗，又称元顺帝。
元朝的灭亡
危机四伏
元惠宗在位之初，1335年燕帖木儿的儿子唐其势阴谋推翻，另立元文宗义子答剌海。幸右丞相伯颜粉碎叛乱，但属于保守派的他掌握朝政，权力盛大。他禁止汉人参政并取消
科举，这些都与元惠宗发生冲突。1340年元惠在伯颜之侄脱脱的帮助下，终于废黜伯颜。脱脱为相与元惠宗亲政前期，采取了一系列改革措施如颁行《至正条格》等法规，以革新政治，缓和社会矛盾，史称至正新政。1343年元惠宗下令修撰《辽史》、《金史》、《宋史》三史，由右丞相脱脱（后改由阿鲁图）主持，两年后修成。然而元惠宗后期怠于政事，以至于在1350年发生天灾人祸后引来民变。
元朝长期处于继承权问题、贪污、权臣擅政、不任用汉人与压榨百姓的恶习，使得政治总是无法上轨。这种不稳定的朝廷如果又遇到天灾人祸的干扰，往往导致国家的覆没。元朝后期，特别是1340年代中后期至1350年代期间，干旱、瘟疫与水灾时常发生，黄河地区水患尤其严重。与此同时，元廷不断收取各种赋税，使百姓的生活更加艰苦，使得白莲教逐渐流行，并成为对抗元廷的势力。早在1325年就发生过河南赵丑厮、郭菩萨领导的武装起事。1338年江西袁州（今江西宜春）彭和尚、周子旺等白莲教徒起义失败，彭和尚逃至淮西。1350年元廷下令变更钞法，铸造“至正通宝”钱，并大量发行新“中统元宝交钞”，导致物价迅速上涨。隔年元惠宗派贾鲁治黄河，欲归故道，动用民夫十五万，士兵二万。而官吏乘机敲诈勒索，造成不满。
民变纷起
白莲教首领韩山童、刘福通等人决定在5月率教众起事，但事泄，韩山童被捕杀。刘福通再立韩山童之子韩林儿杀出重围，指韩山童为宋徽宗八世孙，打出“复宋”旗号，以红巾为标志。其后郭子兴于安徽濠州起事，芝麻李等人占领徐州，此为东系红巾军。西系红巾军方面，彭莹玉、邹普胜与徐寿辉在湖北蕲州起事，国号天完。红巾军势力遍布河南江北、江南、两湖与四川等地，还有非红巾军的张士诚等部的起事，民变揭开元朝灭亡的序幕。
元廷派兵镇压各地红巾军，丞相脱脱亲自率军南下攻陷徐州芝麻李军，一度压制民变军。然而脱脱在1354年南攻高邮张士诚军之际，被元廷大臣弹劾而功亏一篑。徐寿辉部最后分裂成两湖的陈友谅与四川的明玉珍。两淮郭子兴的部下朱元璋于1356年以南京为根据地开始扩充地盘；1363年与据有两湖的陈友谅作战，最后于鄱阳湖之战获得胜利；1365年占领两湖后于同年冬东进攻打据有江苏沿海的张士诚；1367年平定张士诚后，继续南下压制浙江的方国珍，至此江南无一人反抗朱元璋。另外，福建于1357年至1366年间发生色目军乱，史称亦思巴奚兵乱。与此同时，元朝在察罕帖木儿和李思齐等率领元军反击北方红巾军，1363年北方红巾军最后在安丰之役中败给降元后的张士诚，刘福通战死，韩林儿南下投奔朱元璋，随后被杀。
朱元璋统一江南后于1367年下令北伐，他派徐达、常遇春率明军分别攻打山东与河南，并且封锁潼关以防止关中元军进援中原。明军于1368年八月攻陷元大都，元惠宗北逃，史书称此为元朝结束之年。然而元廷仍在上都，往后史书称之为北元。而明廷认为元惠宗顺天明命，谥号为元顺帝。
北元时期
1368年元廷退回蒙古草原，元惠宗退至上都，隔年又至应昌。他继续使用“大元”国号，史称北元。当时北方除了元惠宗据有漠南漠北，关中还有元将扩廓帖木儿驻守甘肃定西，此外元廷还领有东北地区与云南地区。明太祖为了占领北方，采取兵分二路，各个击破的方式，此即第一次北伐。元惠宗战败后于1370年在应昌去世，元昭宗即位后北逃至漠北和林。明将冯胜夺取了甘肃地区。然而元将扩廓帖木儿仍然在漠北多次与明将徐达等人作战。明太祖曾多次写信招降，但扩廓帖木儿从不理会，被朱元璋称为“当世奇男子”。1378年四月，元昭宗去世，继位的元天元帝继续和明朝对抗，屡次侵犯明境。
至于北元领有的东北地区与云南地区方面：1371年，元朝辽阳行省平章刘益降明，明朝占领辽宁南部。然而其余东北地区仍由元朝太尉纳哈出控制，纳哈出屯兵二十万于金山（今辽宁省昌图金山堡以北辽河南岸一带），自持畜牧丰盛，与明军对峙了十几年，多次拒绝明朝的招抚。1387年冯胜、傅友德、蓝玉等人发动第五次北伐，目标是攻占纳哈出的金山。经过多次战争，1387年10月，纳哈出投降蓝玉，明朝占领东北地区。镇守云南的元朝梁王把匝剌瓦尔密，在元廷退回草原后仍然继续忠效之。1371年明太祖派汤和等人领兵平定据有四川的明玉珍，并且劝降梁王未果。1381年12月，明军攻入云南，1382年梁王逃离昆明并自杀，随后明军攻克大理，明军平定云南地区。
明太祖为了彻底扫除北元势力，于1388年5月命蓝玉率领明军十五万发动第六次北伐。明军横跨戈壁至捕鱼儿海（今中蒙边境之贝尔湖）击溃元军，俘虏八万余人，元天元帝和他的长子天保奴逃走，但是幼子地保奴被明军擒住，至此北元国势大衰。1388年元天元帝被阿里不哥后裔也速迭尔杀害，北元不再使用年号。1402年鬼力赤杀元帝坤帖木儿后后改国号为鞑靼，北元亡。
